Dies ist der Befehl gmx-nmtraj, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-nmtraj – Erzeugen Sie eine virtuelle oszillierende Flugbahn aus einem Eigenvektor
ZUSAMMENFASSUNG
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-Ausländer ]
[-Phasen ] [-Temp ] [-Amplitude ]
[-nframes ]
BESCHREIBUNG
gmx nmtraj erzeugt aus einem Eigenvektor eine virtuelle Trajektorie, entsprechend a
harmonische kartesische Schwingung um die Durchschnittsstruktur. Die Eigenvektoren sollten
normalerweise massengewichtet sein, Sie können jedoch auch nicht gewichtete Eigenvektoren zum Generieren verwenden
orthogonale Bewegungen. Die Ausgabebilder werden als Trajektoriendatei geschrieben, die ein Ganzes abdeckt
Periode, und der erste Frame ist die durchschnittliche Struktur. Wenn Sie die Flugbahn in (oder
in das PDB-Format konvertieren, können Sie es direkt in PyMol anzeigen und auch fotorealistisch rendern
Film. Aus den Eigenwerten und einer voreingestellten Temperatur werden Bewegungsamplituden berechnet,
unter der Annahme einer gleichmäßigen Energieverteilung über alle Modi. Um die Bewegung deutlich sichtbar zu machen
PyMol möchten Sie es möglicherweise verstärken, indem Sie eine unrealistisch hohe Temperatur einstellen.
Beachten Sie jedoch, dass dies sowohl bei den linearen kartesischen Verschiebungen als auch bei der Massengewichtung der Fall ist
bei hohen Amplituden zu schwerwiegenden Strukturverformungen führen – dies ist lediglich eine Einschränkung
des kartesischen Normalmodusmodells. Standardmäßig ist der ausgewählte Eigenvektor auf 7 eingestellt, da
Die ersten sechs Normalmodi sind die translatorischen und rotatorischen Freiheitsgrade.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Flugbahn mit voller Präzision: trr cpt tng
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Flugbahn: xtc trr gro g96 pdb tng
Andere Optionen:
-Ausländer (7)
Zeichenfolge der zu verwendenden Eigenvektoren (erster ist 1)
-Phasen (0.0)
Phasenfolge (Standard ist 0.0)
-Temp (300)
Temperatur (K)
-Amplitude (0.25)
Amplitude für Moden mit Eigenwert<=0
-nframes (30)
Anzahl der zu generierenden Frames
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