ipcress – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

ipcress – Simulationssystem für In-silico-PCR-Experimente

ZUSAMMENFASSUNG

ipcress [ Optionen ] <Grundierung Datei> <Sequenz Pfade>

BESCHREIBUNG

ipcress lernen muss die In-Silicium PCR EExperiment SNachahmung SSystem.

Dies ist ein Tool zur Simulation von PCR-Experimenten. Sie liefern eine Datei mit Primern
und eine Reihe von Sequenzen, und es sagt PCR-Produkte voraus.

Ipcress ähnelt dem e-PCR-Programm des NCBI, ist jedoch viel schneller und nicht
leiden unter Problemen bei der Identifizierung von Übereinstimmungen, wenn sich in der Nähe des Primers Mehrdeutigkeitssymbole befinden
endet.

Wenn Sie viele Primerpaare zusammen bereitstellen, simuliert ipcress die PCR-Experimente in
parallel, was die genomweite Simulation einer großen Anzahl von Experimenten ermöglicht. Es nutzt viele
Bibliotheken aus der entlasten Sequenzvergleichstool.

SPEISUNG FORMAT

Die Eingabe für ipcress ist eine einfache, durch Leerzeichen getrennte Datei, die jeweils ein Experiment beschreibt
Linie. Jede Zeile enthält die folgenden 5 Felder:

id Eine Kennung für dieses Experiment
Primer_A Reihenfolge für den ersten Primer
Grundierung_B Sequenz für den zweiten Primer
min_product_len Zu meldende Mindestproduktlänge
max_product_len Maximale zu meldende Produktlänge

Hier ist eine Beispielzeile in diesem Format:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

AUSGABE FORMAT

Das Ausgabeformat beschreibt ein PCR-Produkt pro Zeile,
und wird durch „ipcress:“ vorangestellt, gefolgt von den folgenden 11 Feldern:

sequence_id Der Sequenzbezeichner
experiment_id Die PCR-Experiment-ID
Produktlänge Die PCR-Produktlänge
Grundierung_5 Der 5'-Primer (entweder A oder B)
pos_5 Position des 5'-Primers
Nichtübereinstimmung_5 Anzahl der Fehlpaarungen auf dem 5'-Primer
Grundierung_3 |
pos_3 | Gleiche Felder für den 3'-Primer
Nichtübereinstimmung_3 |
Beschreibung Eine Beschreibung des PCR-Produkts

Das Beschreibungsfeld ist eine der folgenden 4 Zeichenfolgen:

Normales Produkt, Grundierung A gefolgt von B
Drehzahl Normales Produkt, Grundierung B gefolgt von A
single_A Schlechtes Produkt, das nur von Primer_A generiert wurde
single_B Schlechtes Produkt, nur von Primer_B generiert

Es wird auch eine für Menschen lesbare Ausgabe angezeigt, die nicht zum Parsen gedacht ist (siehe:
--pretty unten).

ALLGEMEIN OPTIONAL

Die meisten Argumente haben Kurz- und Langformen. Die langen Formen
sind mit größerer Wahrscheinlichkeit im Laufe der Zeit stabil und sollten daher in Skripten verwendet werden, die
Rufen Sie ipcress an.

-h | --shorthelp
Zeig Hilfe. Daraufhin wird eine kurze Zusammenfassung der verfügbaren Optionen und Standardeinstellungen angezeigt
und aktuell eingestellte Werte.

--help
Hier werden alle Hilfeoptionen angezeigt, einschließlich der Standardeinstellungen, des aktuell eingestellten Werts,
und die Umgebungsvariable, die zum Festlegen jedes Parameters verwendet werden kann. Das wird es
ein Hinweis darauf sein, welche Optionen obligatorisch sind. Obligatorische Optionen haben keine
Standardwert und muss über einen Wert verfügen, damit ipcress ausgeführt werden kann. Wenn obligatorische Optionen
werden in der richtigen Reihenfolge verwendet, ihre Flags können in der Befehlszeile übersprungen werden (siehe Beispiele).
unter). Im Gegensatz zu dieser Manpage sind die Informationen dieser Option immer verfügbar
auf dem neuesten Stand des Programms.

-v | --Version
Zeigt die Versionsnummer an. Zeigt auch andere Informationen wie das Erstellungsdatum an
und Glib-Version verwendet.

FILE SPEISUNG OPTIONAL

-i | --Eingang
PCR-Experimentdaten im oben beschriebenen ipcress-Dateiformat.

-s | --Reihenfolge
Geben Sie die Reihenfolgen an. Hier können mehrere Dateien angegeben werden, was den FSM reduziert
Bauaufwand und sorgt dafür, dass ipcress schneller läuft als der Prozess
separat.

IPCRESSE PARAMETER

-m | --Nichtübereinstimmung
Geben Sie die Anzahl der pro Primer zulässigen Fehlpaarungen an. Das Zulassen von Nichtübereinstimmungen reduziert
die Geschwindigkeit des Programms, da eine große Primer-Nachbarschaft aufgebaut werden muss, und
Vor jedem Scan der Sequenz können weniger Experimente in den Speicher eingepasst werden
Datenbanken.

-M | --Erinnerung
Geben Sie die Menge an Speicher an, die das Programm verwenden soll. Je mehr Speicher entsteht
Je mehr PCR-Experimente durchgeführt werden können, desto schneller läuft es
bei jedem Scan der Sequenzdatenbanken. Der dabei genutzte Speicher ist darin nicht enthalten
der Scan (zur Speicherung von Teilergebnissen und Sequenzen), also die tatsächliche Menge an
Der verwendete Speicher wird etwas höher sein.

-p | --ziemlich
Zeigt Ergebnisse in einem für Menschen lesbaren Format an, das nicht zum Parsen gedacht ist.

-P | --Produkte
Zeigen Sie PCR-Produkte als Sequenz im FASTA-Format an.

-S | --Samen
Geben Sie die Startlänge für die Wortumgebung für den FSM an. Wenn auf Null gesetzt,
Es wird die Vollgrundierung verwendet. Kürzere Wörter verringern die Größe der Nachbarschaft, aber
Erhöhen Sie die Zeit, die ipcress benötigt, um falsch-positive Übereinstimmungen zu filtern.

Noch nicht dokumentiert.

Beispiele:

ipcress test.ipress Sequenz.fasta
Dies ist die einfachste Art und Weise, wie ipcress verwendet werden kann.
ipcress dbsts_human.ipcress --Reihenfolge ncbi30/*.fasta --Nichtübereinstimmung 1
Vergleichen Sie eine Eingabedatei mit einer Reihe von Fasta-Dateien und lassen Sie dabei jeweils eine Nichtübereinstimmung zu
Grundierung.

VERSION

Diese Dokumentation begleitet Version 2.2.0 des Exonerate-Pakets.

Nutzen Sie ipcress online über die Dienste von onworks.net