Dies ist der Befehl macs2_randsample, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2_randsample - Modellbasierte Analyse für die ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 Randsample [-h] -t TDATEI [TDATEI ...] (-p PROZENTSATZ | -n NUMMER)
[--seed SEED] [-o AUSGABEDATEI] [--outdir OUTDIR]
[-s TSGRÖSSE] [-f {AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,FLIEGE}] [--verbose
AUSFÜHRLICH]
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-t TFILE [TFILE ...], --tfile TDATEI [TDATEI ...]
ChIP-seq-Alignment-Datei. Wenn mehrere Dateien als '-t AB C' angegeben werden, werden sie
alles gelesen und kombiniert werden. Beachten Sie, dass Pair-End-Daten damit nicht funktionieren sollen
Befehl. ERFORDERLICH.
-p PROZENTSATZ, --Prozentsatz PROZENTSATZ
Prozentsatz der Tags, die Sie behalten möchten. Geben Sie 80.0 für 80 % ein. Diese Option kann nicht verwendet werden
gleichzeitig mit -n/--num. ERFORDERLICH
-n NUMMER, --Nummer NUMBER
Anzahl der Tags, die Sie behalten möchten. Geben Sie 8000000 oder 8e+6 für 8 Millionen ein. Diese Option
kann nicht gleichzeitig verwendet werden mit -p/--Prozent. Beachten Sie, dass die Anzahl der Tags in
Ausgabe ist ungefähr wie die hier angegebene Zahl. ERFORDERLICH
--Samen SAMEN
Legen Sie den Zufallsstartwert fest, während Sie die Daten abtasten. Muss eine nicht negative ganze Zahl in sein
um wirksam zu sein. STANDARD: nicht eingestellt
-o AUSGABEDATEI, --ofile AUSGABEDATEI
Ausgabe BED-Dateiname. Wenn nicht angegeben, wird in die Standardausgabe geschrieben. URSPRÜNGLICH:
stdout
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis
-s TGRÖSSE, --tGröße TGRÖSSE
Etikettengröße. Dadurch wird die automatisch erkannte Tag-Größe überschrieben. STANDARD: Nicht eingestellt
-f {AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --Format
{AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Format der Tag-Datei, "AUTO", "BED" oder "ELAND" oder "ELANDMULTI" oder "ELANDEXPORT" oder
"SAM" oder "BAM" oder "BOWTIE". Die Standardoption AUTO wird macs2 randsample entscheiden
welches Format die Datei hat. Bitte überprüfen Sie die Definition in der README-Datei, wenn Sie wählen
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. STANDARD: "AUTO"
- ausführlich AUSFÜHRLICH
Ausführliche Ebene einstellen. 0: nur kritische Meldung anzeigen, 1: zusätzliche Warnung anzeigen
Nachricht, 2: Prozessinformationen anzeigen, 3: Debug-Nachrichten anzeigen. Wenn du wissen willst
Wo sind die doppelten Lesevorgänge, verwenden Sie 3. DEFAULT:2
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