gmx-energy - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-energy - Schreibt Energien in xvg-Dateien und zeigt Durchschnittswerte an

ZUSAMMENFASSUNG

gmx-Energie [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-Viol [<.xvg>]] [-paare [<.xvg>]] [-oder ein [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oft [<.xvg>]] [-korr [<.xvg>]]
[-schrauben [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[jetzt] [-xvg ] [-[keine Gebühr]
[-fetemp ] [-Null ] [-[keine] Summe] [-[nein]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[nein]mutot] [-überspringen ]
[-[nein]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[keine] Driftkorr] [-[kein]fluk] [-[nein]orinst] [-[nein]ovec]
[-acflen ] [-[no]normalisieren] [-P ]
[-fitfn ] [-Beginfit ] [-Endfit ]

BESCHREIBUNG

gmx Energie extrahiert Energiekomponenten oder Distanzbeschränkungsdaten aus einer Energiedatei. Die
der Benutzer wird aufgefordert, interaktiv die gewünschten Energieterme auszuwählen.

Mittelwert, RMSD und Drift werden mit voller Genauigkeit aus der Simulation berechnet (siehe
gedrucktes Handbuch). Die Drift wird berechnet, indem eine Anpassung der Daten nach der Methode der kleinsten Quadrate an a . durchgeführt wird
gerade Linie. Die gemeldete Gesamtdrift ist die Differenz der Anpassung am ersten und am letzten
Punkt. Eine Fehlerschätzung des Durchschnitts wird basierend auf einem Blockmittelwert über 5 Blöcke angegeben
unter Verwendung der Mittelwerte mit voller Genauigkeit. Die Fehlerabschätzung kann über mehrere Blöcke erfolgen
Längen mit den Optionen -nbmin und -nbmax. Note dass in den meisten Fällen die Energiedateien
enthält Mittelwerte über alle MD-Schritte oder über viel mehr Punkte als die Anzahl der Bilder in
Energie-Datei. Das macht die gmx Energie Statistikausgabe genauer als die .xvg
Ausgang. Wenn keine genauen Mittelwerte in der Energiedatei vorhanden sind, werden die erwähnten Statistiken
oben sind einfach über den einzelnen Energiewerten pro Frame.

Der Begriff Fluktuation gibt den RMSD um die Anpassung der kleinsten Quadrate an.

Einige fluktuationsabhängige Eigenschaften können berechnet werden, vorausgesetzt, die Energieterme sind korrekt
ausgewählt sind und dass die Befehlszeilenoption -fluct_props gegeben ist. Folgende
Eigenschaften werden berechnet:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│Eigenschaft │ Energiebegriffe benötigt │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Wärmekapazität C_p (NPT sims): │ Enthalpie, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Wärmekapazität C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Wärmeausdehnungskoeffizient. (NPT): │ Enthalpie, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Isotherme Kompressibilität: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Adiabatischer Schüttmodul: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Sie müssen immer die Anzahl der Moleküle einstellen -nmol. Die C_p/C_v-Berechnungen tun nicht
eventuelle Korrekturen für Quanteneffekte einschließen. Verwenden Sie die gmx zwei Programm, wenn du das brauchst (und
Sie machen).

Wenn das -Viol gesetzt ist, werden die zeitgemittelten Verstöße geplottet und die laufenden
zeitgemittelte und momentane Summe der Verstöße werden neu berechnet. Zusätzlich läuft
zeitgemittelte und momentane Abstände zwischen ausgewählten Paaren können mit dem
-paare .

Optionen -oder ein, -ort, -oda, -odr und -odt werden zur Analyse von Orientierungsbeschränkungsdaten verwendet.
Die ersten beiden Optionen zeichnen die Orientierung, die letzten drei die Abweichungen der
Orientierungen aus den experimentellen Werten. Die Optionen, die auf einem 'a' enden, zeichnen die
Durchschnitt über die Zeit als Funktion der Zurückhaltung. Die Optionen, die mit einem 't' enden, führen zum
Benutzer für Rückhalteetikettennummern und zeichnen Sie die Daten als Funktion der Zeit. Möglichkeit -odr
zeichnet die RMS-Abweichung als Funktion der Zurückhaltung auf. Wenn der Lauf Zeit oder Ensemble verbrauchte
gemittelte Orientierungseinschränkungen, Option -oderinst kann verwendet werden, um die momentanen,
nicht ensemblegemittelte Orientierungen und Abweichungen statt Zeit und Ensemble
Durchschnittswerte.

Option -oft zeichnet die Eigenwerte des molekularen Ordnungstensors für jede Orientierung
Zurückhaltungsexperiment. Mit Option -ovec auch die Eigenvektoren sind aufgetragen.

Option -oh extrahiert und zeichnet die freien Energiedaten (Hamiltosche Differenzen und/oder die
Hamiltonsche Ableitung dhdl) von ener.edr Datei.

Mit der -Gebühr es wird eine Schätzung für die Differenz der freien Energie mit einem idealen Gas berechnet
Zustand:

Delta A = A(N,V,T) - A_Idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

wobei k die Boltzmann-Konstante ist, T wird gesetzt durch -fetemp und der Durchschnitt liegt über dem Ensemble
(oder Zeit in einer Flugbahn). Beachten Sie, dass dies im Prinzip nur bei der Mittelwertbildung richtig ist
über das ganze (Boltzmann-)Ensemble und unter Ausnutzung der potentiellen Energie. Dies ermöglicht auch
eine Entropieabschätzung mit:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_Idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_Idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Wenn eine zweite Energiedatei angegeben wird (-f2), wird eine freie Energiedifferenz berechnet:

dF = -kT ln( _EIN) ,

wobei E_A und E_B die Energien aus der ersten und zweiten Energiedatei sind und der Durchschnitt
ist über dem Ensemble A. Der laufende Durchschnitt der freien Energiedifferenz wird auf a . gedruckt
Datei angegeben von -ravg. Note dass die Energien beide aus dem gleichen berechnet werden müssen
Flugbahn.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Energiedatei

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Optional)
Energiedatei

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Optional)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (Energie.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-Viol [<.xvg>] (violaver.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-paare [<.xvg>] (Paare.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-oder ein [<.xvg>] (orienta.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ort [<.xvg>] (orient.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-oft [<.xvg>] (oriten.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-korr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-schrauben [<.xvg>] (visco.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-oh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-[keine Gebühr (Nein)
Machen Sie eine kostenlose Energieschätzung

-fetemp (300)
Referenztemperatur für die Berechnung der freien Energie

-Null (0)
Subtrahiere eine Nullpunktsenergie

-[keine] Summe (Nein)
Summieren Sie die ausgewählten Energieterme, anstatt sie alle anzuzeigen

-[nein]dp (Nein)
Druckenergien in hoher Präzision

-nbmin (5)
Mindestanzahl von Blöcken für die Fehlerabschätzung

-nbmax (5)
Maximale Anzahl Blöcke für die Fehlerschätzung

-[nein]mutot (Nein)
Berechnen Sie das Gesamtdipolmoment aus den Komponenten

-überspringen (0)
Anzahl von Frames zwischen Datenpunkten überspringen

-[nein]aver (Nein)
Drucken Sie auch den genauen Durchschnitt und RMSd aus, die in den Energierahmen gespeichert sind (nur wenn 1 Begriff
wird erbeten)

-nmol (1)
Anzahl der Moleküle in Ihrer Probe: Die Energien werden durch diese Zahl geteilt

-[no]fluct_props (Nein)
Berechnen von Eigenschaften basierend auf Energieschwankungen, wie Wärmekapazität

-[keine] Driftkorr (Nein)
Nützlich nur für Berechnungen von Schwankungseigenschaften. Die Drift in der
Observablen werden vor der Berechnung der Fluktuationseigenschaften subtrahiert.

-[kein]fluk (Nein)
Berechnen Sie die Autokorrelation von Energiefluktuationen und nicht die Energie selbst

-[nein]orinst (Nein)
Analysieren Sie momentane Orientierungsdaten

-[nein]ovec (Nein)
Zeichnen Sie auch die Eigenvektoren mit -oft

-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames

-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren

-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt

-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende

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