Dies ist der Befehl HPCmapper, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
HPCmapper - Generieren Sie ein Skript zum Zuordnen von Lesevorgängen
ZUSAMMENFASSUNG
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edoppelt (.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mverfolgen sind ]+ [-dalint(4)] [-Gradint(25)]
ref:db|dam lautet: db|dam [zuerst:int[-zuletzt:int]]
BESCHREIBUNG
HPCmapper schreibt ein UNIX-Shell-Skript in die Standardausgabe, das aus einer Folge von
Befehle, die jeden Lesevorgang in der DB effektiv "abbilden" liest gegen einen Referenzsatz von
Sequenzen in der DB ref, Aufzeichnung aller gefundenen lokalen Ausrichtungen in der Reihenfolge der Dateien
ref.liest.1.las, ref.liest.2.las, und so weiter, wo ref.liest.k.las enthält die Ausrichtungen
zwischen all ref und der k-te Block von liest. Die Parameter sind genau die gleichen wie
für HPCdaligner(1) außer dass die -k, -h und -e Standardwerte sind entsprechend eingestellt für
Kartierung und die -A und -I Optionen machen keinen Sinn, da ref und liest werden erwartet
eindeutige Datensätze.
Wenn die ganzen Zahlen zuerst und letzte fehlen, dann ist das erzeugte Skript für jeden Block in
die Datenbank liest. Wenn zuerst ist dann vorhanden HPCmapper produziert ein Skript, das vergleicht
Blöcke zuerst bis letzte (letzte = zuerst falls nicht vorhanden) gegen DAM ref.
Verwenden Sie HPCmapper online mit den onworks.net-Diensten
