Dies ist der Befehl gt-tirvish, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-tirvish – Identifizieren Sie TIR-Elemente (Terminal Inverted Repeat), wie z. B. DNA-Transposons.
ZUSAMMENFASSUNG
gt tirwisch [Option ...] -index INDEXNAME
BESCHREIBUNG
-Index [Schnur]
Geben Sie den Namen des erweiterten Suffix-Array-Index an (erforderlich) (Standard: undefiniert)
-Samen [Wert]
Geben Sie die minimale Seed-Länge für exakte Wiederholungen an (Standard: 20)
-mintirlen [Wert]
Geben Sie die Mindestlänge für jedes TIR an (Standard: 100).
-maxtirlen [Wert]
Geben Sie die maximale Länge für jedes TIR an (Standard: 1000).
-Mintirdist [Wert]
Mindestabstand der TIRs angeben (Standard: 500)
-maxtirdist [Wert]
Geben Sie die maximale Entfernung der TIRs an (Standard: 10000)
-Matte [Wert]
Geben Sie den Matchscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: 2).
-Miss [Wert]
Geben Sie den Mismatchscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -2).
-ins [Wert]
Geben Sie den Einfügungswert für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -3).
-des [Wert]
Geben Sie den Deletionscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: -3)
-xdrop [Wert]
Geben Sie xdropbelowscore für die Erweiterungsausrichtung an (Standard: 5)
-ähnlich [Wert]
Geben Sie den TIR-Ähnlichkeitsschwellenwert im Bereich [1..100 %] an (Standard: 85.000000).
-Überschneidungen [...]
Geben Sie no|best|longest|all an (Standard: best)
-mintsd [Wert]
Geben Sie die Mindestlänge für jedes TSD an (Standard: 2)
-maxtsd [Wert]
Geben Sie die maximale Länge für jedes TSD an (Standard: 11)
-vic [Wert]
Geben Sie die Anzahl der Nukleotide (links und rechts) an, die durchsucht werden sollen
für TSDs um die 5'- und 3'-Grenze der vorhergesagten TIRs (Standard: 60)
-hmm
Profilieren Sie HMM-Modelle für die Domänenerkennung (durch Leerzeichen getrennt, beenden Sie mit --) in HMMER3
format Lassen Sie diese Option weg, um die pHMM-Suche zu deaktivieren.
-pdomevalcutoff [Wert]
Globaler E-Wert-Grenzwert für pHMM-Suchstandard 1E-6
-pdomcutoff [...]
Modellspezifischer Score-Cutoff, wählen Sie aus TC (Trusted Cutoff) | GA (Sammelschluss) |
NONE (keine Cutoffs) (Standard: GA)
-maxgaplen [Wert]
maximal zulässige Lückengröße zwischen Fragmenten (in Aminosäuren) bei der Verkettung von pHMM-Treffern
für eine Proteindomäne (Standard: 50)
-refseqs [Schnur]
Geben Sie den Namen der Gensequenzen an, die nach internen Kandidaten durchsucht werden sollen (Standard:
nicht definiert)
-seqids [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen anstelle von Sequenznummern in der GFF3-Ausgabe (Standard: Ja)
-md5 [ja|nein]
MD5-Hashes zu Seqids in der GFF3-Ausgabe hinzufügen (Standard: Nein)
-Hilfe
Hilfe für grundlegende Optionen anzeigen und beenden
-Hilfe+
Hilfe zu allen Optionen anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
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