NCLconverter – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

NCLconverter – Inhaltsbericht der NEXUS-Datei

BESCHREIBUNG

NCLconverter liest eine Datei und schreibt einen Bericht über den Inhalt in ein Dateipräfix
(angegeben mit der -o Flag) im gewählten Ausgabeformat (angegeben mit der -e Flagge).

Die vor allem warme verbreitet Verwendung is einfach:
NCL-Konverter

OPTIONAL

-h auf der Befehlszeile zeigt diese Hilfemeldung an

-q NCL-Statusmeldungen beim Lesen von Dateien unterdrücken

-lliest eine Datei und behandelt jede Zeile der Datei als Pfad zur NEXUS-Datei

-a Ausgabe AltNexus (keine Übersetzungstabelle in Bäumen)

-x interne Labels in Bäumen NICHT als Taxa-Labels validieren

-X Behandeln Sie Zahlen in Bäumen NICHT als Taxon-Zahlen, sondern behandeln Sie sie als willkürlich

Etiketten (sollten nicht mit NEXUS-Dateien verwendet werden).

-ssteuert die NEXUS-Strengestufe.

die Standardstufe ist äquivalent zu -s2 Aufruf des Programms mit -s3 oder ein höheres
Zahl wandelt einige Warnungen in schwerwiegende Fehler um. Laufen mit -s1 wird verursachen
der Parser, um gefährliche Konstrukte zu akzeptieren, und läuft mit -s0 wird das dazu führen,
Parser jeden Versuch unternehmen, das Parsen der Datei abzuschließen (Warnung vor sehr ernsten
Fehler).

Beachten Sie das wann -s0 Strenge-Ebene verwendet wird und der Parser nicht beendet wird, es
wird oft das Ergebnis eines früheren Fehlers sein als der Fehler, der in der
letzte Nachricht.

-igibt die Länge der zu erstellenden verschachtelten Seiten an

-fgibt das erwartete Eingabedateiformat an:

-fnexus
NEXUS (dies ist auch die Standardeinstellung)

-faafasta
Aminosäuredaten in Fasta

-fdnafasta
DNA-Daten in Fasta

-frnafasta
RNA-Daten in Fasta

Die vollständige Liste der Formatnamen, die dem folgen können -f Flagge ist:

nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipinterleaved rnaphylipinterleaved aaphylipinterleaved
diskretephylipinterleaved dnarelaxedphylip rnarelaxedphylip aarelaxedphylip
diskreterelaxedphylip dnarelaxedphylipinterleaved rnarelaxedphylipinterleaved
aarelaxedphylipinterleaved diskreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
Phyliptree entspanntPhyliptree nexml dnafin aafin rnafin

-eGibt das erwartete Ausgabedateiformat an:

-enexus
„normalisierte“ NEXUS-Ausgabe

-efasta
Zeichendaten in Fasta (könnte zu mehreren Ausgabedateien führen)

-ephylip
Bäume und Zeichendaten in Phylip (könnte zu mehreren Ausgabedateien führen)

-errelaxedphylip
Bäume und Zeichendaten in entspanntem Phylip (könnte zu mehreren Ausgabedateien führen)

-enexml
nexml-Ausgabe (dies ist auch die Standardeinstellung)

-oGibt das Ausgabepräfix an.
Ein entsprechendes Suffix und eine entsprechende Erweiterung werden hinzugefügt

-dGibt das einzelne Ausgabeziel an. Oder Sie können verwenden -d- um das anzuzeigen

Die Ausgabe sollte an die Standardausgabe weitergeleitet werden. Die Verwendung dieser Option kann zu einer Warnung führen
in einer ungültigen Ausgabe aufgrund der Verkettung separater „Informationsblöcke“.
eine einzige Datei!

-u Konvertiert Unterstriche in Leerzeichen in anderen Formaten als NEXUS.

-yin „sichere“ Taxonnamen übersetzen und die neuen Namen als NEXUS speichern.

Datei aufgerufen mit einem TaxaAssociation-Block. Der erste Taxa-Block in der
Der Assoziationsblock enthält die ursprünglichen Namen und der zweite den „sicheren“
Namen

-Ybenimmt sich wie -y, außer mit -Y Es wird sogar eine Übersetzungsdatei erstellt
wenn die ursprünglichen Namen bereits „sicher“ wären

-zVerwenden Sie die NEXUS-formatierte Datei namens mit einem TaxaAssociation-Block

um die ursprünglichen Namen wiederherzustellen.
Geht davon aus, dass es sich um den ersten Taxa-Block in der TaxaAssociation handelt

Block enthält den ursprünglichen Namen und der zweite ist der aktuelle Name. Diese Funktion ist
nützlich, um die Auswirkungen des zu „rückgängig zu machen“. -y .

-j Unterdrücken Sie die Erstellung einer NameTranslationFile

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