go2fmtp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - Konvertierungstool und seine Wrapper

ZUSAMMENFASSUNG

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml Ontologie/*.Ontologie
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

BESCHREIBUNG

parst jede Ontologiedatei im GO/OBO-Stil und schreibt sie in einem anderen Format

ARGUMENTE
-e FEHLERDATEI

schreibt Parse-Fehler in XML - standardmäßig auf STDERR (es sollten keine Parse-Fehler im Brunnen vorhanden sein)
gebildete Dateien)

-p FORMAT

bestimmt, welcher Parser verwendet werden soll; Wenn nicht angegeben, wird eine Schätzung basierend auf der Datei erstellt
Suffix. Formate siehe unten

-w|Autor FORMAT

Ausgabeformat - siehe unten für Liste

-|xslt XSLT

Der Name oder Dateiname einer XSLT-Transformation

Dies kann entweder ein absoluter Pfad zu einer Datei irgendwo im Dateisystem sein, oder es kann einfach
sei der Name des xslt; z.B

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Wird der Name angegeben, wird zunächst nach $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl gesucht; wenn
GO_ROOT nicht gesetzt ist, wird das Verzeichnis der Perl-Module durchsucht, in dem GO installiert ist (die
xslts wird hier automatisch installiert, wenn Sie dem normalen Installationsprozess folgen)

-Cache verwenden
Wenn dieser Schalter angegeben ist, wird der Caching-Modus aktiviert.

Im Caching-Modus wird beim ersten Parsen einer Datei eine zusätzliche Datei erstellt
in ein spezielles Format exportiert, das schnell geparst werden kann. Diese Datei hat den gleichen Dateinamen
wie die Originaldatei, außer dass sie das Suffix ".cache" hat.

Wenn Sie die Datei das nächste Mal parsen, überprüft dieses Programm automatisch, ob die Datei vorhanden ist
der Datei ".cache". Wenn sie existiert und neuer ist als die von Ihnen angegebene Datei, wird dies
wird stattdessen geparst. Wenn es nicht existiert, wird es neu erstellt.

Dies bringt eine Geschwindigkeitsverbesserung für b der folgenden Ausgabeformate (wie
Pfadliste). Die meisten Ausgabeformate arbeiten mit ereignisbasiertem Parsing, sodass das Zwischenspeichern des Objekts
kein Vorteil und wird tatsächlich langsamer sein, als den Cache zu umgehen

FORMATEN
beschreibbare Formate sind

los_ont
Dateien mit der Endung ".ontology"

Diese speichern die Ontologie-DAGs

go_def
Dateien mit der Endung ".defs"

go_xref
Externe Datenbankreferenzen für GO-Begriffe

Dateien mit der Endung "2go" (zB ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Annotationen von Genen oder Genprodukten mit GO

Dateien mit dem Präfix "gene-association."

obo_text
Dateien mit der Endung ".obo"

Dies ist ein neuer Dateiformatersatz für die bestehenden GO-Flat-Dateiformate. Es
verarbeitet Ontologien, Definitionen und XRefs (aber keine Assoziationen)

obo_xml
Dateien mit der Endung „.obo.xml“ oder „.obo-xml“

Dies ist die XML-Version des obigen OBO-Flat-File-Formats

Prolog
Prolog-Fakten - Sie benötigen einen Prolog-Compiler/-Interpreter, um diese zu verwenden. Du kannst
Argumentation über diese Fakten mit Obol oder dem bevorstehenden Bio-LP-Projekt

tbl einfache (verlustbehaftete) tabellarische Darstellung

Zusammenfassung
kann sowohl für Ontologiedateien als auch für Assoziationsdateien verwendet werden

Pfadliste
zeigt alle Pfade zur Wurzel

Eule OWL-Format (Standard: OWL-DL)

OWL ist ein W3C-Standardformat für Ontologien

Sie benötigen die XSL-Dateien der vollständigen go-dev-Distribution, um dies auszuführen; siehe XML
Abschnitt inhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
eine YAML-Darstellung eines GO::Model::Graph-Objekts

obj_speicherbar
Ein Dump des Perl-GO::Model::Graph-Objekts. Sie benötigen dafür Storageable from CPAN
Arbeit. Damit sollen Objekte im Dateisystem für einen schnellen Zugriff zwischengespeichert werden. Die
obj_storable-Darstellung ist möglicherweise nicht portabel

text_html
Ein HTML-ifiziertes OBO-Ausgabeformat

Godb_prestore
XML, das direkt dem relationalen GODB-Schema zugeordnet wird (kann dann geladen werden mit
(stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML, das direkt dem relationalen Schema von Chado zugeordnet wird (kann dann geladen werden mit
(stag-storenode.pl)

DOKUMENTATION
<http://www.godatabase.org/dev>

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