Dies ist der Befehl fdk, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fdk - Kegelstrahlrekonstruktion aus Projektionen mit dem FDK-Algorithmus
Der Begriff FDK bezieht sich auf die Autoren Feldkamp, Davis und Kress, die die wegweisende Arbeit verfasst haben
"Praktischer Kegelstrahl-Algorithmus" im Jahr 1984. Ihr Papier beschreibt eine gefilterte Rückprojektion
Rekonstruktionsalgorithmus für Kegelstrahlgeometrien. Das fdk-Programm in Plastimatch ist ein
Implementierung des FDK-Algorithmus.
FDK ANWENDUNG
Das Programm fdk nimmt ein Verzeichnis mit 2D-Projektionsbildern als Eingabe und erzeugt ein einzelnes
3D-Volumen als Ausgabe.
Die Befehlszeilenverwendung ist:
Verwendung: fdk [Optionen]
Zubehör:
-A Hardware Entweder "cpu" oder "cuda" (default=cpu)
-a "num ((num) num)" Verwenden Sie diesen Bilderbereich
-r "r1 r2 r3" Ausgabeauflösung einstellen (in Voxel)
-f filter Entweder "none" oder "ramp" (Standard=Rampe)
-s scale Skaliert die Intensität der Ausgabedatei
-z "s1 s2 s3" Physikalische Größe der Rekonstruktion (in mm)
-I indir Das Eingabeverzeichnis
-O outfile Die Ausgabedatei
Die Verwendung des fdk-Programms wird am besten verstanden, wenn Sie den Tutorials folgen:
fdk_tutorial_i und fdk_tutorial_ii.
SPEISUNG DATEIEN
Drei verschiedene Formate von Eingabedateien werden unterstützt. Diese sind:
· Bilddateien im Pfm-Format mit geometrischen txt-Dateien
· Bilddateien im Rohformat mit Geomtry-txt-Dateien
· Varian hnd-Dateien
Die pfm- und raw-Dateien sind ähnlich, da sie das Bild als Array von 4 Byte speichern
Little-Endian-Schwimmer. Der einzige Unterschied besteht darin, dass die pfm-Datei einen Header hat, der speichert
die Bildgröße und die Raw-Datei nicht.
Jede pfm- oder Raw-Bilddatei muss eine Geometriedatei im selben Verzeichnis mit der .txt-Datei haben
Verlängerung. Wenn Sie beispielsweise image_0000.pfm in einer Rekonstruktion verwenden möchten, sollten Sie
Liefern Sie eine weitere Datei image_0000.txt, die die Geometrie enthält. Eine kurze Beschreibung von
das Geometriedateiformat ist in . angegeben proj_mat_file_format.
Die Reihenfolge der Dateien sollte mit dem Muster gespeichert werden:
XXXXYYYY.ZZZ
wobei XXXX ein Präfix ist, YYYY eine Zahl ist und .ZZZ die Erweiterung eines bekannten Typs ist
(entweder .hnd, .pfm oder .raw).
Folgendes wäre beispielsweise ein gutes Verzeichnislayout für pfm-Dateien:
Dateien/image_00.pfm
Dateien/image_00.txt
Dateien/image_01.pfm
Dateien/image_01.txt
etc. ..
Die Varian hnd-Dateien sollten im Original-Layout gespeichert werden. Zum Beispiel:
Dateien/ProjectionInfo.xml
Dateien/Scan0/Proj_0000.hnd
Dateien/Scan0/Proj_0001.hnd
etc. ..
Es werden keine Geometrie-txt-Dateien benötigt, um aus dem Varian hnd-Format zu rekonstruieren.
IMAGE GEOMETRY
Standardmäßig wird das Bild beim Generieren eines DRR so ausgerichtet, als ob die virtuelle Röntgenquelle
waren eine Kamera. Das bedeutet, dass für einen rechten seitlichen Film die Spalten des Bildes von
inf bis sup, und die Zeilen gehen von ant zu post. Das Varian OBI-System erzeugt HND-Dateien,
die anders ausgerichtet sind. Für einen rechten seitlichen Film gehen die Spalten der HND-Bilder weg
von ant zu post, und die Zeilen gehen von sup zu inf. Eine Illustration dieser Idee wird gezeigt
in der Abbildung unten.
[Bild] Geometrie von Varian HND-Dateien.UNINDENT
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