Dies ist der Befehl gt-chseqids, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-chseqids – Sequenz-IDs anhand der in einer Zuordnungsdatei angegebenen Zuordnung ändern.
ZUSAMMENFASSUNG
gt chseqids [Option ...] Mapping_file [GFF3_file]
BESCHREIBUNG
-Sortieren [ja|nein]
Sortieren Sie die GFF3-Funktionen nach dem Ändern der Sequenz-IDs (der Speicherverbrauch beträgt
proportional zur Größe der Eingabedatei) (Standard: nein)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
Dateiformat für Mapping_file:
Die mitgelieferte Zuordnungsdatei definiert eine Zuordnungstabelle mit dem Namen „chseqids“. Es bildet die ab
Sequenzregionseinträge, die in der GFF3_Datei angegeben sind, in andere Namen umwandeln. Es kann definiert werden als
folgt:
chseqids = {
chr1 = „seq1“,
chr2 = „seq2“
}
Wenn dieses Beispiel verwendet wird, werden alle Sequenz-IDs „chr1“ in „seq1“ und alle geändert
Sequenz-IDs „chr2“ bis „seq2“.
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