Dies ist der Befehl mcmc_analysis, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
mcmc_analysis - Analyse des MCMC
ZUSAMMENFASSUNG
mcmc_analyse [OPTIONAL] MCMC-Daten ...
BESCHREIBUNG
Dieses Programm liest die MCMC-Ausgabe aus einer oder mehreren Dateien aus Programmen im BEEP
Paket. Es ist wichtig, dass in jeder Eingabedatei dieselben Spalten vorhanden sind.
Eingabeformat:
Ausgabe von MCMC-Iterationen zum Format
woher
ist der Logarithmus der Likelihood im Float-Format
ist ein Tab-Leerzeichen, das die Felder trennt
ist eine ganze Zahl für die Ordinalzahl der Iteration
ist eine Liste von Feldern, die durch Semikolons getrennt sind und enthalten
die Parameter des MCMC.
Die MCMC-Parameter werden in der ersten Zeile der Datei eingegeben und benannt.
was auf dem format steht
# L n [ ( )]+
Die Namen sollten eindeutig sein, müssen es aber nicht. Die ist ein
of
schweben
logfloat
ganze Zahl
Baum
Orthologiepaare
und verwendet, um abzuleiten, wie die restlichen Zeilen analysiert und analysiert werden.
Ausgabeformat:
Ein Bericht über den MCMC-Lauf mit nachträglichen Schätzungen der Parameter.
OPTIONAL
-b [FLOAT|INT]
Der Prozentsatz (0 <= x <1) oder die Anzahl der (x ist ganzzahlig >= 1) der Eingabe, die
als Burnin verworfen. Standard: 0.1.
-p STRING
Zeichnen Sie den Parameter namens . Die Ausgabe besteht aus zwei Spalten, der Iterationsnummer und
der Wert des Parameters in der Iteration.
-i STRING
Ignorieren Sie den benannten Parameter. Spaltennamen finden Sie in der Kopfzeile in der MCMC-Ausgabe. Du
kann mehrere Spalten gleichzeitig mit einem durch Kommas getrennten Format benennen (z. B. -i
Länge, Name). Zwischen Spaltennamen sind keine Leerzeichen zulässig.
-t Ausgabe von LaTex für die Analyse.
-l Zählen und melden Sie die Anzahl der Proben in der Eingabedatei.
-mp NT Die maximale Anzahl der zu plottenden Punkte.
-sp Geben Sie Punkte in Diagrammen explizit an.
-Koda Ausgabedatei für das CODA-Paket in R
-codabäume
Wie -coda, enthält jedoch Baumparameter. Jeder Baum wird als ganzzahlige ID ausgegeben
(Besuchsreihenfolge in Kette, 1,2,...). Stellen Sie sicher, dass Sie -i verwenden, um Bäume zu verstecken
mit Längen/Zeiten/Tarifen.
-P Parallele Ketten. Dies impliziert, dass mehrere Dateien mit (parallelen) Samples aufgelistet werden.
URL
Die prime-phylo-Homepage: http://prime.sbc.su.se
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