gmx-densmap - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-densmap - Berechnen Sie planare oder axial-radiale 2D-Dichtekarten

ZUSAMMENFASSUNG

gmx-Dichtekarte [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-Behälter ] [-behaupten ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-max ] [-rmax ] [-[kein]Spiegel] [-[keine] Summen]
[-Einheit ] [-admin ] [-dmax ]

BESCHREIBUNG

gmx Dichte berechnet 2D-Zahlendichtekarten. Es kann planare und axial-radiale Dichte herstellen
Karten. Die Ausgabe .xpm Datei kann beispielsweise mit xv visualisiert und konvertiert werden in
Nachsatz mit xpm2ps. Optional kann die Ausgabe in Textform an a . erfolgen .dat Datei mit -od,
statt des üblichen .xpm Datei mit -o.

Die Standardanalyse ist eine 2D-Zahl-Dichte-Karte für eine ausgewählte Gruppe von Atomen in der xy
Flugzeug. Die Mittelungsrichtung kann mit der Option . geändert werden -behaupten. Wenn -xmin und / oder
-xmax Es werden nur Atome gesetzt, die in Mittelungsrichtung innerhalb der Grenze(n) liegen
berücksichtigen. Der Rasterabstand wird mit der Option -Behälter. Wenn -n1 or -n2 ist nicht null,
die Rastergröße wird durch diese Option eingestellt. Kartongrößenschwankungen werden richtig berücksichtigt
Konto.

Wenn Optionen -max und -rmax gesetzt sind, wird eine axial-radiale Anzahl-Dichte-Abbildung erstellt. Drei
Gruppen versorgt werden sollen, die Schwerpunkte der ersten beiden Gruppen definieren die Achse,
der dritte definiert die Analysegruppe. Die axiale Richtung geht von -amax bis +amax, wobei
der Mittelpunkt ist definiert als der Mittelpunkt zwischen den Schwerpunkten und dem positiven
Richtung geht vom ersten zum zweiten Massenmittelpunkt. Die radiale Richtung geht
von 0 bis rmax oder von -rmax bis +rmax, wenn die -Spiegel Option eingestellt wurde.

Die Normierung der Ausgabe wird mit der -Einheit Möglichkeit. Die Standardeinstellung erzeugt ein wahres
Zahlendichte. Einheit nm-2 lässt die Normalisierung für die Mittelwertbildung oder den Winkel weg
Richtung. Möglichkeit zählen erzeugt die Zählung für jede Rasterzelle. Wenn Sie das nicht wollen
in der Ausgabe von Null bis zur maximalen Dichte skalieren, das Maximum können Sie mit . einstellen
die Option -dmax.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (Optional)
Generische Datendatei

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-Behälter (0.02)
Gittergröße (nm)

-behaupten (z)
Die Richtung zum Mittelwert über: z, y, x

-xmin (-1)
Minimale Koordinate für die Mittelwertbildung

-xmax (-1)
Maximale Koordinate für die Mittelwertbildung

-n1 (0)
Anzahl der Rasterzellen in der ersten Richtung

-n2 (0)
Anzahl der Rasterzellen in der zweiten Richtung

-max (0)
Maximaler axialer Abstand vom Zentrum

-rmax (0)
Maximaler radialer Abstand

-[kein]Spiegel (Nein)
Fügen Sie das Spiegelbild unterhalb der axialen Achse hinzu

-[keine] Summen (Nein)
Dichtesummen (1D-Karte) auf Standard drucken

-Einheit (nm-3)
Einheit für die Ausgabe: nm-3, nm-2, count

-admin (0)
Mindestdichte in der Ausgabe

-dmax (0)
Maximale Dichte in der Ausgabe (0 bedeutet, dass sie berechnet wird)

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