mincresample – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mincresample – resampelt eine Minc-Datei entlang neuer räumlicher Dimensionen

ZUSAMMENFASSUNG

mincresample [ ]

BESCHREIBUNG

Mincresample wird eine Minc-Datei entlang neuer räumlicher Dimensionen mit neuem Voxel neu abtasten
Positionen. Jedes Volumen in der Eingabedatei (gegeben durch die räumlichen Abmessungen xspace, yspace
und zspace) wird entsprechend den Befehlszeilenoptionen neu abgetastet. Nichträumliche Dimensionen sind
in ihrer ursprünglichen Reihenfolge erhalten, aber die räumlichen Dimensionen können neu angeordnet werden, um sie zu ergeben
transversale, sagittale oder koronale Bilder. Die neuen Voxelwerte werden mithilfe von Tri berechnet.
lineare, trikubische oder Nächste-Nachbarn-Interpolation.

WELT KOORDINATEN

Weltkoordinaten beziehen sich auf Millimeterkoordinaten relativ zu einem physischen Ursprung
(entweder der Scanner oder eine anatomische Struktur). Voxelkoordinaten sind einfach die
Indizes in das Bildvolumen eines bestimmten Voxels. Um angemessen zu spezifizieren
Für die Resampling-Optionen ist es notwendig zu verstehen, wie MINC-Koordinatenkonvertierungen funktionieren.

Jede Dimension eines MINC-Bildvolumens wird namentlich angegeben – die räumlichen Dimensionen sind es
xspace, yspace und zspace. Die Konvention besagt, dass positive xspace-Koordinaten vom ausgehen
Von der linken Seite des Patienten zur rechten Seite, positive y-Raumkoordinaten verlaufen vom hinteren Teil des Patienten
nach vorne und positive Z-Raumkoordinaten verlaufen von unten nach oben. Für jeden von
In diesen räumlichen Dimensionen wird die Weltkoordinatenkonvertierung durch ein Paar angegeben
Attribute: Schritt und Start. Die xspace-Weltkoordinate wird beispielsweise mit x berechnet
= v*step + start, wobei x die x-Weltkoordinate und v die Voxelanzahl ist (beginnend bei
null). Somit gibt die Größe des Schrittattributs den Abstand zwischen Voxeln und an
Das Vorzeichen des Schrittattributs gibt die Ausrichtung der Achse an.

Es gibt noch eine weitere Wendung: MINC-Dateien dürfen nicht orthogonale Achsen mit dem haben
Abmessungen sind nicht perfekt auf die benannte Achse ausgerichtet. Es kann einen Richtungskosinus geben
Attribut, das die wahre Ausrichtung der Achse angibt. Zum Beispiel normalerweise der xspace
Die Dimension sollte mit der x-Achse der Welt übereinstimmen, d. h. Richtungskosinus = (1,0,0); Jedoch,
Es ist möglich, einen Richtungskosinus von (0.9, 0.43589, 0) zu haben.

Diese Attribute (Schritt, Start und Richtungskosinus) ermöglichen eine Konvertierung von Voxel
Koordinaten zu Weltkoordinaten. Kombiniert mit einer Reihe von Elementen oder Samples entlang einer
Auf der Achse liefern sie eine vollständige Beschreibung, wo die Ausgabeabtastung erfolgen sollte.
Wenn wir Daten erneut abtasten, sind wir jedoch häufig an einer Veränderung der Welt interessiert
Koordinaten: vom Koordinatensystem eines MRT-Scanners zum Koordinatensystem eines PET-Scanners,
zum Beispiel, oder von einem Volumen in seinem Erfassungsraum zu Koordinaten in einem standardisierten
Raum. Diese Änderung der Weltkoordinaten kann durch die Verwendung von a angegeben werden
Transformationsdatei (.xfm). Daher umfasst das Resampling im Allgemeinen drei
Transformationen: von den Voxelkoordinaten der Eingabedatei zu ihren Weltkoordinaten
(angegeben durch die Eingabedatei), von den Eingabeweltkoordinaten bis zur Ausgabewelt
Koordinaten (angegeben durch die Transformationsdatei) und aus der Welt der Ausgabedatei
Koordinaten zu seinen Voxelkoordinaten (angegeben durch Befehlszeilenoptionen).

Im Allgemeinen werden Richtungskosinusse selten verwendet – die Neuorientierung der Achse wird durch a angegeben
Änderung der Weltkoordinaten (der Transformationsdatei). Auch Resampling-Positionen
(Konvertierung von Ausgabewelt in Voxel) werden häufig relativ zu einer Modelldatei (z. B.
Diese Datei erneut abtasten, sodass sie wie diese Datei aussieht). Obwohl es viele Optionen für a gibt
Um eine vollständige Spezifikation der Transformation zu erhalten, muss man in der Regel nicht mehr spezifizieren
als einige von ihnen.

OPTIONAL

Beachten Sie, dass Optionen in abgekürzter Form angegeben werden können (sofern sie eindeutig sind) und
kann überall auf der Kommandozeile angegeben werden.

Allgemeines Optionen

-2 Erstellen Sie Ausgabedateien im MINC 2.0-Format.

-Klamotten
Überschreiben Sie eine vorhandene Datei.

-noklobber
Überschreiben Sie keine vorhandene Datei (Standard).

-verbose
Fortschrittsinformationen für jedes berechnete Segment ausdrucken (Standard).

-ruhig Drucken Sie keine Fortschrittsinformationen aus.

Resampling Spezifikation

Optionen, die das Ausgabe-Sampling liefern (alle der folgenden außer -Transformation) sind
werden in der Reihenfolge analysiert, in der sie in der Befehlszeile erscheinen. Also ein Befehl mit -Ähnlich
Datei.mnc -znelements 34 -zstep 2 wird eine solche Stichprobe in der Datei geben Datei.mnc aber
mit 34 Proben im Abstand von 2 mm entlang der zspace Achse. Die Standardstichprobe wird aus dem entnommen
Eingabedatei, entsprechend einer beliebigen Transformation transformiert.

-Transformation Datei.xfm
Geben Sie eine Datei an, die die Weltkoordinatentransformation angibt (Standard ist die Identität).
Transformation).

-invert_transformation
Kehren Sie die Transformation um, bevor Sie sie verwenden.

-noinvert_transformation
Die Transformation nicht invertieren (Standard).

-tfm_input_sampling
Transformieren Sie die Eingabeabtastung (unter Verwendung der von angegebenen Transformation). -Transformation)
zusammen mit den Daten und verwenden Sie diese als Standardstichprobe (Standard).

-use_input_sampling
Verwenden Sie die Eingabestichprobe unverändert als Standardstichprobe, auch ohne Transformation
obwohl die Daten transformiert werden (altes Verhalten).

-Ähnlich Datei.mnc
Geben Sie eine Modelldatei an, die die Ausgabewelt in Voxeltransformation und -zahl umwandelt
von Elementen (d. h. diese Datei so umwandeln, dass sie wie diese aussieht).

-standard_sampling
Stellen Sie die Abtastung auf Standardwerte ein (Start = 0, Schritt = 1, Richtung Kosinuspunkt).
entlang geeigneter Achsen).

-Raumtyp Schnur
Legen Sie den Namen des Ausgabebereichs fest (normalerweise einheimisch____ or talairach_).

-talairach
Legen Sie den Namen des Ausgaberaums auf talairach_ fest.

-Einheiten Schnur
Legen Sie die Einheiten des Ausgaberaums fest.

-Ursprung ox oy oz
Geben Sie die Koordinate des ersten Voxels an. Dies ist nicht dasselbe wie der Startwert
wenn die Richtungskosinuswerte nicht dem Standard entsprechen. Außerdem ist der Anfang nicht nur ein
senkrechte Projektion des Ursprungs auf die Achse, es handelt sich um eine Parallelprojektion
(wie in einer mehrdimensionalen Parallelogrammprojektion). Die Konvertierung wird durchgeführt
richtig durch diese Option.

-nelemente nx ny nz
Anzahl der Elemente entlang jeder Weltdimension.

-xnelements nx
Anzahl der Elemente entlang der xspace-Dimension.

-ynelemente ny
Anzahl der Elemente entlang der Y-Raum-Dimension.

-znelements nz
Anzahl der Elemente entlang der Zspace-Dimension.

-Schritt xstep ystep zstep
Wechseln Sie zwischen Voxeln entlang jeder Weltdimension.

-xstep xstep
Wechseln Sie zwischen Voxeln entlang der xspace-Dimension.

-ystep ystep
Wechseln Sie zwischen Voxeln entlang der Y-Raum-Dimension.

-zstep zstep
Wechseln Sie zwischen Voxeln entlang der Zspace-Dimension.

-Start xstart ystart zstart
Position des Zentrums des ersten Voxels entlang jeder Weltdimension.

-xstart xstart
Position der Mitte des ersten Voxels entlang der xspace-Dimension.

-ystart ystart
Position der Mitte des ersten Voxels entlang der Y-Raum-Dimension.

-zstart zstart
Position der Mitte des ersten Voxels entlang der Zspace-Dimension.

-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Richtungskosinus für jede der Weltachsen.

-xdircos x1 x2 x3
Richtungskosinus für die xspace-Dimension.

-ydircos y1 y2 y3
Richtungskosinus für die Y-Raum-Dimension.

-zdircos z1 z2 z3
Richtungskosinus für die Zspace-Dimension.

Abmessungen Bestellung

Standardmäßig wird die ursprüngliche Bemaßungsreihenfolge beibehalten.

-quer
Schreiben Sie Querschnitte auf.

-sagittal
Schreiben Sie sagittale Schnitte auf.

-koronal
Koronale Schnitte ausschreiben.

Output technische Daten tippe und Angebot

Standardmäßig werden für Typ, Vorzeichen und gültigen Bereich diejenigen der Eingabedatei verwendet. Wenn Typ ist
angegeben, dann werden sowohl das Vorzeichen als auch der gültige Bereich auf den Standardwert für diesen Typ gesetzt. Wenn Zeichen ist
angegeben, dann wird der gültige Bereich auf den Standardwert für Typ und Vorzeichen gesetzt.

-Byte Ausgabevoxel im 8-Bit-Integer-Format speichern.

-kurzes Ausgabevoxel im 16-Bit-Integer-Format speichern.

-int Ausgabevoxel im 32-Bit-Integer-Format speichern.

-langes Ersetzt durch -int.

-schweben Speichern Sie Ausgabevoxel im 32-Bit-Gleitkommaformat.

-doppelt
Speichern Sie Ausgabevoxel im 64-Bit-Gleitkommaformat.

-unterzeichnet
Werte als vorzeichenbehaftete Ganzzahlen ausgeben (Standard für short und long). Ignoriert für
Gleitkomma-Typen.

-ohne Vorzeichen
Werte als vorzeichenlose Ganzzahlen ausgeben (Standardwert für Byte). Ignoriert für schwebend
Punkttypen bzw.

-Angebot Min. max
Gibt den gültigen Bereich der Ausgabevoxelwerte an. Standardmäßig ist der gesamte Bereich für die
tippen und unterschreiben. Diese Option wird für Gleitkommawerte ignoriert.

-keep_real_range
Behalten Sie das tatsächliche Minimum und Maximum des Eingabevolumens bei, sodass die Werte vorliegen
wird bei der Ausgabe auf die gleiche Weise skaliert. Dies ist besonders nützlich für das Resampling von Etiketten
Volumina, bei denen die Interpolation von Intensitätswerten keinen Sinn ergibt.

-nokeep_real_range
Berechnen Sie das tatsächliche Minimum und Maximum für jedes Ausgabesegment neu. Dies ist die Standardeinstellung.

Handling of undefiniert (ungültig) Voxel Werte

-füllen Ausgabevoxel, die außerhalb des Eingabevolumens liegen, haben undefinierte Werte. Wenn das
-füllen Wird die Option verwendet, erhalten diese Voxel einen Wert, der außerhalb des gültigen Werts liegt
Bereich (kleiner als das gültige Minimum, sofern Typ, Vorzeichen und gültiger Bereich dies zulassen).
dass sie von anderer Software erkannt werden können. Die Werte dieser Voxel sind es nicht
inbegriffen in Bild-max und Bild-min Variablen.

-nofill
Verwenden Sie für Punkte außerhalb der Eingabe einen realen/physikalischen Wert (keinen Voxelwert) von Null
Volumen. Diese Punkte fließen in die Berechnung ein Bild-max und Bild-min
Variablen. Dies ist die Standardeinstellung.

-Füllwert Füllwert
Gibt einen realen/physikalischen Wert (kein Voxelwert) für Punkte außerhalb der Eingabe an
Volumen. Die Punkte fließen nicht in die Berechnung ein Bild-max und Bild-
Min. Variablen.

Interpolation Optionen

-trilinear
Führen Sie eine trilineare Interpolation zwischen Voxeln durch. Die Ränder des Volumens liegen an der
Mittelpunkt des ersten und letzten Voxels einer Dimension. Dies ist die Standardeinstellung.

-trikubisch
Führen Sie eine dreikubische Interpolation zwischen Voxeln durch. Die Ränder des Volumens liegen an der
Mittelpunkt des ersten und letzten Voxels einer Dimension.

-nächster_Nachbar
Führen Sie eine Interpolation des nächsten Nachbarn zwischen Voxeln durch (d. h. finden Sie das Voxel, das am nächsten liegt).
den Punkt und nutzen Sie seinen Wert). Die Ränder des Volumens liegen am Rand des ersten
und letzte Voxel einer Dimension (Mitte +/- halber Voxelabstand).

-sinc Führen Sie eine renormierte Windowed-Sinc-Interpolation zwischen Voxeln durch, wie von Thacker beschrieben
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

-Breite n
Gibt die Halbwertsbreite des Sinc-Interpolationskernels im Bereich von 1 bis an
10. Die volle Sinc-Kernelbreite beträgt n * 2 + 1 und variiert daher von 3 bis 21.
Der Standardwert ist 5, was einer Gesamtbreite von 11 entspricht.

-hanning
Verwenden Sie ein Hanning-Fenster mit dem Sinc-Interpolanten. Dies ist die Standardeinstellung.

-Hammen
Verwenden Sie ein Hamming-Fenster mit dem Sinc-Interpolanten.

Generisch Optionen

-Hilfe Zusammenfassung der Befehlszeilenoptionen drucken und beenden.

-Ausführung
Geben Sie die Versionsnummer des Programms aus und beenden Sie das Programm.

Beispiele:

Führen Sie eine Neubeprobung des Gehirns einer Person in einem standardisierten Raum auf einem Standard-Stichprobenraster durch:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-wie standard_sampling.mnc

Führen Sie eine Neuabtastung eines MRT-Volumens durch, um es mit einem PET-Volumen abzugleichen, jedoch mit einer feineren Auflösung:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-step 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-nelemente 256 256 64

Verwandeln Sie ein transversales Volumen in ein sagittales Volumen:

mincresample transversal.mnc sagittal.mnc \
-sagittal -am nächsten

Verwandeln Sie ein Transversalvolumen von 256 x 256 x 64 (1 x 1 x 2 mm) in ein Sagittalvolumen von 256 x 128 x 256 (1 x 1 x 1 mm):

mincresample transversal.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zstep 1 -znelem 128

Erhalten Sie eine feinere axiale Probenahme auf einem PET-Volumen:

Mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

Verwenden Sie mincresample online über die Dienste von onworks.net