Dies ist der Befehl gaeval, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gaeval – Berechnen Sie Coverage- und Intergrity-Scores für Genmodelle basierend auf Transkripten
Ausrichtungen
ZUSAMMENFASSUNG
Gaeval [Optionen] Ausrichtungen.gff3 genes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
BESCHREIBUNG
Grundlegende Optionen:
-h|--hilfe
Drucken Sie diese Hilfenachricht und beenden Sie das Programm
-v|--Version
Versionsnummer drucken und beenden
Gewichte zur Berechnung der Integritätsbewertung (muss sich zu 1.0 addieren):
-a|--alpha: DOPPELT
Introns bestätigt oder % erwartete CDS-Länge für Single-Exon-Gene; Der Standardwert ist 0.6
-b|--beta: DOPPELT
Exon-Abdeckung; Der Standardwert ist 0.3
-g|--gamma: DOPPELT
% erwartete 5' UTR-Länge; Der Standardwert ist 0.05
-e|--epsilon: DOPPELT
% erwartete 3' UTR-Länge; Der Standardwert ist 0.05
Erwartete Merkmalslängen zur Berechnung des Integritätswerts:
-c|--exp-cds: INT
erwartete CDS-Länge (in bp); Der Standardwert ist 400
-5|--exp-5putr: INT
erwartete 5' UTR-Länge; Der Standardwert ist 200
-3|--exp-3putr: INT
erwartete 3' UTR-Länge; Der Standardwert ist 100
Nutzen Sie Gaeval online über die Dienste von onworks.net
