Dies ist der Befehls-Matcher, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
matcher - Waterman-Eggert lokales Alignment von zwei Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Matcher -eine Sequenz Reihenfolge -bfolge Reihenfolge [-Datendatei Matrix] [-Alternativen ganze Zahl]
[-gapopen ganze Zahl] [-gaapextend ganze Zahl] -outfile ausrichten
Matcher -Hilfe
BESCHREIBUNG
Matcher ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Ausrichtung:Lokal".
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-eine Sequenz Reihenfolge
-bfolge Reihenfolge
-Datendatei Matrix
Dies ist die Bewertungsmatrixdatei, die beim Vergleichen von Sequenzen verwendet wird. Standardmäßig ist es der
Datei 'EBLOSUM62' (für Proteine) oder die Datei 'EDNAFULL' (für Nukleinsequenzen). Diese
Dateien befinden sich im Verzeichnis 'data' der EMBOSS-Installation.
Zusätzliche Abschnitt
-Alternativen ganze Zahl
Dadurch wird die Anzahl der ausgegebenen alternativen Übereinstimmungen festgelegt. Standardmäßig nur die höchste
Scoring-Ausrichtung wird angezeigt. Ein Wert von 2 gibt Ihnen andere vernünftige Ausrichtungen. In
einige Fälle, zum Beispiel Multidomänenproteine von cDNA und genomische DNA-Vergleiche,
es kann andere interessante und bedeutende Ausrichtungen geben. Standardwert: 1
-gapopen ganze Zahl
Die Lückenstrafe ist die Punktzahl, die weggenommen wird, wenn eine Lücke entsteht. Der beste Wert hängt davon ab
über die Wahl der Vergleichsmatrix. Der Standardwert von 14 geht davon aus, dass Sie die
EBLOSUM62-Matrix für Proteinsequenzen oder ein Wert von 16 und die EDNAFULL-Matrix für
Nukleotidsequenzen. Standardwert: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gaapextend ganze Zahl
Die Lückenlänge oder Lückenerweiterungsstrafe wird zur Standardlückenstrafe für hinzugefügt
jede Base oder jeder Rest in der Lücke. So lange werden Lücken bestraft. Normalerweise wirst du
erwarten Sie eher ein paar lange Lücken als viele kurze Lücken, also die Lückenerweiterungsstrafe
sollte niedriger sein als die Lückenstrafe. Eine Ausnahme ist, wo eine oder beide Sequenzen sind
einzelne Reads mit möglichen Sequenzierungsfehlern, in diesem Fall würden Sie viele erwarten
einzelne Basislücken. Sie können dieses Ergebnis erhalten, indem Sie die Lückenstrafe auf Null (oder sehr) setzen
niedrig) und Verwenden der Lückenerweiterungsstrafe, um die Lückenbewertung zu kontrollieren. Standardwert:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
Output Abschnitt
-outfile ausrichten
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