EnglischFranzösischSpanisch

Server ausführen | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-Favicon

ipresse - Online in der Cloud

Führen Sie ipcress im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl ipcress, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME


ipress - Simulationssystem für In-silico-PCR-Experimente

ZUSAMMENFASSUNG


ikresse [ Optionen ] <primer Datei> <sequence Pfade>

BESCHREIBUNG


ikresse ist In-silico PCR EExperiment SNachahmung SSystem.

Dies ist ein Werkzeug zur Simulation von PCR-Experimenten. Sie liefern eine Datei mit Primern
und einen Satz von Sequenzen und sagt PCR-Produkte voraus.

Ipcress ähnelt dem e-PCR-Programm des NCBI, ist aber viel schneller und tut es nicht
unter Problemen bei der Identifizierung von Übereinstimmungen leiden, wenn Mehrdeutigkeitssymbole in der Nähe des Primers vorhanden sind
endet.

Wenn Sie viele Primerpaare zusammen liefern, simuliert ipcress die PCR-Experimente in
parallel, was eine genomweite Simulation einer großen Anzahl von Experimenten ermöglicht. Es verwendet viele
Bibliotheken aus der entlasten Sequenzvergleichstool.

SPEISUNG FORMAT


Die Eingabe für ipcress ist eine einfache, durch Leerzeichen getrennte Datei, die ein Experiment pro
Leitung. Jede Zeile enthält die folgenden 5 Felder:

id Eine Kennung für dieses Experiment
Grundierung_A Sequenz für den ersten Primer
Grundierung_B Sequenz für den zweiten Primer
min_product_len Mindestproduktlänge zu melden
max_product_len Maximale zu meldende Produktlänge

Hier ist eine Beispielzeile in diesem Format:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

AUSGABE FORMAT


Das Ausgabeformat beschreibt ein PCR-Produkt pro Zeile,
und wird von "ipcress:" vorangestellt, gefolgt von den folgenden 11 Feldern:

sequenz_id Die Sequenzkennung
experiment_id Die PCR-Experiment-ID
Produktlänge Die PCR-Produktlänge
Grundierung_5 Der 5'-Primer (entweder A oder B)
Pos_5 Position des 5'-Primers
Nichtübereinstimmung_5 Anzahl der Fehlpaarungen auf 5'-Primer
Grundierung_3 |
Pos_3 | Gleiche Felder für den 3'-Primer
Nichtübereinstimmung_3 |
Beschreibung Eine Beschreibung des PCR-Produkts

Das Beschreibungsfeld ist eine der folgenden 4 Zeichenfolgen:

Normalprodukt, Primer A gefolgt von B
Drehzahl Normalprodukt, Primer B gefolgt von A
single_A Schlechtes Produkt nur von Primer_A erzeugt
single_B Schlechtes Produkt nur von Primer_B erzeugt

Es wird auch eine für Menschen lesbare Ausgabe angezeigt, die nicht zum Parsen ausgelegt ist (siehe:
-- ziemlich unten).

ALLGEMEIN OPTIONAL


Die meisten Argumente haben kurze und lange Formen. Die langen Formen
sind im Laufe der Zeit eher stabil und sollten daher in Skripten verwendet werden, die
ippress anrufen.

-h | --kurze Hilfe
Zeig Hilfe. Dies zeigt eine kurze Zusammenfassung der verfügbaren Optionen, Standardeinstellungen
und die aktuell eingestellten Werte.

--help
Hier werden alle Hilfeoptionen angezeigt, einschließlich der Standardeinstellungen, des aktuell eingestellten Werts,
und die Umgebungsvariable, die verwendet werden kann, um jeden Parameter einzustellen. Es wird
ein Hinweis darauf sein, welche Optionen obligatorisch sind. Obligatorische Optionen haben keine
default und muss einen Wert enthalten, damit ipcress ausgeführt werden kann. Wenn obligatorische Optionen
werden der Reihe nach verwendet, ihre Flags können von der Befehlszeile aus übersprungen werden (siehe Beispiele
unter). Im Gegensatz zu dieser Manpage sind die Informationen dieser Option immer verfügbar
aktuell mit der neuesten Programmversion.

-v | --Version
Zeigen Sie die Versionsnummer an. Zeigt auch andere Informationen wie das Build-Datum an
und glib-Version verwendet.

FILE SPEISUNG OPTIONAL


-i | --Eingang
PCR-Experimentdaten im oben beschriebenen ipcress-Dateiformat.

-s | --Reihenfolge
Geben Sie die Sequenzen an. Hier können mehrere Dateien angegeben werden, was die FSM . reduziert
Gebäude-Overhead und lässt ipress schneller laufen als den Prozess
separat.

IPCRESSE PARAMETER


-m | --Nichtübereinstimmung
Geben Sie die Anzahl der zulässigen Fehlpaarungen pro Primer an. Das Zulassen von Fehlanpassungen reduziert
die Geschwindigkeit des Programms als große Primer-Nachbarschaft muss konstruiert werden, und
weniger Experimente können vor jedem Scan der Sequenz in den Speicher eingepasst werden
Datenbanken.

-M | --Erinnerung
Geben Sie die Speichermenge an, die das Programm verwenden soll. Je mehr Speicher gemacht wurde
verfügbare ipresse, desto schneller läuft sie, da mehr PCR-Experimente durchgeführt werden können
bei jedem Scan der Sequenzdatenbanken. Dies beinhaltet nicht den Speicher, der während . verwendet wird
den Scan (zum Speichern von Teilergebnissen und Sequenzen), also die tatsächliche Menge an
Der verwendete Speicher ist etwas höher.

-p | --ziemlich
Zeigen Sie die Ergebnisse in einem für Menschen lesbaren Format an, das nicht für das Parsen ausgelegt ist.

-P | --Produkte
Zeigen Sie PCR-Produkte als Sequenz im FASTA-Format an.

-S | --Samen
Geben Sie die Seed-Länge für das Wortnachbarschaft für die FSM an. Wenn auf Null gesetzt,
die volle Grundierung wird verwendet. Kürzere Wörter reduzieren die Größe der Nachbarschaft, aber
Erhöhen Sie die Zeit, die ippress benötigt, um falsch positive Übereinstimmungen zu filtern.

UMGEBUNG


Noch nicht dokumentiert.

Beispiele:


ikresse test.ippress sequenz.fasta
Dies ist der einfachste Weg, um ipresse zu verwenden.
ikresse dbsts_human.ipcress --Reihenfolge ncbi30/*.fasta --Nichtübereinstimmung 1
Vergleichen Sie eine Eingabedatei mit einer Reihe von Fasta-Dateien, wobei Sie jeweils eine Abweichung zulassen
Grundierung.

VERSION


Diese Dokumentation begleitet Version 2.2.0 des exonerate-Pakets.

Verwenden Sie ipcress online mit den onworks.net-Diensten


Ad


Ad