Dies ist der Befehl glam2-purge, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
glam2-purge – Entfernt redundante Sequenzen aus einer FASTA-Datei
ZUSAMMENFASSUNG
glam2-purge Datei Ergebnis [Optionen]
BESCHREIBUNG
glam2-purge ist eine modifizierte Version von Andrew Neuwalds Säuberung Programm, das überflüssige Dateien entfernt
Sequenzen aus einer FASTA-Datei. Dies wird empfohlen, um starke Ähnlichkeiten zu verhindern
Sequenzen, die die Motivsuche verzerren. Purge funktioniert entweder mit DNA oder Protein
Sequenzen und erstellt eine Ausgabedatei, sodass keine zwei Sequenzen ein (lückenloses) lokales haben
Alignment-Score größer als ein vom Benutzer festgelegter Schwellenwert. Die Ausgabedatei wird benannt
. . Der Alignment-Score basiert auf der BLOSUM62-Matrix für Proteine und auf a
+5/-1 Punkteschema für DNA. Purge kann auch zum Maskieren von Tandemwiederholungen verwendet werden. Es nutzt die
XNU-Programm für diesen Zweck.
OPTIONAL
-n
Sequenzen sind DNA (Standard: Protein).
-b
Verwenden Sie die heuristische Blast-Methode (Standard für Protein).
-e
Verwenden Sie eine erschöpfende Methode (Standard für DNA).
-q
Behalten Sie die erste Sequenz im Satz bei.
-x
Verwenden Sie xnu, um Protein-Tandem-Wiederholungen zu maskieren.
Nutzen Sie glam2-purge online über die Dienste von onworks.net
