gmx-covar - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-covar - Berechnen und diagonalisieren Sie die Kovarianzmatrix

ZUSAMMENFASSUNG

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ein V [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ASCII [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Sie ] [-xvg ] [-[passt nicht]
[-[nein]ref] [-[nein]mwa] [-letzte ] [-[nein]pbc]

BESCHREIBUNG

gmx covar berechnet und diagonalisiert die (massengewichtete) Kovarianzmatrix. Alle
Strukturen werden an die Struktur in der Strukturdatei angepasst. Wenn das kein Lauf ist
Die Periodizität der Eingabedatei wird nicht berücksichtigt. Wenn die Fit- und Analysegruppen
identisch sind und die Analyse nicht massegewichtet ist, wird die Anpassung auch nicht
Masse gewichtet.

Die Eigenvektoren werden in eine Trajektoriendatei (-v). Wenn die gleichen Atome für verwendet werden
der Anpassung und der Kovarianzanalyse wird zuerst die Referenzstruktur für die Anpassung geschrieben
mit t=-1. Der Durchschnitt (oder Referenz, wenn -Ref verwendet wird) Struktur wird mit t=0 geschrieben,
die Eigenvektoren werden als Frames mit der Eigenvektornummer als Zeitstempel geschrieben.

Die Eigenvektoren können analysiert werden mit gmx anäig.

Option -ASCII schreibt die gesamte Kovarianzmatrix in eine ASCII-Datei. Die Reihenfolge der
Elemente ist: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Option -xpm schreibt die gesamte Kovarianzmatrix in an .xpm Datei.

Option -xpma schreibt die atomare Kovarianzmatrix in an .xpm Datei, dh für jedes Atompaar
die Summe der Kovarianzen xx, yy und zz wird geschrieben.

Beachten Sie, dass die Diagonalisierung einer Matrix Speicher und Zeit erfordert, die bei zunimmt
mindestens so schnell wie das Quadrat der Anzahl der beteiligten Atome. Es ist leicht, auszugehen
Speicher, in diesem Fall wird dieses Tool wahrscheinlich mit einem 'Segmentierungsfehler' beendet. Du solltest
Überlegen Sie sorgfältig, ob eine reduzierte Anzahl von Atomen Ihre Anforderungen zu geringeren Kosten erfüllt.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Flugbahn mit voller Präzision: trr cpt tng

-ein V [<.gro/.g96/...>] (Durchschnitt.pdb)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb

-l [<.log>] (covar.log)
Logdatei

-ASCII [<.dat>] (covar.dat) (Optional)
Generische Datendatei

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-[passt nicht (Ja)
An eine Referenzstruktur anpassen

-[nein]ref (Nein)
Verwenden Sie die Abweichung von der Konformation in der Strukturdatei statt von der
durchschnittlich

-[nein]mwa (Nein)
Massengewichtete Kovarianzanalyse

-letzte (-1)
Letzter abzuschreibender Eigenvektor (-1 ist bis zum letzten)

-[nein]pbc (Ja)
Korrekturen für periodische Randbedingungen anwenden

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