Dies ist der Befehl ntdpal, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
ntdpal – Stellt die Ausrichtungsfunktionalität von Primer3 bereit
ZUSAMMENFASSUNG
ntdpal [-G gval] [-l lval] [-M mval] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {seq1} {seq2} {Modus}
BESCHREIBUNG
Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming Alignment) ist ein eigenständiges Programm, das Folgendes bietet
Die Ausrichtungsfunktionalität von Primer3 (lokal, auch bekannt als Smith-Waterman, global, auch bekannt als
Needleman-Wunsch, plus „half global“).
OPTIONAL
-g gval
gval ist ein (positiver) Gleitkommawert (01 Genauigkeit), der die Strafe für die Entstehung einer Lücke angibt
bzw. (die Strafen werden von der Ausgabepunktzahl abgezogen)
-l Welle
lval ist ein (positiver) Gleitkommawert (Präzision .01), der die Strafe für die Verlängerung einer Lücke angibt
bzw. (die Strafen werden von der Ausgabepunktzahl abgezogen)
-a
Bewirkt, dass die Bewertungsmatrix durch dpal_set_ambiguity_codes geändert wird.
-e
Bewirkt, dass die Endposition der Ausrichtung in beiden Sequenzen gedruckt wird. Unterlassen Sie
mit dem „e“ verwechseln Modus.
-f1, -f2, -f3
Erzwingen Sie bestimmte Implementierungen. -f2 erzwingt die Verwendung einer Implementierung, die Folgendes bereitstellen könnte
informativere Fehlermeldungen, möglicherweise auf Kosten der Geschwindigkeit.
-h
Verwenden Sie eine andere Bewertungsmatrix: G- und C-Übereinstimmungen = 3, A und T = 2 und Nichtübereinstimmungen =
-0.5. (Die Standardbewertungsmatrix weist einer Übereinstimmung 1 und einer Nichtübereinstimmung -1 zu.)
-p
Bewirkt, dass die Ausrichtung auf stderr angezeigt wird.
-s
Ursachen einzige die zu druckende Partitur.
-m mval
ist die maximal zulässige Lücke (Standard ist 3).
seq1 und seq2
sind die Sequenzen, die ausgerichtet werden sollen.
Modus
eines von g, G, l oder L Angabe eines globalen, global endverankerten, lokalen oder lokalen Typs
endverankerte Ausrichtung bzw. Aus Gründen der Abwärtskompatibilität e entspricht G.
REFERENCE
Bitte zitieren Sie Rozen, S., Skaletsky, H. „Primer3“ im WWW für allgemeine Benutzer und für
Biologe und Programmierer.“ In S. Krawetz und S. Misener, Hrsg. Bioinformatics Methods and
Protokolle in der Reihe Methoden der Molekularbiologie. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
Seiten 365-386.
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