Dies ist der Befehl fuzznuce, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fuzznuc – Suche nach Mustern in Nukleotidsequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
fuzznuc -Reihenfolge Fortsetzung -Muster Anleitungen -ergänzen boolean -outfile berichten
fuzznuc -Hilfe
BESCHREIBUNG
fuzznuc ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Nucleic:Motifs“.
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
-Muster Anleitungen
Für die Nukleotide werden die standardmäßigen IUPAC-Einbuchstabencodes verwendet. Das Symbol 'n' ist
Wird für eine Position verwendet, an der jedes Nukleotid akzeptiert wird. Unklarheiten werden durch angezeigt
Auflistung der akzeptablen Nukleotide für eine bestimmte Position in eckigen Klammern '[
]'. Beispiel: [ACG] steht für A oder C oder G. Mehrdeutigkeiten werden auch durch angezeigt
Auflistung der nicht akzeptierten Nukleotide zwischen einem Paar geschweifter Klammern „{}“.
an einer bestimmten Position. Beispiel: {AG} steht für alle Nukleotide außer A und G. Jedes
Element in einem Muster wird von seinem Nachbarn durch ein „-“ getrennt. (Optional in fuzznuc).
Die Wiederholung eines Elements des Musters kann durch Befolgen dieses Elements angezeigt werden
mit einem Zahlenwert oder einem Zahlenbereich zwischen Klammern. Beispiele: N(3)
entspricht NNN, N(2,4) entspricht NN oder NNN oder NNNN. Wenn ein Muster ist
Beschränkt auf das 5'- oder 3'-Ende einer Sequenz, beginnt dieses Muster entweder mit a
'<'-Symbol bzw. endet mit einem '>'-Symbol. Ein Punkt beendet das Muster.
(Optional in fuzznuc). Zum Beispiel [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Fortgeschrittener Abschnitt
-ergänzen boolean
Standardwert: N
Output Abschnitt
-outfile berichten
Nutzen Sie fuzznuce online über die Dienste von onworks.net
