Dies ist der Befehl gt-ltrdigest, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-ltrdigest – Identifiziert und kommentiert Sequenzmerkmale im LTR-Retrotransposon
Kandidaten.
ZUSAMMENFASSUNG
gt ltrdigest [Option ...] gff3_file
BESCHREIBUNG
-outfileprefix [Schnur]
Präfix für Ausgabedateien (z. B foo erstellt Dateien mit dem Namen foo_*.csv und foo_*.fas)
Lassen Sie diese Option nur für die GFF3-Ausgabe weg.
-Metadaten [ja|nein]
Metadaten (Ausführungsbedingungen) in separate Datei ausgeben (Standard: Ja)
-seqnamelen [Wert]
Legen Sie die maximale Länge von Sequenznamen in FASTA-Headern fest (z. B. für clustalw oder ähnliches).
Werkzeuge) (Standard: 20)
-pptlen [Anfang Ende]
Erforderlicher PPT-Längenbereich (Standard: [8..30])
-uboxlen [Anfang Ende]
Erforderlicher U-Box-Längenbereich (Standard: [3..30])
-uboxdist [Wert]
zulässiger U-Box-Abstandsbereich von PPT (Standard: 0)
-pptradius [Wert]
Radius um den Anfang von 3' LTR, um nach PPT zu suchen (Standard: 30)
-pptrprob [Wert]
Purin-Emissionswahrscheinlichkeit innerhalb des PPT (Standard: 0.970000)
-pptyprob [Wert]
Pyrimidin-Emissionswahrscheinlichkeit innerhalb des PPT (Standard: 0.030000)
-pptgprob [Wert]
Hintergrund-G-Emissionswahrscheinlichkeit außerhalb von PPT (Standard: 0.250000)
-pptcprob [Wert]
Hintergrund-C-Emissionswahrscheinlichkeit außerhalb von PPT (Standard: 0.250000)
-pptaprob [Wert]
Hintergrund-A-Emissionswahrscheinlichkeit außerhalb von PPT (Standard: 0.250000)
-ppttprob [Wert]
Hintergrund-T-Emissionswahrscheinlichkeit außerhalb von PPT (Standard: 0.250000)
-pptuprob [Wert]
U/T-Emissionswahrscheinlichkeit innerhalb der U-Box (Standard: 0.910000)
-trnas [Dateinamen]
tRNA-Bibliothek in mehreren FASTA-Formaten für die PBS-Erkennung. Lassen Sie diese Option weg, um sie zu deaktivieren
PBS-Suche.
-pbsalilen [Anfang Ende]
Erforderlicher PBS/tRNA-Alignment-Längenbereich (Standard: [11..30])
-pbsoffset [Anfang Ende]
zulässiger PBS-Offset vom LTR-Grenzbereich (Standard: [0..5])
-pbstrnaoffset [Anfang Ende]
Zulässiger PBS/tRNA-3'-End-Alignment-Offset-Bereich (Standard: [0..5])
-pbsmaxedist [Wert]
maximal zulässige Bearbeitungsdistanz der PBS/tRNA-Alignment-Einheit (Standard: 1)
-pbsradius [Wert]
Radius um das Ende des 5' LTR, um nach PBS zu suchen (Standard: 30)
-hmm
Profilieren Sie HMM-Modelle für die Domänenerkennung (durch Leerzeichen getrennt, beenden Sie mit --) in HMMER3
format Lassen Sie diese Option weg, um die pHMM-Suche zu deaktivieren.
-pdomevalcutoff [Wert]
Globaler E-Wert-Grenzwert für pHMM-Suchstandard 1E-6
-pdomcutoff [...]
Modellspezifischer Score-Cutoff, wählen Sie aus TC (Trusted Cutoff) | GA (Sammelschluss) |
NONE (keine Cutoffs) (Standard: NONE)
-aliout [ja|nein]
pHMM in Aminosäuresequenz-Alignments ausgeben (Standard: Nein)
-aaout [ja|nein]
Ausgabe von Aminosäuresequenzen für Proteindomänentreffer (Standard: Nein)
-allchains [ja|nein]
Ausgabe-Features aus allen Ketten und nicht verketteten Features, beschriftet mit Kettennummern
(Standard: nein)
-maxgaplen [Wert]
maximal zulässige Lückengröße zwischen Fragmenten (in Aminosäuren) bei der Verkettung von pHMM-Treffern
für eine Proteindomäne (Standard: 50)
-force_recreate [ja|nein]
Erzwingen Sie die Wiederherstellung hmmprimierter Profile (Standard: Nein)
-pbsmatchscore [Wert]
Match-Score für PBS/tRNA-Alignments (Standard: 5)
-pbsmismatchscore [Wert]
Mismatch-Score für PBS/tRNA-Alignments (Standard: -10)
-pbsinsertionscore [Wert]
Insertions-Score für PBS/tRNA-Alignments (Standard: -20)
-pbsdeletionscore [Wert]
Löschwert für PBS/tRNA-Alignments (Standard: -20)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-seqfile [Dateinamen]
Legen Sie die Sequenzdatei fest, aus der die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard: undefiniert)
-engl [Dateinamen]
Legen Sie den codierten Sequenzindexnamen fest, aus dem die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard:
nicht definiert)
-seqfiles
Legen Sie die Sequenzdateien fest, aus denen die Funktionen extrahiert werden sollen -- die Liste beenden
von Sequenzdateien
-matchdesc [ja|nein]
durchsuchen Sie die Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien nach den gewünschten Sequenz-IDs (in
GFF3), meldet das erste Spiel (Standard: nein)
-matchdescstart [ja|nein]
exakt mit den Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien für die gewünschte Sequenz übereinstimmen
IDs (in GFF3) vom Anfang bis zum ersten Leerzeichen (Standard: nein)
-verwendetesc [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen, um die Sequenz-IDs (in GFF3) der tatsächlichen Sequenz zuzuordnen
Einträge. Wenn eine Beschreibung einen Sequenzbereich enthält (z. B. III:1000001..2000000), wird die
erster Teil wird als Sequenz-ID verwendet (III) und die erste Bereichsposition als Offset
(1000001) (Standard: nein)
-Regionszuordnung [Schnur]
Datei mit Sequenzbereich auf Sequenzdateizuordnung setzen (Standard: undefiniert)
-Hilfe
Hilfe für grundlegende Optionen anzeigen und beenden
-Hilfe+
Hilfe zu allen Optionen anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
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