Dies ist der Befehl hmm2emit, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmm2emit – Sequenzen aus einem Profil-HMM generieren
ZUSAMMENFASSUNG
hmm2emit [Optionen] hmmdatei
BESCHREIBUNG
hmm2emit liest eine HMM-Datei aus hmmdatei enthält ein oder mehrere HMMs und generiert ein
Anzahl der Sequenzen von jedem HMM; oder, wenn die -c Option ausgewählt ist, generieren Sie eine Single
Mehrheitskonsens. Dies kann für verschiedene Anwendungen nützlich sein, in denen man eine benötigt
Simulation von Sequenzen im Einklang mit einem Sequenzfamilienkonsens.
Standardmäßig hmm2emit generiert 10 Sequenzen und gibt sie im FASTA-Format (nicht ausgerichtet) aus.
OPTIONAL
-a Schreiben Sie die generierten Sequenzen in einem ausgerichteten Format (SELEX) statt in FASTA.
-c Vorhersage einer einzelnen Mehrheitsregel-Konsensussequenz anstelle von Stichprobensequenzen
aus der Wahrscheinlichkeitsverteilung des HMM. Hochkonservierte Reste (p >= 0.9 für
DNA, p >= 0.5 für Protein) werden in Großbuchstaben angezeigt; andere werden in Kleinbuchstaben angezeigt.
Einige Einfügungsstaaten werden möglicherweise Teil des Mehrheitsregelkonsenses, weil sie es sind
wird in >= 50 % der generierten Sequenzen verwendet; Wenn dies geschieht, werden durch Einfügungen Rückstände erzeugt
werden einfach als „x“ angezeigt.
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
-n Generieren Sequenzen. Der Standardwert ist 10.
-o Speichern Sie die synthetischen Sequenzen in einer Datei anstatt sie auf stdout zu schreiben.
-q Ruhig; unterdrückt alle Ausgaben außer den Sequenzen selbst. Nützlich für Rohrleitungen
oder die Ausgabe steuern.
EXPERTISE OPTIONAL
--Samen
Stellen Sie den Zufallsstartwert auf ein , woher ist eine positive ganze Zahl. Die Standardeinstellung ist „use“.
Zeit() um für jeden Lauf einen anderen Startwert zu generieren, also zwei verschiedene
läuft von hmm2emit auf demselben HMM führt zu leicht unterschiedlichen Ergebnissen. Sie können verwenden
Verwenden Sie diese Option, um reproduzierbare Ergebnisse zu erzielen.
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