Dies ist der Befehl gmx-confrms, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-confrms - Passt zwei Strukturen an und berechnet die RMSD
ZUSAMMENFASSUNG
gmx bestätigt [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-Nein [<.ndx>]] [-[jetzt] [-[niemand] [-[nein]mw] [-[nein]pbc]
[-[passt nicht] [-[kein Name] [-[kein]Label] [-[nein]bfac]
BESCHREIBUNG
gmx bestätigt berechnet die quadratische Abweichung (RMSD) von zwei Strukturen nach
Kleinste Quadrate, die die zweite Struktur auf die erste passen. Die beiden Strukturen NICHT
müssen die gleiche Anzahl von Atomen haben, nur die beiden für die Anpassung verwendeten Indexgruppen müssen
identisch sein. Mit -Name nur passende Atomnamen aus den ausgewählten Gruppen werden verwendet
für die Fit- und RMSD-Berechnung. Dies kann beim Vergleich von Mutanten eines Proteins nützlich sein.
Die überlagerten Strukturen werden in eine Datei geschrieben. In einem .pdb Datei werden die beiden Strukturen sein
als separate Modelle geschrieben (verwenden Rasmol -nmrpdb). Auch in a .pdb Datei, B-Faktoren berechnet
aus den atomaren MSD-Werten können mit . geschrieben werden -bfac.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Optional)
Indexdatei
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb
-Nein [<.ndx>] (match.ndx) (Optional)
Indexdatei
Andere Optionen:
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-[niemand (Nein)
Schreiben Sie nur die angepasste Struktur in die Datei
-[nein]mw (Ja)
Massegewichtete Anpassung und RMSD
-[nein]pbc (Nein)
Versuche, Moleküle wieder ganz zu machen
-[passt nicht (Ja)
Überlagerung der Zielstruktur mit der Referenz nach der Methode der kleinsten Quadrate
-[kein Name (Nein)
Nur übereinstimmende Atomnamen vergleichen
-[kein]Label (Nein)
Kettenetiketten A für die erste und B für die zweite Struktur hinzugefügt
-[nein]bfac (Nein)
Ausgabe von B-Faktoren aus atomaren MSD-Werten
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