Dies ist der Befehl hhfilter, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hhfilter - Filtert ein Alignment nach maximaler Sequenzidentität von Übereinstimmungszuständen und Minimum
Berichterstattung
ZUSAMMENFASSUNG
hhfilter -i im Ordner -o Outfile [Optionen]
BESCHREIBUNG
HHfilter Version 2.0.16 (Januar 2013) Filtern eines Alignments nach der maximalen Sequenzidentität von
Spielstände und Mindestdeckung (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert,
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A und Soding J. HHblits: Blitzschnell
iterative Proteinsequenzsuche durch HMM-HMM-Alignment. Nat. Methoden 9:173–175 (2011).
-i
Eingabedatei im A3M/A2M- oder FASTA-Format lesen
-o
in Ausgabedatei im A3M-Format schreiben
-a
an Ausgabedatei im A3M-Format anhängen
OPTIONAL
-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich
-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=90)
-Diff [0,inf[
Filtern Sie MSA, indem Sie die unterschiedlichsten Sequenzen auswählen und mindestens so viele beibehalten
seqs in jedem MSA-Block der Länge 50 (def=0)
-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)
-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)
-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)
-neff [1,inf]
Target Diversity of Alignment (default=off)
Eingang Ausrichtung Format:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)
-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände
-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus
Beispiel: hhfilter -id 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
Verwenden Sie hhfilter online mit den onworks.net-Diensten
