Dies ist der Befehl „pair_align“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
pair_align – Paarweise Ausrichtung
ZUSAMMENFASSUNG
pair_align [OPTIONEN] -s IN.fa
BESCHREIBUNG
Das Programm ermöglicht die Ausrichtung zweier Sequenzen mithilfe der dynamischen Programmierausrichtung
Algorithmen und optimieren gleichzeitig verschiedene Parameter.
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Hauptoptionen:
-s, --seq IN.fa
FASTA-Datei mit zwei Sequenzen. Gültige Dateitypen sind: fasta und fa.
-a, --Alphabet ALPHABET
Sequenzalphabet. Eines aus Protein, DNA, RNA und Text. Standard: Protein.
-m, --Methode METHODE
DP-Ausrichtungsmethode: Needleman-Wunsch, Gotoh, Smith-Waterman, Longest Common
Folge Eins von nw, gotoh, sw und lcs. Standard: gotoh.
-o, --outfile OUT
Name der Ausgabedatei. Gültige Dateitypen sind: fa, fasta und msf. Standard: out.fasta.
Bewertungsoptionen:
-g, --gop INT
Lückenöffnungsstrafe. Standard: -11.
-e, --gex INT
Strafe für Lückenverlängerung. Standard: -1.
-meine, --Matrix MATRIX_DATEI
Punktematrix.
-Frau, --msc INT
Spielstand. Standard: 5.
-mm, --mmsc INT
Fehlanpassungsstrafe. Standard: -4.
Optionen für die gebänderte Ausrichtung:
es, --niedrig INT
Untere Diagonale.
-Hallo, --hoch INT
Obere Diagonale.
DP-Matrix-Konfigurationsoptionen:
-c, --config CONF
Ausrichtungskonfiguration. Einer von ffff, ffft, fftf, fftt, ftff, ftft, fttf, fttt,
tfff, tfft, tftf, tftt, ttff, ttft, tttf und tttt.
AUSRICHTUNGSKONFIGURATION
Die Ausrichtungskonfiguration ist eine Zeichenfolge aus vier Zeichen, die jeweils entweder t oder sind
F. Alle Kombinationen sind erlaubt. Die Bedeutung ist wie folgt.
tfff Erste Zeile mit Nullen initialisiert.
ftff Erste Spalte mit Nullen initialisiert.
fftf Letzte Spalte nach Maximum durchsuchen.
ffft Letzte Zeile nach Maximum durchsuchen.
VERSION
pair_align-Version: 1.1 Letzte Aktualisierung November 2012
Verwenden Sie pair_align online über die Dienste von onworks.net
