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GWAMA - Online in der Cloud

Führen Sie GWAMA im kostenlosen OnWorks-Hosting-Anbieter über Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl GWAMA, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME


GWAMA - Genomweite Assoziations-Metaanalyse

ZUSAMMENFASSUNG


GWAMA [Optionen]

BESCHREIBUNG


Die Software GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) führt eine Metaanalyse der
Ergebnisse von GWA-Studien binärer oder quantitativer Phänotypen. Fixed- und Random-Effekt
Metaanalysen werden sowohl für direkt genotypisierte als auch für imputierte SNPs unter Verwendung von Schätzungen durchgeführt
des Allel-Odds-Ratio und des 95-%-Konfidenzintervalls für binäre Merkmale sowie Schätzungen von
die Größe des Alleleffekts und der Standardfehler für quantitative Phänotypen. GWAMA kann verwendet werden
zur Analyse der Ergebnisse aller verschiedenen genetischen Modelle (multiplikativ, additiv,
dominant, rezessiv). Die Software enthält Fehler-Trapping-Funktionen zur Identifizierung von
Strang-Alignment-Fehler und Allel-Flipping und führt Tests auf Heterogenität von . durch
Effekte zwischen den Studien.

OPTIONAL


-i, --Dateiliste=Dateinamen
Geben Sie die Ergebnisdateien der Studien an. Standard = gwama.in

-o, --Ausgabe=Dateiroot
Geben Sie das Datei-Root für die Ausgabe der Analyse an. Standard = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --willkürlich
Verwenden Sie die Zufallseffektkorrektur. Standard = deaktiviert

-gc, --genomic_control
Verwenden Sie die genomische Kontrolle, um die Ergebnisdateien von Studien anzupassen. Standard = deaktiviert

-gco, --genomic_control_output
Verwenden Sie genomische Kontrolle bei der Zusammenfassung der Metaanalyse (dh die Ergebnisse der Metaanalyse sind
korrigiert für gc). Standard = deaktiviert

-qt, --quantitativ
Wählen Sie die Version des quantitativen Merkmals (BETA- und SE-Spalten). Standard = binäres Merkmal

-m, --Karte=Dateinamen
Wählen Sie den Dateinamen für die Markierungskarte aus.

-t, --Schwelle=0-1
Der p-Wert-Schwellenwert zum Anzeigen der Richtung in Zusammenfassungseffektrichtungen. Standard =
1

--no_alleles
Es wurden keine Allelinformationen angegeben. Erwarte immer den gleichen EA.

--indel_alleles
Allel-Labels können mehr als einen einzelnen Buchstaben enthalten. Keine Strangprüfungen.

--Sex Führen Sie eine geschlechtsdifferenzierte und geschlechtsspezifische Heterogenitätsanalyse durch (Methode beschrieben in
Aufsatz Magi, Lindgren & Morris 2010). Geschlechtsinformationen müssen in der Dateilistendatei angegeben werden.
(Zweite Spalte nach Dateinamen ist entweder M oder F).

--name_marker
Alternativer Header zum Markernamen col.

--name_strang
Alternative Kopfzeile zur Strangspalte.

--name_n
Alternativer Header zur Stichprobengröße col.

--name_ea
Alternativer Header zur Effektallelspalte.

--name_nea
Alternativer Header zur Spalte für das Nicht-Effekt-Allel.

--name_eaf
Alternativer Header, um die Spalte mit der Allelfrequenz zu bewirken.

--name_beta
Alternativer Header zur Beta-Spalte.

--name_se
Alternativer Header zu std. irren. Kol.

--name_oder
Alternative Kopfzeile zu ODER-Spalte.

--name_or_95l
Alternativer Header zu OR 95L-Spalte.

--name_or_95u
Alternativer Header zu OR 95U-Spalte.

-h, --help
Drucken Sie diese Hilfe aus.

-v, --Version
GWAMA-Versionsnummer drucken. Diese Handbuchseite muss unzureichend sein. Bitte nutzen Sie die
Hilfe-Option für eine schnelle Erinnerung an die Optionen von gwama oder blättern Sie zur Homepage
mit der Online-Dokumentation oder dem herunterladbaren Handbuch.

Verwenden Sie GWAMA online mit den onworks.net-Diensten


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