gmx-mdmat – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-mdmat – Rückstandskontaktkarten berechnen

ZUSAMMENFASSUNG

gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-bedeuten [<.xpm>]] [-Rahmen [<.xpm>]] [-Nein [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-t ] [-nStufen ]

BESCHREIBUNG

gmx mdmat erstellt Abstandsmatrizen, die aus dem kleinsten Abstand zwischen den Resten bestehen
Paare. Mit -Rahmen, können diese Distanzmatrizen gespeichert werden, um Unterschiede zu erkennen
Tertiärstruktur als Funktion der Zeit. Wenn Sie Ihre Optionen unklug wählen, kann dies passieren
eine große Ausgabedatei generieren. Standardmäßig nur eine gemittelte Matrix über das Ganze
Die Flugbahn wird ausgegeben. Außerdem wird die Anzahl der verschiedenen Atomkontakte zwischen ihnen gezählt
Rückstände über die gesamte Flugbahn können erzeugt werden. Die Ausgabe kann mit verarbeitet werden gmx
xpm2ps um einen PostScript (tm)-Plot zu erstellen.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-bedeuten [<.xpm>] (dm.xpm)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-Rahmen [<.xpm>] (dmf.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-Nein [<.xvg>] (Anzahl.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-t (1.5)
Stammabstand

-nStufen (40)
Diskretisieren Sie den Abstand in dieser Anzahl von Ebenen

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