Dies ist der Befehl gt-orffinder, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-orffinder – Identifiziert ORFs (offene Leserahmen) in Sequenzen.
ZUSAMMENFASSUNG
gt orffinder [Option ...] [Indexname] [GFF3_Datei ...]
BESCHREIBUNG
-Typen
Geben Sie Regionen an, die nach offenen Leserahmen durchsucht werden sollen, z
LTR_retrotransposon
-allorfs [ja|nein]
Suche nach allen ORFs statt nur nach dem längsten (Standard: nein)
-Mindest [Wert]
Mindestlänge des ORF (Standard: 30)
-max [Wert]
maximale Länge des ORF (Standard: 10000)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-seqfile [Dateinamen]
Legen Sie die Sequenzdatei fest, aus der die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard: undefiniert)
-engl [Dateinamen]
Legen Sie den codierten Sequenzindexnamen fest, aus dem die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard:
nicht definiert)
-seqfiles
Legen Sie die Sequenzdateien fest, aus denen die Funktionen extrahiert werden sollen -- die Liste beenden
von Sequenzdateien
-matchdesc [ja|nein]
durchsuchen Sie die Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien nach den gewünschten Sequenz-IDs (in
GFF3), meldet das erste Spiel (Standard: nein)
-matchdescstart [ja|nein]
exakt mit den Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien für die gewünschte Sequenz übereinstimmen
IDs (in GFF3) vom Anfang bis zum ersten Leerzeichen (Standard: nein)
-verwendetesc [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen, um die Sequenz-IDs (in GFF3) der tatsächlichen Sequenz zuzuordnen
Einträge. Wenn eine Beschreibung einen Sequenzbereich enthält (z. B. III:1000001..2000000), wird die
erster Teil wird als Sequenz-ID verwendet (III) und die erste Bereichsposition als Offset
(1000001) (Standard: nein)
-Regionszuordnung [Schnur]
Datei mit Sequenzbereich auf Sequenzdateizuordnung setzen (Standard: undefiniert)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
REPORTING Fehler
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