Dies ist der Befehl macs2_bdgdiff, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2_bdgdiff – Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 TIEFE2] [--outdir OUTDIR] (--o-Präfix OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
--t1 T1BDG
MACS Pileup BedGraph für Bedingung 1. Inkompatibel mit Callpeak --SPMR Ausgabe.
ERFORDERLICH
--t2 T2BDG
MACS Pileup BedGraph für Bedingung 2. Inkompatibel mit Callpeak --SPMR Ausgabe.
ERFORDERLICH
--c1 C1BDG
MACS-Steuerung Lambda BedGraph für Bedingung 1. Inkompatibel mit Callpeak --SPMR
Ausgabe. ERFORDERLICH
--c2 C2BDG
MACS-Steuerung Lambda BedGraph für Bedingung 2. Inkompatibel mit Callpeak --SPMR
Ausgabe. ERFORDERLICH
-C ABGESCHNITTEN, --abgeschnitten ABGESCHNITTEN
logLR-Grenzwert. STANDARD: 3 (Likelihood-Verhältnis = 1000)
-l MINLEN, --min-len MINLEN
Mindestlänge des Differentialbereichs. Versuchen Sie es mit einem größeren Wert, um kleine Bereiche zu entfernen.
STANDARD: 200
-g MAXGAP, --max-lücke MAXGAP
Maximale Lücke zum Zusammenführen benachbarter Differenzregionen. Betrachten Sie eine größere Lücke für breit
Markierungen. Der maximale Abstand sollte kleiner sein als die minimale Länge (-g). STANDARD: 100
--d1 TIEFE1, --tiefe1 TIEFE1
Sequenzierungstiefe (Anzahl der nicht redundanten Lesevorgänge in Millionen) für Bedingung 1. Dies wird der Fall sein
zusammen verwendet mit --d2. Siehe Beschreibung für --d2 Unten erfahren Sie, wie Sie sie zuweisen.
Standard: 1
--d2 TIEFE2, --tiefe2 TIEFE2
Sequenzierungstiefe (Anzahl der nicht redundanten Lesevorgänge in Millionen) für Bedingung 2. Dies wird der Fall sein
zusammen verwendet mit --d1. DEPTH1 und DEPTH2 werden zur Berechnung der Skalierung verwendet
Faktor für jede Stichprobe, um eine größere Stichprobe auf das Niveau einer kleineren Stichprobe herunterzuskalieren.
Wenn Sie beispielsweise 10 Millionen Bedingung 1 und 20 Millionen Bedingung 2 vergleichen, verwenden Sie
--d1 10 --d2 20, dann wird der Pileup-Wert in bedGraph für Bedingung 2 durch geteilt
2. Standard: 1
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis
--o-Präfix OPPREFIX
Präfix der Ausgabedatei. Die tatsächlichen Dateien werden als PREFIX_cond1.bed bezeichnet.
PREFIX_cond2.bed und PREFIX_common.bed. Sich gegenseitig ausschließend mit -o/--ofile.
-o OFILE OFILE OFILE, --ofile OFILE OFILE OFILE
Ausgabedateinamen. Drei Argumente müssen der Reihe nach angegeben werden: 1. Datei für eindeutige Regionen in
Bedingung 1; 2. Datei für eindeutige Regionen in Bedingung 2; 3. Datei für gemeinsame Regionen
in beiden Zuständen. Hinweis: schließt sich gegenseitig aus --o-Präfix.
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