Dies ist der Befehl macs2, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2 – macs2 – Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 [-h] [--version]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
positionell Argumente:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
Callpeak
Hauptfunktion von MACS2: Spitzenwerte aus Ausrichtungsergebnissen abrufen.
bdgpeakcall
Rufen Sie Spitzen aus der bedGraph-Ausgabe auf. Hinweis: Alle Regionen auf demselben Chromosom im
Die bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, daher sind dies nur bedGraph-Dateien von MACS2
akzeptabel.
bdgbroadcall
Rufen Sie breite Spitzen aus der bedGraph-Ausgabe auf. Hinweis: Alle Regionen auf demselben Chromosom in
Die bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, daher sind dies nur bedGraph-Dateien von MACS2
akzeptabel.
bdgcmp Rauschen durch Vergleich zweier Signalspuren in bedGraph abziehen. Hinweis: Alle Regionen auf der
Das gleiche Chromosom in der bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, also nur bedGraph-Dateien
von MACS2 sind akzeptabel.
bdgopt Operationen an der Score-Spalte der bedGraph-Datei. Hinweis: Alle Regionen gleich
Das Chromosom in der bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, also nur bedGraph-Dateien aus
MACS2 sind akzeptabel.
cmbreps
Kombinieren Sie BEDGraphs der Ergebnisse aus Replikaten. Hinweis: Alle Regionen gleich
Das Chromosom in der bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, also nur bedGraph-Dateien aus
MACS2 sind akzeptabel.
bdgdiff
Differenzielle Peak-Erkennung basierend auf gepaarten vier Bedgraph-Dateien. Hinweis: Alle Regionen
auf demselben Chromosom in der bedGraph-Datei sollte kontinuierlich sein, also nur bedGraph
Dateien von MACS2 sind akzeptabel.
filterdup
Entfernen Sie doppelte Lesevorgänge an derselben Position und konvertieren Sie dann das akzeptable Format in BED
Format.
vorhergesagt
Sagen Sie d oder die Fragmentgröße anhand der Ausrichtungsergebnisse voraus. *Duplikate werden NICHT gefiltert*
Pileup Pileup-ausgerichtete Lesevorgänge mit einer bestimmten Erweiterungsgröße (Fragmentgröße oder d in MACS).
Sprache). Beachten Sie, dass es keinen Schritt zum Filtern oder Sequenzieren doppelter Lesevorgänge gibt
Tiefenskalierung, daher müssen Sie möglicherweise bestimmte Vor-/Nachbearbeitungen durchführen.
Stichprobe
Zufällige Stichprobenanzahl/Prozentsatz der gesamten Lesevorgänge.
verfeinernpeak
(Experimentell) Nehmen Sie die Ausrichtung der Rohdaten vor, verfeinern Sie die Gipfel und geben Sie Punkte ab
Messung des Gleichgewichts von Waston-/Crick-Tags. Inspiriert von SPP.
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
--Version
Versionsnummer des Programms anzeigen und beenden
Geben Sie für die Befehlszeilenoptionen jedes Befehls Folgendes ein: macs2 COMMAND -h
Verwenden Sie macs2 online über die Dienste von onworks.net
