Dies ist der Befehl obminimize, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
obminimieren — Optimierung der Geometrie, Minimierung der Energie für ein Molekül
ZUSAMMENFASSUNG
obminimieren [OPTIONAL] Dateinamen
BESCHREIBUNG
Das Obminimize-Tool kann verwendet werden, um die Energie für Moleküle innerhalb von (Multi-)Molekülen zu minimieren
Dateien (z. B. MOL2 usw.)
OPTIONAL
Wenn kein Dateiname angegeben wird, gibt obminimize alle Optionen einschließlich der verfügbaren an
Kraftfelder.
-n Schritte
Geben Sie die maximale Anzahl von Schritten an (Standard = 2500).
-cg Algorithmus für konjugierte Gradienten verwenden (Standard)
-SD Verwenden Sie den Algorithmus für den steilsten Abstieg
-c Kriterien
Konvergenzkriterien festlegen (Standard = 1e-6)
-ff Kraftfeld
Wählen Sie das Kraftfeld aus
Beispiele:
Sehen Sie sich die möglichen Optionen an, einschließlich der verfügbaren Kraftfelder:
obminimieren
Minimieren Sie die Energie für das/die Molekül(e) in der Datei test.mol2:
obminimize test.mol2
Minimieren Sie die Energie für die Moleküle in der Datei test.mol2 mithilfe des Ghemical-Kraftfelds:
obminimize -ff Ghemical test.mol2
Minimieren Sie die Energie für die Moleküle in der Datei test.mol2, indem Sie höchstens 300 Geometrien verwenden
Optimierungsschritte
obminimize -n 300 test.mol2
Minimieren Sie die Energie für die Moleküle in der Datei test.mol2 mithilfe des steilsten Abstiegs
Algorithmus und Konvergenzkriterien 1e-5:
obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2
Nutzen Sie obminimize online über die Dienste von onworks.net
