Dies ist der Befehl hmm2kalibrieren, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmm2kalibrieren – HMM-Suchstatistiken kalibrieren
ZUSAMMENFASSUNG
hmm2kalibrieren [Optionen] hmmdatei
BESCHREIBUNG
hmm2kalibrieren liest eine HMM-Datei aus hmmfile, punktet mit einer großen Anzahl synthetisierter Zufallsgeneratoren
Sequenzen damit, passt eine Extremwertverteilung (EVD) an das Histogramm dieser an
Partituren und erneute Speicherungen hmmdatei jetzt inklusive der EVD-Parameter.
hmm2kalibrieren Die Ausführung kann mehrere Minuten (oder länger) dauern. Während es läuft, a
temporäre Datei aufgerufen hmmfile.xxx wird in Ihrem Arbeitsverzeichnis generiert. Wenn Sie abbrechen
hmm2kalibrieren vorzeitig (z. B. Strg-C), Ihr Original hmmdatei wird unberührt bleiben,
und Sie sollten das löschen hmmfile.xxx temporäre Datei.
OPTIONAL
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
EXPERTISE OPTIONAL
--Zentralprozessor
Legt die maximale Anzahl von CPUs fest, auf denen das Programm ausgeführt wird. Die Standardeinstellung ist „use“.
alle CPUs in der Maschine. Überschreibt die Umgebungsvariable HMMER_NCPU. Nur
betrifft Thread-Versionen von HMMER (die Standardeinstellung auf den meisten Systemen).
--Fest
Legen Sie die Länge der Zufallssequenzen fest auf , woher ist ein positives (und
angemessen große) Ganzzahl. Standardmäßig werden stattdessen Sequenzen mit a generiert
Vielzahl unterschiedlicher Längen, gesteuert durch eine Gaußsche (Normal-)Verteilung.
--histfile
Speichern Sie ein Histogramm der Ergebnisse und der angepassten theoretischen Kurve in einer Datei .
--bedeuten
Stellen Sie die mittlere Länge der synthetischen Sequenzen auf ein , woher ist eine positive Realität
Nummer. Der Standardwert ist 350.
--num
Stellen Sie die Anzahl der synthetischen Sequenzen auf ein , woher ist eine positive ganze Zahl. Wenn
is weniger als About 1000, passen zu EVD Mai Scheitern. Höhere Anzahl von
liefert besser bestimmte EVD-Parameter. Der Standardwert ist 5000; es war empirisch
als Kompromiss zwischen Genauigkeit und Rechenzeit gewählt.
--pvm Auf einer parallelen virtuellen Maschine (PVM) ausführen. Die PVM muss bereits ausgeführt werden. Der
Client-Programm hmm2kalibrieren-pvm muss auf allen PVM-Knoten installiert sein. Optional
Die PVM-Unterstützung muss in HMMER kompiliert worden sein.
--sd
Legen Sie die Standardabweichung der synthetischen Sequenzlängenverteilung fest auf ,
woher ist eine positive reelle Zahl. Der Standardwert ist 350. Beachten Sie, dass der Gaußsche Wert gilt
links gekürzt, sodass keine Sequenzen Längen <= 0 haben.
--Samen
Stellen Sie den Zufallsstartwert auf ein , woher ist eine positive ganze Zahl. Die Standardeinstellung ist „use“.
Zeit() um für jeden Lauf einen anderen Startwert zu generieren, also zwei verschiedene
läuft von hmm2kalibrieren auf demselben HMM führt zu leicht unterschiedlichen Ergebnissen. Du
Mit dieser Option können Sie reproduzierbare Ergebnisse für verschiedene Anwendungen generieren hmm2kalibrieren
läuft auf dem gleichen HMM.
Verwenden Sie hmm2kalibrieren online über die Dienste von onworks.net
