locuspocus - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

locuspocus – berechnet Ortskoordinaten für die gegebene Genanmerkung

ZUSAMMENFASSUNG

Locuspocus [Optionen] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

BESCHREIBUNG

Grundlegende Optionen:

-d|--debug
Detaillierte Debugging-Meldungen an das Terminal ausgeben (Standardfehler)

-h|--hilfe
Drucken Sie diese Hilfenachricht und beenden Sie das Programm

-v|--Version
Versionsnummer drucken und beenden

iLocus-Analyse:

-l|--delta: INT
Verwenden Sie beim Parsen von Intervallorten das folgende Delta, um Genorte zu erweitern und einzuschließen
potenzielle Regulierungsregionen; Der Standardwert ist 500

-s|--skipends
Schließen Sie beim Aufzählen von Intervallorten nicht kommentierte (und vermutlich unvollständige) aus.
iLoci an beiden Enden der Sequenz

-e|--endsonly
Melden Sie nur unvollständige iLocus-Fragmente an den nicht annotierten Enden von Sequenzen
(Ergänzung zu --skipends)

-y|--skipiiloci
intergenische iLoci nicht melden

Veredelungsmöglichkeiten:

-r|--verfeinern
Standardmäßig werden Gene im selben iLocus gruppiert, wenn sie sich überlappen. 'verfeinern'
Der Modus ermöglicht eine differenziertere Handhabung überlappender Gene

-c|--cds
Verwenden Sie CDS anstelle von UTRs zur Bestimmung der Genüberlappung. impliziert den Modus „Verfeinern“.

-m|--minoverlap: INT
Die Mindestanzahl an Nukleotiden, die zwei Gene überlappen müssen, um in derselben Gruppe zusammengefasst zu werden
iLocus; Der Standardwert ist 1

Ausgabeoptionen:

-n|--namefmt: STR
Geben Sie eine Formatzeichenfolge im Printf-Stil an, um das Standard-ID-Format für neu zu überschreiben
erstellte Orte; Der Standardwert ist „locus%lu“ (locus1, locus2 usw.) für Loci und „iLocus%lu“.
(iLocus1, iLocus2 usw.) für Intervallorte; Beachten Sie, dass die Formatzeichenfolge ein enthalten sollte
einzelner %lu-Spezifizierer, der mit einem langen Ganzzahlwert ohne Vorzeichen gefüllt werden soll

-i|--ilens: DATEI
Erstellen Sie eine Datei mit den Längen jedes intergenischen iLocus

-g|--genemap: DATEI
Drucken Sie eine Zuordnung von jeder Genanmerkung zu ihrem entsprechenden Ort zum angegebenen Ort
Datei

-o|--outfile: DATEI
Name der Datei, in die die Ergebnisse geschrieben werden; Der Standardwert ist Terminal (Standard
Ausgabe)

-T|--retainids
Original-Feature-IDs aus Eingabedateien beibehalten; Bei der Eingabe kann es zu Konflikten kommen
enthält doppelte ID-Werte

-t|--transmap: DATEI
Drucken Sie eine Zuordnung von jeder Transkriptanmerkung zu ihrem entsprechenden Ort zum
angegebene Datei

-V|--verbose
Alle Locus-Untermerkmale (Gene, RNAs usw.) in die GFF3-Ausgabe einbeziehen; Standard
Enthält nur Ortsmerkmale

Eingabemöglichkeiten:

-f|--filter: TYP
durch Kommas getrennte Liste von Feature-Typen, die beim Erstellen von Loci/iLoci verwendet werden sollen; Standard ist
'Gen'

-p|--parent: CT:PT
Wenn ein Feature vom Typ $CT ohne übergeordnetes Element vorhanden ist, erstellen Sie ein übergeordnetes Element für dieses Feature
mit Typ $PT; Beispielsweise erstellt mRNA:gene ein Genmerkmal als Elternelement für
jedes mRNA-Merkmal der obersten Ebene; Diese Option kann mehrfach angegeben werden

-u|--pseudo
Korrigieren Sie falsch bezeichnete Pseudogene

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