Dies ist der Befehl GWAMA, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
GWAMA – Genomweite Assoziationsmetaanalyse
ZUSAMMENFASSUNG
GWAMA [Optionen]
BESCHREIBUNG
Die GWAMA-Software (Genome-Wide Association Meta Analysis) führt eine Metaanalyse der durch
Ergebnisse von GWA-Studien zu binären oder quantitativen Phänotypen. Fester und zufälliger Effekt
Metaanalysen werden sowohl für direkt genotypisierte als auch unterstellte SNPs unter Verwendung von Schätzungen durchgeführt
des Allel-Odds-Ratio und des 95 %-Konfidenzintervalls für binäre Merkmale sowie Schätzungen davon
die Alleleffektgröße und der Standardfehler für quantitative Phänotypen. GWAMA kann verwendet werden
zur Analyse der Ergebnisse aller verschiedenen genetischen Modelle (multiplikativ, additiv,
dominant, rezessiv). Die Software verfügt über Funktionen zur Fehlererkennung zur Identifizierung
Strangausrichtungsfehler und Allel-Flipping und führt Heterogenitätstests durch
Effekte zwischen Studien.
OPTIONAL
-i, --filelist=Dateinamen
Geben Sie die Ergebnisdateien der Studien an. Standard = gwama.in
-o, --Ausgabe=Dateistamm
Geben Sie den Dateistamm für die Ausgabe der Analyse an. Standard = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --willkürlich
Verwenden Sie eine zufällige Effektkorrektur. Standard = deaktiviert
-gc, --genomic_control
Nutzen Sie die Genomkontrolle zur Anpassung der Ergebnisdateien der Studien. Standard = deaktiviert
-gco, --genomic_control_output
Verwenden Sie die genomische Kontrolle für die Zusammenfassung der Metaanalyse (d. h. die Ergebnisse der Metaanalyse sind).
korrigiert für GC). Standard = deaktiviert
-qt, --quantitativ
Wählen Sie die Version des quantitativen Merkmals aus (Spalten BETA und SE). Standard = binäres Merkmal
-m, --Karte=Dateinamen
Wählen Sie den Dateinamen für die Markierungskarte aus.
-t, --Schwelle=0-1
Der p-Wert-Schwellenwert für die Richtungsanzeige in zusammenfassenden Effektrichtungen. Standard =
1
--no_alleles
Es wurden keine Allelinformationen angegeben. Erwarte immer den gleichen EA.
--indel_alleles
Allelbezeichnungen können mehr als einen einzelnen Buchstaben enthalten. Keine Strangkontrollen.
--Sex Führen Sie eine geschlechtsdifferenzierte und geschlechtsspezifische Heterogenitätsanalyse durch (Methode beschrieben in
Papier Magi, Lindgren & Morris 2010). Geschlechtsinformationen müssen in der Dateilistendatei angegeben werden.
(Die zweite Spalte nach den Dateinamen ist entweder M oder F).
--name_marker
Alternative Kopfzeile zur Markierungsnamenspalte.
--name_strand
Alternativer Header zur Strangspalte.
--name_n
Alternativer Header zur Stichprobengröße-Spalte.
--name_ea
Alternativer Header zur Effekt-Allel-Spalte.
--name_nea
Alternativer Header zur Spalte „Nicht-Effekt-Allel“.
--name_eaf
Alternativer Header zur Effekt-Allel-Häufigkeitsspalte.
--name_beta
Alternativer Header zur Beta-Spalte.
--name_se
Alternativer Header zu std. irren. Kol.
--name_or
Alternativer Header zur ODER-Spalte.
--name_or_95l
Alternativer Header zur OR 95L-Spalte.
--name_or_95u
Alternativer Header zur OR 95U-Spalte.
-h, --help
Drucken Sie diese Hilfe aus.
-v, --Version
Drucken Sie die GWAMA-Versionsnummer. Diese Handbuchseite muss unzureichend sein. Bitte nutzen Sie die
Klicken Sie auf die Hilfe-Option, um sich schnell an die Optionen von gwama zu erinnern, oder besuchen Sie die Homepage von gwama
mit der Online-Dokumentation oder dem herunterladbaren Handbuch.
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