Dies ist der Befehl gmx-sasa, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-sasa – Berechnen Sie die für Lösungsmittel zugängliche Oberfläche
ZUSAMMENFASSUNG
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-seltsam [<.xvg>]] [-Oder [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-Fernseher [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Sie ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-[nein]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-Sonde ]
[-ndots ] [-[no]prot] [-dgs ]
[-Oberfläche ] [-Ausgang ]
BESCHREIBUNG
gmx Sasa berechnet lösungsmittelzugängliche Oberflächen. Siehe Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C und Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 für den verwendeten Algorithmus. Mit
-q, die Connolly-Oberfläche kann auch in a erzeugt werden .pdb Datei, in der sich die Knoten befinden
dargestellt als Atome und die Kanten, die die nächsten Knoten verbinden, als CONECT-Datensätze. -seltsam
ermöglicht die Abschätzung der freien Solvatationsenergien aus den Solvatationsenergien pro Atom
freiliegende Oberfläche.
Das Programm benötigt eine Auswahl, mit der die Flächenberechnung angegeben werden soll
-Oberfläche. Dieses sollte immer aus allen Nichtlösungsmittelatomen im System bestehen. Das Gebiet von
Diese Gruppe wird immer berechnet. Optional, -Ausgang kann zusätzliche Auswahlen festlegen,
Dies sollten Teilmengen der Berechnungsgruppe sein. Die lösungsmittelzugänglichen Bereiche hierfür
Gruppen werden auch aus der gesamten Oberfläche extrahiert.
Der Durchschnitt und die Standardabweichung der Fläche über der Flugbahn können pro berechnet werden
Rest und Atom (Optionen -Oder und -oa).
Mit der -Fernseher Mit dieser Option können das Gesamtvolumen und die Dichte des Moleküls berechnet werden. Mit
-pbc (Standardeinstellung) müssen Sie sicherstellen, dass Ihr Molekül/Ihre Oberflächengruppe nicht aufgespalten wird
PBC. Andernfalls erhalten Sie unsinnige Ergebnisse. Bitte überlegen Sie auch, ob die
ob in diesem Fall der normale Sondenradius geeignet ist oder ob Sie lieber z. B. 0 verwenden möchten.
Es ist zu beachten, dass die Ergebnisse für Volumen und Dichte sehr ungefähre Werte sind.
Beispielsweise kann man in Eis Ih leicht Wassermoleküle in die Poren einbauen, die nachgeben würden
ein zu geringes Volumen und eine zu hohe Oberfläche und Dichte.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Eingabetrajektorie oder Einzelkonfiguration: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Eingabestruktur: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Zusätzliche Indexgruppen
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (Bereich.xvg)
Gesamtfläche als Funktion der Zeit
-seltsam [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Optional)
Geschätzte freie Solvatationsenergie als Funktion der Zeit
-Oder [<.xvg>] (resarea.xvg) (Optional)
Durchschnittliche Fläche pro Rückstand
-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Optional)
Durchschnittliche Fläche pro Atom
-Fernseher [<.xvg>] (Volume.xvg) (Optional)
Gesamtvolumen und -dichte als Funktion der Zeit
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Optional)
PDB-Datei für die Connolly-Oberfläche
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt == erstes Mal (ps)
-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (Xmgrace)
Plotformatierung: keine, xmgrace, xmgr
-[no]rmpbc (Ja)
Machen Sie die Moleküle für jeden Frame ganz
-[nein]pbc (Ja)
Periodische Randbedingungen zur Entfernungsberechnung verwenden
-sf
Auswahl aus Dateien bereitstellen
-selrpos (Atom)
Auswahl Referenzpositionen: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-Sonde (0.14)
Radius der Lösungsmittelsonde (nm)
-ndots (24)
Anzahl der Punkte pro Kugel, mehr Punkte bedeuten mehr Genauigkeit
-[no]prot (Ja)
Geben Sie das Protein an den Connolly aus .pdb Datei auch
-dgs (0)
Standardwert für freie Solvatationsenergie pro Fläche (kJ/mol/nm^2)
-Oberfläche
Auswahl der Flächenberechnung
-Ausgang
Ausgabeauswahl(en)
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