Dies ist der Befehl gmod_gff3_preprocessor.plp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
$0 – Bereitet eine GFF3-Datei für das Massenladen in eine Chado-Datenbank vor.
ZUSAMMENFASSUNG
% gmod_gff_preprocessor [Optionen] --gfffile
BEFEHLSZEILE OPTIONAL
--gfffile Die Datei, die GFF3 enthält (optional, kann gelesen werden
von stdin)
--outfile Der Name des Kernels, der zum Benennen von Ergebnisdateien verwendet wird
--splitfile Teilen Sie die Dateien in überschaubarere Blöcke auf und stellen Sie sie bereit
ein Argument zur Kontrolle der Aufteilung
--onlysplit Dateien teilen und dann beenden (d. h. nicht sortieren)
--nosplit Dateien nicht teilen (d. h. nur sortieren)
--hasrefseq Legen Sie dies fest, wenn die Datei eine Referenzsequenzzeile enthält
(Nur erforderlich, wenn Dateien nicht geteilt werden)
--dbprofile Geben Sie einen gmod.conf-Profilnamen an (andernfalls verwenden Sie den Standardwert).
--inheritance_tiers Wie viele Vererbungsstufen erwarten Sie für diese Datei?
haben (Standard: 3)
BESCHREIBUNG
splitfile – Wenn Sie dieses Flag einfach auf 1 setzen, wird die Datei nach Referenz aufgeteilt
Reihenfolge. Wenn Sie ein optionales Argument angeben, wird es entsprechend weiter aufgeteilt
diese Regeln:
source=1 Teilt Dateien entsprechend dem Wert in der Quellspalte auf
source=a,b,c Fügt Zeilen mit übereinstimmenden Quellen ein (über regulären Ausdruck)
„a“, „b“ oder „c“ in einer separaten Datei
type=a,b,c Fügt Zeilen mit Typen, die mit „a“, „b“ oder „c“ übereinstimmen, in a ein
separate Datei
Wenn Sie beispielsweise möchten, dass alle Ihre Analyseergebnisse in einer separaten Datei gespeichert werden, können Sie dies tun
könnte „--splitfile type=match“ und alle cDNA_match, EST_match und anzeigen
cross_genome_match-Funktionen würden in separaten Dateien gespeichert (getrennt nach Referenzsequenz).
inheritence_tiers – Die Anzahl der Vererbungsebenen dieser Datei. Zum Beispiel, wenn
Die Datei enthält „zentrale Dogma“-Gene (Gen/mRNA/Exon, Polypeptid), dann enthält sie 3. Nach oben
bis 4 wird unterstützt, aber je höher die Zahl, desto langsamer ist die Ausführung. Wenn nicht
Wissen Sie, 3 ist eine vernünftige Schätzung.
SCHNELL Reihenfolge
Wenn die GFF3-Datei am Ende eine FASTA-Sequenz enthält, wird die Sequenz in a platziert
separate Datei mit der Erweiterung „.fasta“. Diese Fasta-Datei kann anschließend separat geladen werden
Die aufgeteilten und/oder sortierten GFF3-Dateien werden mit dem folgenden Befehl geladen:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Verwenden Sie gmod_gff3_preprocessor.plp online über die Dienste von onworks.net
