mia-3dfluid – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mia-3dfluid – Fluiddynamische 3D-Registrierung

ZUSAMMENFASSUNG

mia-3dfluid -i -r -o [Optionen]

BESCHREIBUNG

mia-3dfluid Dieses Programm wird für die nicht starre Registrierung basierend auf der Fluiddynamik verwendet
beschrieben in: Wollny, G. und Kruggel, F., „Computational cost of non-rigid Registration.“
„Algorithmen basierend auf der Fluiddynamik“, IEEE Transactions on Medical Imaging, 11(8), S.
946-952, 2002, doi:10.1109/TMI.2002.803113. Es verwendet SSD als einzige Registrierung
Kriterium.

OPTIONAL

Datei-IO
-i --in-image=(Eingabe, erforderlich); io
Eingabebild Für unterstützte Dateitypen siehe PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-image=(Eingabe, erforderlich); io
Referenzbild Für unterstützte Dateitypen siehe PLUGINS:3dimage/io

-o --out-transformation=(Ausgabe, erforderlich); io
Ausgabetransformation, die das registrierende Transformationsfeld For umfasst
Unterstützte Dateitypen finden Sie unter PLUGINS:3dtransform/io

-d --out-image=(Ausgabe); io
Verformtes Bild speichern. Informationen zu unterstützten Dateitypen finden Sie unter PLUGINS:3dimage/io

Hilfe & Info
-V --verbose=Warnung
Ausführlichkeit der Ausgabe, Ausgabe von Nachrichten mit gegebenem Level und höheren Prioritäten.
Unterstützte Prioritäten beginnend auf der niedrigsten Ebene sind:
Info - Low-Level-Meldungen
Spur - Funktionsaufruf-Trace
scheitern ‐ Testfehler melden
Warnung - Warnungen
Fehler - Fehler melden
debuggen - Debug-Ausgabe
Nachricht - Normale Nachrichten
tödlich - Nur schwerwiegende Fehler melden

--Urheberrechte ©
Copyright-Informationen drucken

-h - Hilfe
diese Hilfe ausdrucken

-? --Verwendungszweck
eine kurze Hilfe ausdrucken

--Version
Versionsnummer drucken und beenden

In Bearbeitung
--threads=-1
Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen. Diese Anzahl sollte niedriger sein
oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne in der Maschine. (-1:
automatische Schätzung). Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen
Anzahl sollte kleiner oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne sein
Die Maschine. (-1: automatische Schätzung).

Registrierung: Parameter
--disable-multigrid
Deaktivieren Sie die Multi-Grid-Verarbeitung

--disable-fullres
Deaktivieren Sie die Verarbeitung des Bildes mit voller Auflösung

--lambda=1
ElastizitätskonstanteElastizitätskonstante

--mu=1
ElastizitätskonstanteElastizitätskonstante

-s --start-size=16
anfängliche Mehrgittergröße. anfängliche Mehrgittergröße

-m --method=sora
Methode zur Lösung der PDE
sor ‐ aufeinanderfolgende Überentspannung
Sora ‐ Gauss-Southwell-Entspannung

--step=0.8
Anfängliche SchrittgrößeAnfängliche Schrittgröße

-p --interpolator=bspline:d=3
Bild-Interpolator-KernelBild-Interpolator-Kernel Für unterstützte Plugins
siehe PLUGINS:1d/splinekernel

--relax=1
Überentspannungsfaktor vor Methode sorÜberentspannungsfaktor vor Methode sor

--maxiter=10
maximale Iterationenmaximale Iterationen

--epsilon=0.01
KürzungsbedingungKürzungsbedingung

--matter=4
Intensität, ab der reale Materie als (experimentelle) Intensität angenommen wird
welche reale Materie angenommen wird (experimentell)

PLUGINS: 1d/Splinekernel

bSpline B-Spline-Kernel-Erstellung, unterstützte Parameter sind:

d = 3; Ganzzahl in [0, 5]
Spline-Grad.

omms OMoms-spline-Kernel-Erstellung, unterstützte Parameter sind:

d = 3; Ganzzahl in [3, 3]
Spline-Grad.

PLUGINS: 3dbild/io

analysieren 7.5 Bild analysieren

Erkannte Dateierweiterungen: .HDR, .hdr

Unterstützte Elementtypen:
8 Bit ohne Vorzeichen, 16 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma,
Gleitkomma 64 Bit

Datenpool Virtuelle IO zum und vom internen Datenpool

Erkannte Dateierweiterungen: .@

Dicom Dicom-Bildserie als 3D

Erkannte Dateierweiterungen: .DCM, .dcm

Unterstützte Elementtypen:
16 Bit mit Vorzeichen, 16 Bit ohne Vorzeichen

hdf5 HDF5 3D-Bild IO

Erkannte Dateierweiterungen: .H5, .h5

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 64 Bit mit Vorzeichen, 64 Bit ohne Vorzeichen, Floating
Punkt 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

Inria INRIA-Bild

Erkannte Dateierweiterungen: .INR, .inr

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

mhd MetaIO 3D-Bild-IO unter Verwendung der VTK-Implementierung (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

nifti NIFTI-1 3D-Bild IO

Erkannte Dateierweiterungen: .NII, .nii

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, 32 Bit ohne Vorzeichen, 64 Bit mit Vorzeichen, 64 Bit ohne Vorzeichen, Gleitkomma 32
Bit, Gleitkomma 64 Bit

vff VFF Sun Rasterformat

Erkannte Dateierweiterungen: .VFF, .vff

Unterstützte Elementtypen:
unsigned 8 bit, vorzeichenbehaftet 16 bit

Aussicht 3D-Ansicht

Erkannte Dateierweiterungen: .V, .VISTA, .v, .vista

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

vti 3D-Bild VTK-XML Ein- und Ausgabe (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .VTI, .vti

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

vtk 3D VTK Bild Legacy Ein- und Ausgabe (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

PLUGINS: 3dtransformieren/io

bbs Binäre (nicht tragbare) serialisierte E/A von 3D-Transformationen

Erkannte Dateierweiterungen: .bbs

Datenpool Virtuelle IO zum und vom internen Datenpool

Erkannte Dateierweiterungen: .@

Aussicht Vista-Speicherung von 3D-Transformationen

Erkannte Dateierweiterungen: .v, .v3dt

xml XML-serialisierte E/A von 3D-Transformationen

Erkannte Dateierweiterungen: .x3dt

BEISPIEL

Registrieren Sie Bild test.v in Bild ref.v und schreiben Sie das Verformungsvektorfeld regfield.v.
Beginnen Sie mit der Registrierung bei der kleinsten Größe über 16 Pixel.

mia-3dfluid -i test.v -r ref.v -o regfield.v -s 16

AUTOR(n)

Gert Wollny

COPYRIGHT

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Option '--Urheberrecht'.

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