Dies ist der Befehl gmx-cluster, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann.
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-cluster - Clusterstrukturen
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Cluster [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-Distanz [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-konv [<.xvg>]]
[-gr [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-Kl [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-Sie ] [-[jetzt]
[-xvg ] [-[no]dista] [-nStufen ]
[-abgeschnitten ] [-[passt nicht] [-max ] [-überspringen ]
[-[no]av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-Methode ] [-minstruct ] [-[no]binary]
[-M ] [-P ] [-Samen ] [-Salpeter ]
[-nrandom ] [-kT ] [-[nein]pbc]
BESCHREIBUNG
gmx Gruppe können Strukturen mithilfe verschiedener Methoden clustern. Entfernungen zwischen
Strukturen können aus einer Trajektorie bestimmt oder aus einem .xpm Matrixdatei mit der
-dm Option. RMS-Abweichung nach Anpassung oder RMS-Abweichung der Atompaarabstände können
wird verwendet, um den Abstand zwischen Strukturen zu definieren.
Einzelverknüpfung: Fügen Sie eine Struktur zu einem Cluster hinzu, wenn ihre Distanz zu einem beliebigen Element des
Cluster ist kleiner als Cutoff-.
Jarvis Patrick: Fügen Sie einem Cluster eine Struktur hinzu, wenn diese Struktur und eine Struktur im
Cluster haben einander als Nachbarn und sie haben mindestens P Nachbarn gemeinsam. Die
Nachbarn einer Struktur sind die M nächstgelegenen Strukturen oder alle Strukturen innerhalb Cutoff-.
Monte Carlo: Ordnen Sie die RMSD-Matrix mit Monte Carlo neu, sodass die Reihenfolge der Frames
ist die Verwendung der kleinstmöglichen Inkremente. Damit ist es möglich, eine glatte
Animation von einer Struktur zur anderen mit dem größtmöglichen (z. B.) RMSD
zwischen ihnen, jedoch sollten die Zwischenschritte so klein wie möglich sein. Anwendungen
könnte darin bestehen, ein Potential der mittleren Kraft Ensemble von Simulationen oder eine Zug
Simulation. Natürlich muss der Benutzer die Trajektorie gut vorbereiten (z.B. indem er nicht
Überlagerung von Frames). Das Endergebnis kann visuell überprüft werden, indem man die Matrix betrachtet
.xpm Datei, die von unten nach oben gleichmäßig variieren sollte.
Diagonalisierung: Diagonalisieren Sie die RMSD-Matrix.
gromos: Verwenden Sie den Algorithmus wie in Daura beschrieben et al. (Angew. Chem. Int. Ed 1999, 38, Pp
236-240). Zählen Sie die Anzahl der Nachbarn mit Cut-off, nehmen Sie die Struktur mit der größten Anzahl von
Nachbarn mit allen seinen Nachbarn als Cluster und entfernen Sie ihn aus dem Pool der Cluster.
Wiederholen Sie den Vorgang für die restlichen Strukturen im Pool.
Wenn der Clustering-Algorithmus jede Struktur genau einem Cluster zuordnet (einzelne
Linkage, Jarvis Patrick und Gromos) und eine Trajektoriendatei wird mitgeliefert, die Struktur mit
der kleinste durchschnittliche Abstand zu den anderen oder die durchschnittliche Struktur oder alle Strukturen für
Jeder Cluster wird in eine Trajektoriendatei geschrieben. Beim Schreiben aller Strukturen werden separate
Für jeden Cluster werden nummerierte Dateien erstellt.
Es werden immer zwei Ausgabedateien geschrieben:
· -o schreibt die RMSD-Werte in die obere linke Hälfte der Matrix und eine grafische
Darstellung der Cluster in der unteren rechten Hälfte. -minstruct = 1 die grafische
Die Darstellung ist schwarz, wenn sich zwei Strukturen im selben Cluster befinden. -minstruct > 1
Für jeden Cluster werden unterschiedliche Farben verwendet.
· -g schreibt Informationen zu den verwendeten Optionen und eine detaillierte Liste aller Cluster und
ihre Mitglieder.
Zusätzlich können eine Reihe optionaler Ausgabedateien geschrieben werden:
· -Distanz schreibt die RMSD-Verteilung.
· -ev schreibt die Eigenvektoren der RMSD-Matrixdiagonalisierung.
· -gr schreibt die Clustergrößen.
· -tr schreibt eine Matrix der Anzahl der Übergänge zwischen Clusterpaaren.
· -ntr schreibt die Gesamtzahl der Übergänge zu oder von jedem Cluster.
· -clid schreibt die Clusternummer als Funktion der Zeit.
· -Kl schreibt Durchschnitt (mit Option -ein V) oder zentrale Struktur jedes Clusters oder schreibt
nummerierte Dateien mit Clustermitgliedern für eine ausgewählte Gruppe von Clustern (mit der Option -wcl,
hängt -nst und -rmsmin). Das Zentrum eines Clusters ist die Struktur mit dem
kleinster durchschnittlicher RMSD aller anderen Strukturen des Clusters.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-om [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
-g [<.log>] (cluster.log)
Logdatei
-Distanz [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-konv [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-gr [<.xvg>] (clust-size.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-clid [<.xvg>] (clust-id.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Kl [<.xtc/.trr/...>] (clusters.pdb) (Optional)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-[no]dista (Nein)
Verwenden Sie RMSD von Entfernungen anstelle von RMS-Abweichung
-nStufen (40)
Diskretisieren Sie die RMSD-Matrix in dieser Anzahl von Ebenen
-abgeschnitten (0.1)
RMSD-Grenzwert (nm) für zwei benachbarte Strukturen
-[passt nicht (Ja)
Verwenden Sie die Methode der kleinsten Quadrate vor der RMSD-Berechnung
-max (-1)
Maximalpegel in der RMSD-Matrix
-überspringen (1)
Analysieren Sie nur jedes n-te Bild
-[no]av (Nein)
Schreiben Sie die durchschnittliche ISO-Mittelstruktur für jeden Cluster
-wcl (0)
Schreiben Sie die Strukturen für diese Anzahl von Clustern in nummerierte Dateien
-nst (1)
Schreiben Sie nur alle Strukturen, wenn mehr als diese Anzahl Strukturen pro Cluster vorhanden sind.
-rmsmin (0)
minimale RMS-Differenz zum Rest des Clusters zum Schreiben von Strukturen
-Methode (Verknüpfung)
Methode zur Clusterbestimmung: Linkage, Jarvis-Patrick, Monte-Carlo,
Diagonalisierung, Gromos
-minstruct (1)
Mindestanzahl von Strukturen im Cluster für die Einfärbung im .xpm Datei
-[no]binary (Nein)
Behandeln Sie die RMSD-Matrix als bestehend aus 0 und 1, wobei der Cut-off gegeben ist durch
-abgeschnitten
-M (10)
Anzahl der nächsten Nachbarn, die für den Jarvis-Patrick-Algorithmus berücksichtigt werden, 0 ist die Verwendung
Cutoff-
-P (3)
Anzahl identischer nächster Nachbarn, die zur Bildung eines Clusters erforderlich sind
-Samen (1993)
Zufallszahlen-Startwert für den Monte-Carlo-Clusteralgorithmus: <= 0 bedeutet generieren
-Salpeter (10000)
Anzahl der Iterationen für MC
-nrandom (0)
Die ersten Iterationen für MC können völlig zufällig durchgeführt werden, um die Frames zu mischen
-kT (0.001)
Boltzmann-Gewichtungsfaktor für die Monte-Carlo-Optimierung (Null Abbiegungen bergauf
Schritte)
-[nein]pbc (Ja)
PBC-Check
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