mia-3dmotioncompica-nonrigid – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mia-3dmotioncompica-nonrigid – Nichtlineare Registrierung einer Reihe von 3D-Bildern.

ZUSAMMENFASSUNG

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i -o [Optionen]

BESCHREIBUNG

mia-3dmotioncompica-nonrigid Dieses Programm implementiert eine 3D-Version der Bewegung
Kompensationsalgorithmus beschrieben in Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
„Automatische Bewegungskompensation der freien Atmung erfasste Myokardperfusionsdaten von
using Independent Component Analysis“, Medizinische Bildanalyse, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.

OPTIONAL

Datei-IO
-i --in-file=(Eingabe, erforderlich); io
Eingabebilder von fortlaufend nummerierten Dateien (nameXXXX.ext) werden unterstützt
Dateitypen siehe PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(Ausgabe, erforderlich); io
Ausgabebildname (als C-Format-String einschließlich %04d zur Definition).
die Dateinummerierung) Für unterstützte Dateitypen siehe PLUGINS:3dimage/io

--save-refs=
Referenzbilder speichern, die angegebene Zeichenfolge wird als Dateinamenbasis verwendet
Das Zahlenmuster folgt den Eingabebildern und das Ausgabeformat ist immer
'Aussicht'

--save-regs=
Zwischenregistrierte Bilder speichern, die angegebene Zeichenfolge wird als Dateiname verwendet
Basis folgt das Zahlenmuster den Eingabebildern und das Ausgabeformat ist
immer 'Vista'

--save-coeffs=
Speichern Sie die Mischmatrix in einer Textdatei

--save-features=
Feature-Bilder als PNG speichern

Hilfe & Info
-V --verbose=Warnung
Ausführlichkeit der Ausgabe, Ausgabe von Nachrichten mit gegebenem Level und höheren Prioritäten.
Unterstützte Prioritäten beginnend auf der niedrigsten Ebene sind:
Info - Low-Level-Meldungen
Spur - Funktionsaufruf-Trace
scheitern ‐ Testfehler melden
Warnung - Warnungen
Fehler - Fehler melden
debuggen - Debug-Ausgabe
Nachricht - Normale Nachrichten
tödlich - Nur schwerwiegende Fehler melden

--Urheberrechte ©
Copyright-Informationen drucken

-h - Hilfe
diese Hilfe ausdrucken

-? --Verwendungszweck
eine kurze Hilfe ausdrucken

--Version
Versionsnummer drucken und beenden

ICA
-C --Komponenten=0
ICA-Komponenten 0 = automatische SchätzungICA-Komponenten 0 = automatisch
Schätzung

--no-normalize
keine normalisierten ICs

--kein Mittelstreifen
den Mittelwert nicht aus den Mischkurven entfernen

-k --skip=0
Bilder am Anfang der Serie überspringen, zB weil sie von anderen sind
Modalitäten Bilder am Anfang der Serie überspringen, zB weil sie
sind von anderen Modalitäten

-m --max-ica-iter=400
maximale Anzahl von Iterationen in ICAmaximale Anzahl von Iterationen in ICA

In Bearbeitung
--threads=-1
Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen. Diese Anzahl sollte niedriger sein
oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne in der Maschine. (-1:
automatische Schätzung). Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen
Anzahl sollte kleiner oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne sein
Die Maschine. (-1: automatische Schätzung).

Registrierung:
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Zur Minimierung verwendeter Optimierer

-a --start-c-rate=32
Startkoeffizientenrate in Dornen, wird geteilt durch --c-rate-divider mit
jede Passstart-Koeffizientenrate in Spines wird durch --c-rate-divider . geteilt
mit jedem Pass

--c-Ratenteiler=4
Koeffizienter Ratenteiler für jeden Durchgangkoeffizienter Ratenteiler für jeden Durchgang

-d --start-divcurl=20
Start Divcurl Gewicht, wird bei jedem Passstart durch --divcurl-divider geteilt
divcurl-Gewicht, wird bei jedem Durchgang durch --divcurl-divider geteilt

--divcurl-divider=4
divcurl-Gewichtsskalierung mit jedem neuen Passdivcurl-Gewichtsskalierung mit jedem
neuer Ausweis

-w --imagecost=image:weight=1,cost=ssd,
Bildkosten

-l --mg-level=3
Stufen mit mehreren Auflösungen Stufen mit mehreren Auflösungen

-P --durchgänge=3
RegistrierungskartenRegistrierungskarten

PLUGINS: 3dbild/io

analysieren 7.5 Bild analysieren

Erkannte Dateierweiterungen: .HDR, .hdr

Unterstützte Elementtypen:
8 Bit ohne Vorzeichen, 16 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma,
Gleitkomma 64 Bit

Datenpool Virtuelle IO zum und vom internen Datenpool

Erkannte Dateierweiterungen: .@

Dicom Dicom-Bildserie als 3D

Erkannte Dateierweiterungen: .DCM, .dcm

Unterstützte Elementtypen:
16 Bit mit Vorzeichen, 16 Bit ohne Vorzeichen

hdf5 HDF5 3D-Bild IO

Erkannte Dateierweiterungen: .H5, .h5

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 64 Bit mit Vorzeichen, 64 Bit ohne Vorzeichen, Floating
Punkt 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

Inria INRIA-Bild

Erkannte Dateierweiterungen: .INR, .inr

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

mhd MetaIO 3D-Bild-IO unter Verwendung der VTK-Implementierung (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

nifti NIFTI-1 3D-Bild IO

Erkannte Dateierweiterungen: .NII, .nii

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, 32 Bit ohne Vorzeichen, 64 Bit mit Vorzeichen, 64 Bit ohne Vorzeichen, Gleitkomma 32
Bit, Gleitkomma 64 Bit

vff VFF Sun Rasterformat

Erkannte Dateierweiterungen: .VFF, .vff

Unterstützte Elementtypen:
unsigned 8 bit, vorzeichenbehaftet 16 bit

Aussicht 3D-Ansicht

Erkannte Dateierweiterungen: .V, .VISTA, .v, .vista

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

vti 3D-Bild VTK-XML Ein- und Ausgabe (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .VTI, .vti

Unterstützte Elementtypen:
Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 32
Bit, ohne Vorzeichen 32 Bit, Gleitkomma 32 Bit, Gleitkomma 64 Bit

vtk 3D VTK Bild Legacy Ein- und Ausgabe (experimentell).

Erkannte Dateierweiterungen: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

BEISPIEL

Registrieren Sie die in den Bildern imagesXXXX.v angegebenen Perfusionsserien mithilfe von ICA der 4. Klasse
Einschätzung. Überspringen Sie am Anfang zwei Bilder, verwenden Sie höchstens 4 Registrierungsthreads, einen nlopt
basierte Optimierer und verwenden ansonsten die Standardparameter. Speichern Sie das Ergebnis in
registriertXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o registriert%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

AUTOR(n)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Diese Software ist urheberrechtlich geschützt (c) 1999-2015 Leipzig, Deutschland und Madrid, Spanien. Es kommt
mit ABSOLUT KEINE GEWÄHRLEISTUNG und Sie dürfen es unter den Bedingungen der GNU . weitergeben
ALLGEMEINE ÖFFENTLICHE LIZENZ Version 3 (oder höher). Für weitere Informationen starten Sie das Programm mit dem
Option '--Urheberrecht'.

Verwenden Sie mia-3dmotioncompica-nonrigid online über die Dienste von onworks.net