Dies ist der Befehl pacoxph, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
pacoxph - Führen Sie eine genomweite Assoziationsanalyse mit dem Proportional-Hazards-Modell von Cox durch
ZUSAMMENFASSUNG
Pacoxph [ Befehlszeilen Optionen ]
BESCHREIBUNG
Pacoxph führt auf effiziente Weise eine lineare Regression für große imputierte Datensätze durch.
Optionen
Erforderlich Befehl Linie Optionen
-P, --pheno FILE
Phänotypdaten auslesen von FILE
-ich, --die Info FILE
Lesen Sie SNP-Informationen von FILE (zB MLINFO-Datei).
-D, --Dosis FILE
Dateiname des SNP-Prädiktors (zB MLDOSE/MLPROB).
Optional Befehl Linie Optionen
-M, --Karte FILE
Name der Map-Datei, die Basenpaarpositionen für jeden SNP enthält.
-nicht, --Nids NUMBER
Anzahl der zu analysierenden Personen.
-C, --chrom FILE
Chromosom (zur Ausgabe zu übergeben).
-Ö, --aus FILE
Name der Ausgabedatei (Standard ist regression.out.txt ).
-S, --skipd NUMBER
Wie viele Spalten in der Prädiktordatei (Dosis/Prob) übersprungen werden sollen (Standardwert ist 2).
-T, --ntraits NUMBER
Wie viele Merkmale analysiert werden (Standardwert ist 2).
-G, --ngpreds NUMBER
Wie viele Prädiktorspalten pro Marker (Standard 1 = MLDOSE; sonst 2 für MLPROB verwenden).
-a, - trennen FILE
Zeichen zum Trennen von Feldern (Standard ist Leerzeichen).
-R, --Spielstand
Verwenden Sie den Ergebnistest.
-e, --kein Kopf
Keine Kopfzeile in der Ausgabe melden.
-l --allcov
Geben Sie Schätzungen für alle Kovariaten an (große Ausgaben!).
-B, --Interaktion
Welche Kovariate soll für die Interaktion mit der SNP-Analyse verwendet werden (Standard ist no
Interaktion, 0).
-k, --interaction_only
Like --Interaktion aber ohne Kovariate, die in Wechselwirkung mit SNP agiert (Standard ist
keine Interaktion, 0).
--help Hilfe ausdrucken.
Verwenden Sie pacoxph online mit den onworks.net-Diensten
