Dies ist der Befehl gmod_make_cvtermpath.plp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmod_make_cvtermpath.pl – berechnet den transitiven Abschluss der Ontologieterme im
cvterm-Tabelle
ANWENDUNG
perl gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
perl gmod_make_cvtermpath.pl -g [GMODConf_profile] -c cvname
Parameter
-c Name der Ontologie (cv.name), auf der der transitive Abschluss berechnet werden soll. (Erforderlich)
-v Ausführliche Ausgabe
-t Testmodus. Führen Sie überhaupt keine Speichervorgänge durch. (Nicht implementiert)
-o Ausgabedatei zum Schreiben von Fehlern und ausführlichen Nachrichten (optional)
-g GMOD-Datenbankprofilname (kann Host- und DB-Namen bereitstellen) Standard: „default“
If nicht Verwendung von a GMOD Datenbank profile (Möglichkeit -G) dann U sollen die Folgende
Parameter
-D Datenbankname
-H Hostname
-d Name des Datenbanktreibers (z. B. „Pg“ für Postgres)
-u [Optional – wenn der Standardbenutzer nicht verwendet wird] Datenbankbenutzername
-p [Optional – wenn Sie ein Passwort benötigen, um sich mit Ihrer Datenbank zu verbinden] Passwort für Ihren Benutzer
um eine Verbindung zur Datenbank herzustellen
BESCHREIBUNG
Dieses Skript berechnet den transitiven Abschluss der Ontologieterme in der cvterm-Tabelle.
Da dies ein rechenintensiver Vorgang ist, ist dies für einen großen Lebenslauf wie das Gen erforderlich
Die Ontologie kann mehrere Stunden dauern. Weitere Informationen darüber, was ein transativer Abschluss ist, finden Sie unter
bitte sehen:
http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#Grafiken
Verwenden Sie gmod_make_cvtermpath.plp online über die Dienste von onworks.net
