Dies ist der Befehl masai_mapper, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
masai_mapper - Masai-Mapper
ZUSAMMENFASSUNG
masai_mapper [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
Masai ist ein schneller und genauer Read Mapper basierend auf ungefähren Seeds und multiplen
Rückverfolgung.
See http://www.seqan.de/projects/masai um mehr zu erfahren.
(c) Copyright 2011-2012 von Enrico Siragusa.
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Mapping-Optionen:
-mm, --Mapping-Modus STR
Wählen Sie den Zuordnungsmodus aus. Einer von allen, das Beste und das Beste. Standard: Beliebig-Beste.
-mb, --mapping-block NUM
Maximale Anzahl von Lesevorgängen, die gleichzeitig zugeordnet werden können. Im Bereich [10000..inf]. Standard:
2147483647
-e, --Fehler NUM
Maximale Anzahl von Fehlern pro Lesevorgang. Im Bereich [0..32]. Standard: 5.
-sl, --Samenlänge NUM
Mindestsaatlänge. Im Bereich [10..100]. Standard: 33.
-ng, --keine Lücken
Richten Sie Lesevorgänge nicht an Lücken aus.
Genomindex-Optionen:
-x, --Index STR
Wählen Sie den Genomindextyp aus. Einer von esa, sa, qgram und fm. Standard: sa.
-xp, --index-präfix STR
Geben Sie einen Genomindex-Präfixnamen an. Standard: Verwenden Sie das Präfix für den Genom-Dateinamen.
Ausgabeoptionen:
-o, --Ausgabedatei FILE
Geben Sie eine Ausgabedatei an. Standard: Verwenden Sie das Reads-Dateinamenspräfix. Gültige Dateitypen
sind: roh und sam.
-nc, --Keine Zigarre
CIGAR-String nicht ausgeben. Dies betrifft nur die SAM-Ausgabe.
Debug-Optionen:
-nv, --no-verify
Seed-Treffer nicht überprüfen.
-nd, --no-dump
Ergebnisse nicht ausgeben.
-nm, - kein Vielfaches
Deaktivieren Sie die mehrfache Rückverfolgung.
VERSION
masai_mapper-Version: 0.7.1 [14053] Letztes Update 2013-05-16
Verwenden Sie masai_mapper online mit den onworks.net-Diensten
