hmm2search – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

hmm2search – Durchsuchen einer Sequenzdatenbank mit einem Profil-HMM

ZUSAMMENFASSUNG

hmm2search [Optionen] hmmdatei seqfile

BESCHREIBUNG

hmm2search liest ein HMM aus hmmdatei und Suchen seqfile für deutlich ähnlich
Sequenzübereinstimmungen.

seqfile wird zuerst im aktuellen Arbeitsverzeichnis und dann in einem Verzeichnis gesucht
benannt nach der Umgebungsvariablen BLASTDB. Dadurch können Benutzer vorhandene BLAST-Datenbanken nutzen,
wenn BLAST für die Site konfiguriert wurde.

hmm2search Die Ausführung kann je nach Größe der Sequenz Minuten oder sogar Stunden dauern
Datenbank. Es empfiehlt sich, die Ausgabe in eine Datei umzuleiten.

Die Ausgabe besteht aus vier Abschnitten: einer Rangliste der Sequenzen mit der besten Bewertung, a
Rangliste der Domänen mit der besten Bewertung, Ausrichtungen für alle Domänen mit der besten Bewertung und
ein Histogramm der Ergebnisse. Ein Sequenz-Score kann höher sein als ein Domänen-Score für
gleiche Sequenz, wenn die Sequenz mehr als eine Domäne enthält; die Sequenzpunktzahl dauert
Berücksichtigung aller Domänen. Alle Sequenzen punkten über dem -E und -T Cutoffs werden angezeigt
also in der ersten Liste alles, Die in dieser Liste gefundene Domain wird in der zweiten Liste angezeigt
Domain-Hits. Falls gewünscht, können auch E-Wert- und Bit-Score-Schwellenwerte auf die angewendet werden
Domainliste mit der --Kuppel und --domT Optionen.

OPTIONAL

-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.

-A Beschränkt die Ausrichtungsausgabe auf Domains mit der besten Bewertung. -A0 schaltet die aus
Ausrichtungsausgabe und kann zur Reduzierung der Größe von Ausgabedateien verwendet werden.

-E Legen Sie den E-Wert-Grenzwert für die Rangfolge-Trefferliste pro Sequenz auf fest , woher ist eine
positive reelle Zahl. Der Standardwert ist 10.0. Treffer mit E-Werten besser als (weniger
als) wird dieser Schwellenwert angezeigt.

-T Legen Sie den Bit-Score-Grenzwert für die Trefferliste pro Sequenz auf fest , woher is
eine reelle Zahl. Der Standardwert ist negativ unendlich; Standardmäßig beträgt der Schwellenwert
gesteuert durch den E-Wert und nicht durch den Bit-Score. Treffer mit Bit punkten besser als
(größer als) dieser Schwellenwert wird angezeigt.

-Z Berechnen Sie die E-Wert-Werte, als ob wir eine Sequenzdatenbank von gesehen hätten
Sequenzen. Der Standardwert ist die Anzahl der in Ihrer Datenbankdatei angezeigten Sequenzen
.

EXPERTISE OPTIONAL

--kompat
Verwenden Sie das Ausgabeformat von HMMER 2.1.1, der öffentlichen Veröffentlichung von 1998–2001; vorausgesetzt
2.1.1 Parser müssen nicht neu geschrieben werden.

--Zentralprozessor
Legt die maximale Anzahl von CPUs fest, auf denen das Programm ausgeführt wird. Die Standardeinstellung ist „use“.
alle CPUs in der Maschine. Überschreibt die Umgebungsvariable HMMER_NCPU. Nur
betrifft Thread-Versionen von HMMER (die Standardeinstellung auf den meisten Systemen).

--cut_ga
Verwenden Sie Pfam-GA-Score-Grenzwerte (Gathering Threshold). Entspricht --globT
--domT , aber die GA2- und GA1-Grenzwerte werden aus der HMM-Datei gelesen. hmm2build
fügt diese Grenzwerte dort ein, wenn die Alignment-Datei in einem Pfam-freundlichen Format mit Anmerkungen versehen wurde
Ausrichtungsformat (erweitertes SELEX- oder Stockholm-Format) und das optionale GA
Anmerkungszeile war vorhanden. Wenn diese Grenzwerte nicht in der HMM-Datei festgelegt sind, --cut_ga
funktioniert nicht.

--cut_tc
Verwenden Sie die Score-Grenzwerte Pfam TC (Trusted Cutoff). Entspricht --globT --domT
, aber die TC2- und TC1-Grenzwerte werden aus der HMM-Datei gelesen. hmm2build setzt diese
Cutoffs gibt es, wenn die Alignment-Datei in einem Pfam-freundlichen Alignment mit Anmerkungen versehen wurde
Format (erweitertes SELEX- oder Stockholm-Format) und die optionale TC-Anmerkungszeile war
gegenwärtig. Wenn diese Grenzwerte nicht in der HMM-Datei festgelegt sind, --cut_tc funktioniert nicht.

--cut_nc
Verwenden Sie Pfam NC-Score-Grenzwerte (Noise Cutoff). Entspricht --globT --domT ,
aber die NC1- und NC2-Grenzwerte werden aus der HMM-Datei gelesen. hmm2build setzt diese
Cutoffs gibt es, wenn die Alignment-Datei in einem Pfam-freundlichen Alignment mit Anmerkungen versehen wurde
Format (erweitertes SELEX- oder Stockholm-Format) und die optionale NC-Anmerkungszeile war
gegenwärtig. Wenn diese Grenzwerte nicht in der HMM-Datei festgelegt sind, --cut_nc funktioniert nicht.

--Kuppel
Legen Sie den E-Wert-Grenzwert für die Trefferliste pro Domain auf fest , woher ist eine
positive reelle Zahl. Der Standardwert ist unendlich; Standardmäßig sind alle Domänen in der
Sequenzen, die den ersten Schwellenwert überschritten haben, werden in der zweiten Liste aufgeführt
dass die Anzahl der in der Liste pro Sequenz gemeldeten Domänen mit der übereinstimmt
Anzahl, die in der domänenspezifischen Liste angezeigt wird.

--domT
Legen Sie den Bit-Score-Grenzwert für die Trefferliste pro Domain auf fest , woher ist eine
reelle Zahl. Der Standardwert ist negativ unendlich; Standardmäßig sind alle Domänen in der
Sequenzen, die den ersten Schwellenwert überschritten haben, werden in der zweiten Liste aufgeführt
dass die Anzahl der in der Liste pro Sequenz gemeldeten Domänen mit der übereinstimmt
Anzahl, die in der domänenspezifischen Liste angezeigt wird. Wichtig Hinweise: nur eine Domain in einem
Die Reihenfolge wird absolut durch diesen Parameter oder durch gesteuert --domT. Der zweite und
Nachfolgende Domänen in einer Sequenz haben de facto einen Bit-Score-Schwellenwert von 0, weil
Einzelheiten zur Funktionsweise von HMMER. HMMER erfordert mindestens einen Durchgang durch die
Hauptmodell pro Sequenz; um mehr als einen Durchgang (mehr als eine Domäne) durchzuführen
Die Multidomänenausrichtung muss eine bessere Bewertung haben als die Einzeldomänenausrichtung.
und daher müssen die zusätzlichen Domänen zu einem positiven Ergebnis beitragen. Siehe Benutzerhandbuch
Für weitere Details.

--nach vorne
Verwenden Sie den Forward-Algorithmus anstelle des Viterbi-Algorithmus, um die Per-
Sequenzwerte. Die Scores pro Domäne werden weiterhin durch den Viterbi-Algorithmus bestimmt.
Einige haben argumentiert, dass Forward ein empfindlicherer Algorithmus zur Erkennung von Fernbedienungen ist
Sequenzhomologe; meine Experimente mit HMMER haben dies jedoch nicht bestätigt.

--informatieren
Stellen Sie sicher, dass die Eingabe seqfile ist im Format ; Führen Sie das Babelfish-Format nicht aus
Autoerkennung. Dies erhöht die Zuverlässigkeit des Programms etwas, da die
Babelfish kann Fehler machen; besonders empfehlenswert für unbeaufsichtigte, hochintensive
Durchsatzläufe von HMMER. Zu den gültigen Formatzeichenfolgen gehören FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL und PHYLIP. Siehe das Benutzerhandbuch für a
vollständige Liste.

--null2
Deaktivieren Sie das zweite Post-hoc-Nullmodell. Standardmäßig wird jede Ausrichtung neu bewertet
ein Nachbearbeitungsschritt, der eine mögliche voreingenommene Zusammensetzung in beiden berücksichtigt
das HMM oder die Zielsequenz. Dies ist bei Datenbanksuchen fast unerlässlich,
insbesondere bei lokalen Ausrichtungsmodellen. Die Wahrscheinlichkeit dafür ist sehr gering
Durch die Nachbearbeitung werden möglicherweise echte Übereinstimmungen entfernt, und zwar in diesen Fällen --null2 kann sich verbessern
Sensitivität auf Kosten einer Verringerung der Spezifität durch eine voreingenommene Zusammensetzung
schlägt durch.

--pvm Auf einer parallelen virtuellen Maschine (PVM) ausführen. Die PVM muss bereits ausgeführt werden. Der
Client-Programm hmm2search-pvm muss auf allen PVM-Knoten installiert sein. Optionales PVM
Die Unterstützung muss in HMMER kompiliert worden sein.

--xnu Aktivieren Sie die XNU-Filterung von Zielproteinsequenzen. Hat keinen Einfluss auf Nukleinsäure
Sequenzen. In Probeversuchen --xnu scheint weniger gut zu funktionieren als das
Standard-Post-hoc-Null2-Modell.

Nutzen Sie hmm2search online über die Dienste von onworks.net