frendp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

frend.pl – Rendern einer Bio::Graphics-Feature-Datei im Web

ZUSAMMENFASSUNG

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

BESCHREIBUNG

Das frend.pl-Skript ist ein schlankes Frontend rund um das Bio::Graphics-Modul. Es akzeptiert a
Liste der Dateien, die Sequenz- (Protein-, Nukleotid-)Merkmalskoordinaten aus dem enthalten
Datei(en), die in der Befehlszeile oder in der Standardeingabe aufgeführt sind, rendert sie und erzeugt ein PNG
Datei auf der Standardausgabe.

INSTALLATION

Kopieren Sie dieses Skript in das cgi-bin-Verzeichnis Ihrer Website. Nennen Sie es, wie Sie wollen.

Merkmal Mappen Format

Dieses Skript akzeptiert und verarbeitet Sequenzanmerkungen in einem einfachen tabulatorgetrennten Format oder
im GFF-Format.

Das Feature-Dateiformat verfügt über einen Konfigurationsabschnitt und einen Datenabschnitt. Die Konfiguration
Der Abschnitt legt die Größe und die allgemeinen Eigenschaften des Bildes fest, und der Datenabschnitt gibt sie an
die Feature-Daten selbst.

Konfiguration Abschnitt
Wenn nicht angegeben, generiert dieses Skript einen angemessenen Standardkonfigurationsabschnitt für
Sie müssen also keinen Konfigurationsabschnitt bereitstellen, um ein vernünftiges Bild zu erhalten.
Um jedoch das Erscheinungsbild des Bildes zu optimieren, werden Sie wahrscheinlich eine Optimierung vornehmen wollen
Aufbau. Hier ist ein Auszug aus dem Konfigurationsabschnitt:

# Beispieldatei
[allgemein]
Basen = -1000..21000
Höhe = 12

[EUROPÄISCHE SOMMERZEIT]
Glyphe = Segmente
bgcolor=gelb
Stecker = massiv
Höhe = 5

[FGENES]
glyph = transcript2
bgcolor = grün
Beschreibung = 1

Der Konfigurationsabschnitt ist in eine Reihe von Abschnitten unterteilt, die jeweils mit einem gekennzeichnet sind
[Abschnittsüberschrift]. Der Abschnitt [general] legt globale Optionen für das gesamte Bild fest.
Andere Abschnitte gelten für bestimmte Feature-Typen. Im obigen Beispiel die Konfiguration
im Abschnitt [EST] gilt für Features, die als ESTs gekennzeichnet sind, während die Konfiguration im
Der Abschnitt [FGENES] gilt für Merkmale, die als Vorhersagen aus dem FGENES-Gen gekennzeichnet sind
Vorhersageprogramm.

In jedem Abschnitt befindet sich eine Reihe von Name=Wert-Paaren, wobei der Name der Name eines ist
Option zum Festlegen. Sie können Leerzeichen um das =-Zeichen setzen, um es besser lesbar zu machen, oder sogar
Verwenden Sie bei Bedarf einen Doppelpunkt (:). Die folgenden Optionsnamen werden erkannt:

Beispiel für einen Optionswert
------ ----- -------

Basen Min. und Max. des Sequenzbereichs (bp) 1200..60000
Breite Breite des Bildes (Pixel) 600
height Höhe jedes grafischen Elements (Pixel) 10
Glyphe Stil jedes grafischen Elements (siehe unten) Transkript
fgcolor Vordergrundfarbe jedes Elements Gelb
bgcolor Hintergrundfarbe jedes Elements blau
linewidth Breite der Linien 3
label Drucken Sie den Namen der Funktion 1
Beschreibung Ob die Beschreibung der Funktion gedruckt werden soll 0
Stoßelemente dürfen nicht kollidieren 1
Häkchen Häkchen auf Pfeilen drucken 1
Verbinder Typ des Gruppenverbinders (gestrichelt, Hut oder durchgezogen) gestrichelt

Die Optionen „bases“ und „width“ sind nur im Abschnitt [general] relevant. Sie sind
wird durch die gleichnamigen Befehlszeilenoptionen überschrieben.

Die restlichen Optionen können sich in jedem Abschnitt befinden, sofern sie jedoch im vorhanden sind
Im Abschnitt [Allgemein] werden die Standardeinstellungen für die anderen festgelegt.

Farben sind englischsprachige Farbnamen oder #RRGGBB-Farben im Webstil (siehe ein Buch über HTML).
für eine Erklärung). Wahr/Falsch-Werte sind 1 für wahr und 0 für falsch. Numerische Bereiche können
kann in der Form „start..end“ mit zwei Punkten oder als „start-end“ mit einem Bindestrich ausgedrückt werden.

Die Option „glyph“ steuert, wie die Features gerendert werden. Die folgenden Glyphen sind
implementiert:

Namensbeschreibung
---- -----------

Box Ein gefülltes Rechteck, ungerichtet.
Ellipse Ein Oval.
Pfeil Ein Pfeil; kann unidirektional sein oder
bidirektional. Es ist auch zur Anzeige geeignet
eine Tonleiter mit Dur- und Moll-Teilstrichen und kann
horizontal oder vertikal ausgerichtet sein.
Segmente Eine Reihe gefüllter Rechtecke, die durch einen Volumenkörper verbunden sind
Linien. Wird für unterbrochene Funktionen verwendet, z
Lückenhafte Alignments und Exon-Gruppen.
Transkript Ähnlich wie Segmente, aber die Verbindungslinie ist
eine „Hut“-Form und die Richtung davon
Die Transkription wird durch einen kleinen Pfeil angezeigt.
transcript2 Ähnlich wie transcript, aber die Richtung von
Die Transkription wird durch ein Endsegment angezeigt
in Form eines Pfeils.
Grundierungen Zwei nach innen zeigende Pfeile, die durch eine Linie verbunden sind. Wird für STSs verwendet.

Die Bump-Option ist die wichtigste Option zur Steuerung des Aussehens des Bildes. Wenn festgelegt
auf false (die Zahl 0) setzen, dürfen sich die Features überlappen. Wenn auf true gesetzt (die
Nummer 1), dann bewegen sich die Features vertikal, um eine Kollision zu vermeiden. Falls nicht angegeben,
Bump wird aktiviert, wenn die Anzahl eines bestimmten Typs von Sequenzmerkmalen größer als 50 ist.

Datum Abschnitt
Der Datenabschnitt kann dem Konfigurationsabschnitt folgen oder ihn fortsetzen. Die beiden Abschnitte können
auch vermischt werden. Der Datenabschnitt ist eine durch Tabulatoren oder Leerzeichen getrennte Datei, die Sie verwenden können
Exportieren Sie es aus einer Tabellenkalkulationsanwendung oder einer Textverarbeitungsdatei (achten Sie darauf, dass Sie es als Text speichern).
nur!)

Hier ist ein Beispieldatenabschnitt:

Cosmid B0511 . 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Schwedischer Fisch FGENESH „Gene
1" – 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Transmembrandomäne
FGENESH „Gen 2“ – 16626-17396,17451-17597 Kinase- und Sushi-Domänen

Jede Zeile der Datei enthält fünf Spalten. Die Spalten sind:

Spalte # Beschreibung
-------------------

1 Feature-Typ
2 Funktionsname
3-Strang
4 Koordinaten
5 Beschreibung

Funktionstyp
Der Feature-Typ sollte einer der [Feature-Typ]-Überschriften in der entsprechen
Konfigurationsabschnitt. Ist dies nicht der Fall, werden die [allgemeinen] Optionen auf die angewendet
Funktion beim Rendern. Der Funktionsname ist ein Name für die Funktion. Benutze einen "." oder
„-“, wenn dies nicht relevant ist. Wenn der Name Leerzeichen enthält, geben Sie einfach oder doppelt ein
Setzen Sie den Namen in Anführungszeichen („“).

Strang
Der Strang gibt an, auf welchem ​​Strang sich das Feature befindet. Es ist eines von „+“ für den Vorwärts
Strang, „-“ für den umgekehrten Strang oder „.“ für Features, die nicht gestrandet sind.

Koordinaten
Die Koordinatenspalte besteht aus einem oder mehreren Bereichen, die das Feature einnimmt.
Bereiche werden mit „..“ wie bei „start..stop“ oder mit Bindestrichen wie bei „start-stop“ geschrieben.
Für Features, die aus mehreren Bereichen bestehen &em; transkribiert das zum Beispiel
mehrere Exons haben &em; Sie können die Bereiche entweder durch getrennt in dieselbe Zeile einfügen
Kommas oder Leerzeichen, oder setzen Sie die Bereiche in einzelne Zeilen und verwenden Sie einfach dieselbe Funktion
Benennen Sie sie und geben Sie sie ein, um sie zu gruppieren. Im obigen Beispiel verwenden die Cosmid B0511-Funktionen die
individueller Linienstil, während die FGENESH-Funktionen den All-Ranges-on-One-Line-Stil verwenden
Stil.

Beschreibung
Die letzte Spalte enthält einen beschreibenden Text. Wenn die Beschreibungsoption auf eingestellt ist
true, dieser Text wird im Rendering unter dem Feature gedruckt.

Schließlich ist es möglich, zusammengehörige Features zu gruppieren. Ein Beispiel sind die ESTs
yk53c10.5 und yk53c10.3, die durch Lesevorgänge an den beiden Enden des Klons miteinander verbunden sind
yk53c10. Um diese Beziehung anzuzeigen, erstellen Sie einen Abschnitt, der wie folgt aussieht:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Die Gruppe wird durch eine Zeile angezeigt, die nur zwei Spalten enthält, die das Feature enthalten
Typ und einen eindeutigen Namen für die Gruppe. Folgen Sie dieser Linie mit allen Funktionen, die das bilden
Gruppe, aber lassen Sie die erste Spalte (den Feature-Typ) leer. Die Gruppe wird gerendert von
Zeichnen einer gestrichelten Linie zwischen allen Mitgliedern der Gruppe. Sie können dies ändern, indem Sie
Geben Sie im Konfigurationsabschnitt für diese Funktion eine andere Connector-Option an
Art.

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