gff2ps – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gff2ps - Erzeugt eine grafische PostScript-Ausgabe aus GFF-Dateien.

ZUSAMMENFASSUNG

gff2ps [Optionen] -- gff_files

BESCHREIBUNG

Dieses Programm zeichnet farbgefüllte DotPlots aus Dateien mit gff-formatierten Datenfeldern. Die
das Programm nimmt als Eingabe die annotierten Merkmale einer genomischen Sequenz im GFF-Format und
erzeugt eine visuelle Ausgabe in PostScript.

OPTIONAL

-h Zusammenfassung der Optionen anzeigen.

-H
Zeigt nur die Hilfe für die angegebene Option an.

-V Ausführlicher Modus, ein vollständiger Bericht wird an Standardfehler gesendet (Standard sendet nur
Warnungen).

-v Stiller Modus: Alle Warnungen deaktivieren, keine Meldungen an Standardfehler gesendet.

-d Schreiben (oder neu schreiben, falls vorhanden) benutzerdefinierte Standarddatei.

-D
Erstellen Sie eine neue benutzerdefinierte Standarddatei mit dem angegebenen Dateinamen.

-C
Laden Sie die angegebene benutzerdefinierte Datei und hängen Sie sie an die benutzerdefinierte Standarddatei (.gff2psrc) an.

-s
Nützlich, um die Seitengröße zu ändern (Standard ist a4).

-p Ändert die Seitenausrichtung in Hochformat (Standard ist Querformat).

-G
Legt die Farbe für FOREGROUND fest (Standard ist schwarz).

-g
Legt die Farbe für den HINTERGRUND fest (Standard ist weiß).

-P <#> Legt fest, wie viele Seiten benötigt werden, um Ihre Ausgabe aufzuteilen (Standard ist eins).

-S <#> Zoom erstes Nukleotid (Standard ist Sequenzursprung).

-E <#> Letztes Nukleotid zoomen (Standard ist Sequenzlänge).

-B <#> Setzt Blöcke pro Seite (Standard ist eins).

-N <#> Setzt Nukleotide pro Zeile (Standard ist die größte Sequenzposition aus Eingabe gff-
Dateien).

-b Blöcke von links nach rechts und von oben nach unten (Standard ist zuerst von oben nach unten).

-L Kopfzeile ausschalten (Titelbereich).

-T
Definieren des Titels (Standard ist Eingabe gff Dateiname).

-t
Untertitel definieren (Standard ist keiner).

-l Zeigt keine Seitennummerierung an.

-O Zeigt kein Datum an.

-o Zeigt keine Zeit an.

-M <#> Anzahl der Haupttickmarks pro Zeile (Standard 10).

-K <#> Skala der großen Häkchen in Nukleotiden, Standard ist die Nukleotidlänge für Linien
geteilt durch die Zahl der großen Markierungen (siehe Option -T).

-m <#> Anzahl der kleinen Teilstriche zwischen den großen Teilstrichen (Standard 10).

-k <#> Skala für kleinere Teilstriche in Nukleotiden Standard ist die Größe der großen Teilstriche geteilt durch
kleine Häkchenzahl (siehe Option -t).

-w, -f Schalten Sie die Anzeige von Vorwärtsstrang(Watson)-Elementen aus.

-C, -r Schalten Sie die Anzeige von Reverse-Strang(Crick)-Elementen aus.

-i Anzeige strangunabhängiger Elemente ausschalten.

-0
Setzt die Farbe für Rahmen "0" (Standard ist blau).

-1 Legt die Farbe für Rahmen "1" fest (Standard ist rot).

-2 Legt die Farbe für Rahmen "2" fest (Standard ist grün).

-3 Setzt die Farbe für den Rahmen "." (Standard ist orange).

-n Beschriftungen für Elementpositionen ausschalten.

-a Deaktivieren Sie die CopyRight-Linie auf dem Plot.

VARIABLEN

Es gibt drei Umgebungsvariablen, die von Benutzern nach ihren Präferenzen eingestellt werden können:

+ Sie können den Pfad angeben, in dem GFF2PS die Standarddateien mit der Shell finden kann
Variable "GFF2PS_CFDIR". Der Standardwert ist der Pfad, in dem Sie GFF2PS ausführen.
+ Sie können auch den gewünschten benutzerdefinierten Standarddateinamen mit der Variablen definieren
"GFF2PS_CUSTOMFILE", der Standarddateiname des Programms für die benutzerdefinierte Datei ist ".gff2psrc".
+ GFF2PS muss einige temporäre Dateien in ein Verzeichnis mit Berechtigungen für aktuelles schreiben
Benutzer zum Lesen und Schreiben. Der Standardpfad für das temporäre Verzeichnis ist auf "/ tmp /" doch kannst du
weisen Sie über die Variable "GFF2PS_TMP" einen anderen temporären Verzeichnispfad zu.

Setzen dieser Variablen in der Bourne-Shell (bash):
export GFF2PS_CFDIR="Pfad"
export GFF2PS_CUSTOMFILE="Dateiname"
export GFF2PS_TMP="Pfad"

Verwenden einer C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "Pfad"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "Dateiname"
setenv GFF2PS_TMP "Pfad"

IHRE NACHRICHT

* Die definierten Farben sind:
Grundfarben: schwarz weiß
Variable Farben: grau magenta violett blau himmelblau cyan seegrün grün lindgrün gelb
orange rot braun
Sie erhalten fünf Farbtöne von Variable Colors mit "sehr dunkel", "dunkel", "hell" und
"sehr leichte" Präfixe. Ein Beispiel: sehr dunkel meergrün dunkel meergrün meergrün hell meergrün
sehr hellmeergrün

* Die definierten Seitengrößen sind:
Von A0 bis A10, von B0 bis B10, 10x14, Executive, Folio, Ledger, Legal, Letter, Quarto,
Aussage und Boulevardzeitung.

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