Dies ist der Befehl kmer-mask, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
kmer-mask – Maskierungs- und Filtersatz von Nukleotidsequenzen nach kmer-Inhalt
ZUSAMMENFASSUNG
kmer-Maske {-Roman|-bestätigt} [-mdb mer-Datenbank] [-Frau Mer-Größe] [-edb exist-Datenbank] [-m
Mindestgröße] [-e Größe erweitern] [-Niedrige Schwelle l] [-hoher Schwellenwert h] [-t Themen] [-v] [-h
Histogramm] [-fördern|-degradieren|-verwerfen] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o Ausgabepräfix
BESCHREIBUNG
Maskieren und filtern Sie den Satz von Sequenzen (vermutlich gelesen) nach KMER-Inhalt. Maskierung kann sein
durchgeführt, um neue Sequenzen beizubehalten, die nicht in der Datenbank enthalten sind, oder um bestätigte Sequenzen beizubehalten
in der Datenbank. Durch die Filterung werden Sequenzen vollständig, teilweise oder nicht maskiert getrennt.
OPTIONAL
-mdb mer-Datenbank
Laden Sie Maskierungskilometer ab Meryl(1) mer-Datenbank
-Frau Mer-Größe
-edb exist-Datenbank
Speichern Sie Maskierungskilometer in einem existDB(1) Datei exist-Datenbank für schnellere Neustarts
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
Die Eingabe liest Dateien im Format fastq, fastq.gz, fastq.bz2 oder fastq.xz. Das zweite ist
optional, bringt aber die Ausgabeklassifizierung durcheinander, wenn sie nicht vorhanden ist.
-o
Präfix für Ausgabelesevorgänge
.fullymasked.[12].fastq
liest, wobei die Basen unterhalb des „niedrigen Schwellenwerts“ beibehalten werden
.partialmasked.[12].fastq
liest sich dazwischen
.retained.[12].fastq
Liest, wobei mehr als „Hightreshold“-Basen beibehalten werden
.discarded.[12].fastq
liest mit widersprüchlichem Status
-m Mindestgröße
Ignorieren Sie Datenbanktreffer unterhalb dieser Anzahl aufeinanderfolgender Kilometer (0).
-e Erweiterungsgröße
Erweitern Sie die Datenbanktreffer auf diese vielen fehlenden Kilometer (0).
-Roman RETAIN-Romansequenz nicht in der Datenbank vorhanden
-bestätigt
BEHALTEN Sie die bestätigte Sequenz, die in der Datenbank vorhanden ist
-fördern
Erhöhen Sie den niedrigeren RETAINED-Read auf den Status des stärker RETAINED-Reads
read1=fullymasked und read2=partialmasked -> beide sind teilweise maskiert
-degradieren
stufen Sie den mehr RETAINED-Read auf den Status des weniger RETAINED-Reads herab
read1=fullymasked und read2=partialmasked -> beide sind vollständig maskiert
-verwerfen
Paare mit widersprüchlichem Status verwerfen (STANDARD) read1=fullymasked und
read2=partialmasked -> beide werden verworfen
Statistik on stderr, Anzahl of Sequenzen mit Betrag BEHALTEN:
-Niedrige Schwelle t
(0.3333)
-hoher Schwellenwert t
(0.6667)
-h Histogramm
Schreiben Sie ein Histogramm der Menge der beibehaltenen Sequenz
-t t - t Threads berechnen
-v Fortschritt anzeigen
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