Dies ist der Befehl hmmfetch, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmmfetch – Profil-HMM(s) aus einer Datei abrufen
ZUSAMMENFASSUNG
hmmholen [Optionen]
(ruft HMM mit dem Namen ab )
hmmholen -f [Optionen]
(ruft alle in aufgeführten HMMs ab )
hmmholen --Index [Optionen]
(Indizes zum Abholen)
BESCHREIBUNG
Ruft schnell ein oder mehrere Profil-HMMs von einem ab (eine große Pfam-Datenbank, z
Beispiel).
Für maximale Geschwindigkeit ist die sollte zuerst mit indiziert werden hmmholen --Indexdem „Vermischten Geschmack“. Seine
index ist eine Binärdatei mit dem Namen .ssi. Dies ist jedoch optional und der Abruf erfolgt
funktionieren immer noch mit nicht indizierten Dateien, wenn auch viel langsamer.
Der Standardmodus besteht darin, ein einzelnes Profil nach Name oder Zugang abzurufen .
Beispielsweise:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
Mit der -f Option, a Stattdessen wird gelesen, die eine Liste mit einem oder mehreren Schlüsseln enthalten.
Das erste durch Leerzeichen getrennte Feld in jeder nicht leeren Nicht-Kommentarzeile des
wird verwendet als , und alle verbleibenden Daten in der Zeile werden ignoriert. Dies ermöglicht eine Abwechslung
von durch Leerzeichen getrennten Datendateien, die als S.
Beim Benutzen -f und einem Wenn hmmdatei indiziert wurde, werden die Schlüssel im
Reihenfolge, in der sie vorkommen Schlüsseldatei, aber falls hmmdatei nicht indiziert ist, werden die Schlüssel im abgerufen
Reihenfolge, in der sie vorkommen hmmdatei. Dies ist ein Nebeneffekt einer Implementierung, die dies ermöglicht
Es müssen mehrere Schlüssel abgerufen werden, selbst wenn die ist ein nicht zurückspulbarer Stream, wie a
Standard-Eingangsrohr.
Bei normalem Gebrauch (ohne --Index or -f Optionen), kann '-' (Bindestrich) sein, was bedeutet
Eingabe von lesen Standard statt einer Datei. Mit dem --Index Option, kann nicht
Sei '-'; Es macht keinen Sinn, einen Standardeingabestream zu indizieren. Mit dem -f Option,
entweder or (aber nicht beides) kann „-“ sein. Es ist oft besonders nützlich
lesen von der Standardeingabe, da dies die Verwendung beliebiger Befehle ermöglicht
Zeilenaufrufe, um eine Liste von HMM-Namen oder -Zugängen zu erstellen und sie dann alle in eine neue abzurufen
Datei, nur mit einem Befehl.
Standardmäßig werden abgerufene HMMs auf der Standardausgabe im HMMER3-Format gedruckt.
OPTIONAL
-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und alle verfügbaren Optionen.
-f Das zweite Kommandozeilenargument ist a statt einer einzigen dem „Vermischten Geschmack“. Seine
erstes Feld in jeder Zeile des wird als Abruf verwendet (ein HMM-Name
oder Beitritt). Leerzeilen und Kommentarzeilen (die mit einem #-Zeichen beginnen) sind
ignoriert.
-o HMM(s) in Datei ausgeben statt zur Standardausgabe.
-O Geben Sie HMM(s) in einzelne benannte Dateien aus anstelle der Standardausgabe. Mit
-f Option kann dies dazu führen, dass viele Dateien erstellt werden.
--Index
Anstatt ein oder mehrere Profile von . abzurufen , indizieren Sie die für
zukünftige Abrufe. Dadurch entsteht ein .ssi binäre Indexdatei.
Verwenden Sie hmmfetch online über die Dienste von onworks.net
