Dies ist der Befehl gmx-insert-molecules, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-insert-molecules – Moleküle in vorhandene freie Stellen einfügen
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Insert-Moleküle [-f [<.gro/.g96/...>]] [-Das [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-Box ]
[-nmol ] [-Versuchen ] [-Samen ]
[-Radius ] [-Rahmen ] [-DR ]
[-verrotten ]
BESCHREIBUNG
gmx Insert-Moleküle Einsätze -nmol Kopien des im angegebenen Systems -Das Eingabedatei.
Die Insertionen erfolgen entweder in den freien Raum in der mit angegebenen Konformation des gelösten Stoffes
-f, oder in ein leeres Feld gegeben durch -Box. Beides angeben -f und -Box benimmt sich wie -f, Aber
Platziert vor dem Einfügen eine neue Box um den gelösten Stoff. Eventuell vorhandene Geschwindigkeiten sind
verworfen.
Standardmäßig sind die Einfügepositionen zufällig (wobei der anfängliche Startwert durch angegeben wird). -Samen). Die
Programm iteriert bis -nmol Moleküle wurden in die Box eingefügt. Moleküle sind es nicht
eingefügt, wo der Abstand zwischen jedem vorhandenen Atom und jedem Atom des eingefügten ist
Molekül ist kleiner als die Summe basierend auf den Van-der-Waals-Radien beider Atome. Eine Datenbank
(vdwradii.dat) der Van-der-Waals-Radien wird vom Programm gelesen und die resultierenden Radien
skaliert um -Rahmen. Wenn in der Datenbank keine Radien gefunden werden, werden diesen Atomen die zugewiesen
(vorskalierte) Entfernung -Radius.
Insgesamt -nmol * -Versuchen Es werden Einfügungsversuche unternommen, bevor aufgegeben wird. Zunahme -Versuchen wenn du
Es gibt mehrere kleine Löcher zum Füllen. Möglichkeit -verrotten Gibt an, ob die Insertionsmoleküle
werden vor den Einfügeversuchen zufällig ausgerichtet.
Alternativ können die Moleküle nur an den in positions.dat definierten Positionen eingefügt werden
(-ip). Diese Datei sollte 3 Spalten (x,y,z) enthalten, die die Verschiebungen im Vergleich zu angeben
die Position des Eingabemoleküls (-Das). Daher sollte diese Datei das Absolute enthalten
Positionen muss das Molekül vor der Verwendung auf (0,0,0) zentriert werden gmx Insert-Moleküle
(zB von gmx editconf -Center). Kommentare in dieser Datei, die mit # beginnen, werden ignoriert.
Option -DR Definiert die maximal zulässigen Verschiebungen während der Einführversuche. -Versuchen und
-verrotten funktionieren wie im Standardmodus (siehe oben).
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (Optional)
Vorhandene Konfiguration zum Einfügen in: gro g96 pdb brk ent insb tpr
-Das [<.gro/.g96/...>] (einfügen.gro)
Einzufügende Konfiguration: gro g96 pdb brk ent insb tpr
-ip [<.dat>] (positionen.dat) (Optional)
Vordefinierte Einführversuchspositionen
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.gro/.g96/...>] (aus.gro)
Ausgabekonfiguration nach dem Einfügen: gro g96 pdb brk ent insb
Andere Optionen:
-Box (0 0 0)
Kastengröße (in nm)
-nmol (0)
Anzahl der zusätzlich einzufügenden Moleküle
-Versuchen (10)
Versuchen Sie es mit dem Einfügen -nmol mal -Versuchen mal
-Samen (1997)
Zufallsgenerator-Seed
-Radius (0.105)
Standard-van-der-Waals-Distanz
-Rahmen (0.57)
Skalierungsfaktor zum Multiplizieren von Van-der-Waals-Radien aus der Datenbank in
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Der Standardwert von 0.57 ergibt eine Dichte nahe
1000 g/l für Proteine in Wasser.
-DR (0 0 0)
Zulässige Verschiebung in x/y/z von Positionen in -ip Datei
-verrotten
Eingefügte Moleküle zufällig drehen: xyz, z, keine
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