Dies ist der Befehl gmx-check, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-check - Dateien prüfen und vergleichen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx-Check [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-Bonlo ] [-Bonhi ] [-[nein]rmsd] [-Tol ]
[-abstol ] [-[nein]ab] [-laster ]
BESCHREIBUNG
gmx aus der Ferne überprüfen liest eine Flugbahn (.tng, .trr or .xtc), eine Energiedatei (.edr) oder eine Indexdatei
(.ndx) und druckt nützliche Informationen dazu aus.
Option -c prüft das Vorhandensein von Koordinaten, Geschwindigkeiten und Boxen in der Datei, um zu schließen
Kontakte (kleiner als -vdwfac und nicht verklebt, dh nicht zwischen -Bonlo und -Bonhi, alle
relativ zur Summe der Van-der-Waals-Radien) und der Atome außerhalb der Box (diese können
kommen häufig vor und sind kein Problem). Wenn Geschwindigkeiten vorhanden sind, wird eine geschätzte Temperatur
aus ihnen berechnet werden.
Wenn eine Indexdatei angegeben ist, wird deren Inhalt zusammengefasst.
Wenn sowohl eine Flugbahn als auch a .tpr Datei angegeben (mit -s1) überprüft das Programm, ob
die in der tpr-Datei definierten Bindungslängen stimmen tatsächlich in der Trajektorie. Wenn nicht du
kann nicht übereinstimmende Dateien haben, z. B. durch das Entmischen oder aufgrund von Problemen mit virtuellen Sites.
Mit diesen Flaggen gmx aus der Ferne überprüfen bietet eine schnelle Überprüfung für solche Probleme.
Das Programm kann zwei Laufeingaben vergleichen (.tpr) Dateien, wenn beide -s1 und -s2 geliefert werden.
In ähnlicher Weise kann ein Paar von Trajektoriendateien verglichen werden (unter Verwendung der -f2 Option) oder ein Paar
Energiedateien (mithilfe der -e2 Möglichkeit).
Für Freie-Energie-Simulationen kann die A- und B-Zustandstopologie aus einer Laufeingabedatei
im Vergleich zu Optionen -s1 und -ab.
Im Fall des -m Flag wird eine LaTeX-Datei geschrieben, die aus einem groben Umriss besteht
für einen Methodenteil für eine Arbeit.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Optional)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Optional)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-e [<.edr>] (ener.edr) (Optional)
Energiedatei
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Optional)
Energiedatei
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-m [<.tex>] (doc.tex) (Optional)
LaTeX-Datei
Andere Optionen:
-vdwfac (0.8)
Bruchteil der Summe der VdW-Radien, die als Warnabschaltung verwendet werden
-Bonlo (0.4)
Mindest. Bruch. der Summe der VdW-Radien für gebundene Atome
-Bonhi (0.7)
max. Bruch. der Summe der VdW-Radien für gebundene Atome
-[nein]rmsd (Nein)
RMSD für x, v und f . drucken
-Tol (0.001)
Relative Toleranz für den Vergleich von Realwerten definiert als 2*(ab)/(|a|+|b|)
-abstol (0.001)
Absolute Toleranz, nützlich, wenn Summen nahe Null sind.
-[nein]ab (Nein)
Vergleichen Sie die A- und B-Topologie aus einer Datei
-laster
Letzter zu vergleichender Energieterm (wenn nicht alle angegeben, werden alle getestet). Es macht Sinn nach oben zu gehen
bis der Druck.
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