Dies ist der Befehl genom-music-proximityp, der im kostenlosen Hosting-Provider OnWorks über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Genome Music Proximity - Führen Sie eine Proximity-Analyse auf einer Liste von Mutationen durch.
VERSION
Dieses Dokument beschreibt Genome Music Proximity Version 0.04 (2016-01-01 um 23:10:18)
ZUSAMMENFASSUNG
Genom-Musik-Nähe --maf-file=? --output-file=? --output-dir=? [--max-proximity=?]
[--skip-non-coding] [--skip-silent]
... Musiknähe \
--maf-file Eingabeverzeichnis/myMAF.tsv \
--output-dir ausgabe_dir/ \
--max-Nähe 15
ERFORDERLICH ARGUMENTE
maf-Datei Text
Liste der Mutationen nach TCGA MAF-Spezifikationen v2.3
Ausgabedatei Text
ALLES
Ausgabeverzeichnis Text
Verzeichnis, in das Ausgabedateien geschrieben werden
OPTIONAL ARGUMENTE
Max-Nähe Text
Maximal zulässiger AA-Abstand zwischen 2 Mutationen
Standardwert '7' wenn nicht angegeben
überspringen-nicht codieren Boolean
Überspringen Sie nicht-kodierende Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-nicht-codieren Boolean
Überspringen-Nicht-Codierung auf 'false' setzen
überspringen-stumm Boolean
Überspringen Sie stille Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-silent Boolean
Überspringen-stumm auf 'false' machen
BESCHREIBUNG
Dieses Modul berechnet zunächst die Aminosäureposition jeder Mutation in der MAF-Datei
in seinem jeweiligen Transkript. Dann werden für jede Mutation zwei Werte berechnet: 1)
die Anzahl anderer Mutationen auf demselben Transkript innerhalb der durch die
max-proximity-Eingabeparameter und 2) der Abstand zur nächsten anderen Mutation in diesem
in der Nähe eingestellt. Es werden nur Mutationen gemeldet, die eine andere Mutation in unmittelbarer Nähe haben
in der Ausgabedatei.
Zusätzlich zu den MAF-Headern der Standardversion 2.3 müssen 3 Spalten angehängt werden.
Diese Spaltenüberschriften im MAF müssen diese Namen in der Überschrift haben, damit das Tool
um sie zu finden:
Transkriptname - der Transkriptname, z. B. NM_000028 amino_acid_change - die Aminosäure
Säurewechsel, wie p.R290H
c_position - die Nukleotidposition wurde geändert, z. B. c.869
Die Ausgabe wird mit folgenden Spaltenüberschriften generiert: Mutations_Within_Proximity,
Nearest_Mutation, Gene, Transcript, Affected_Amino_Acid(s), Chr, Start, Stop, Ref_Allel,
Var_Allele, Probe
AUTOREN
Nathan D. Dees, Ph.D.
Dan Koboldt, MS
Cyriac Kandoth, Ph.D.
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