Dies ist der Befehl pdb2pqr, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
pdb2pqr – Generieren Sie PQR-Dateien zur Verwendung in elektrostatischen Berechnungen
ZUSAMMENFASSUNG
pdb2pqr [--nodebump] [--noopt] [--Kette] [--assign-only] [--sauber] [--ffout=Name]
[--with-ph=ph] [--apbs-input] [--ligand=Weg] [[- ausführlich] | [-v]] --ff=Kraftfeld
Weg Ausgabepfad
pdb2pqr {--help | -h}
BESCHREIBUNG
pdb2pqr automatisiert viele der üblichen Aufgaben zur Vorbereitung von Strukturen für Kontinuum
elektrostatische Berechnungen, Bereitstellung eines Dienstprogramms zum Konvertieren von Proteindateien in PDB
Format (Weg) in das PQR-Format (Ausgabepfad). Zu diesen Aufgaben gehören:
· Hinzufügen einer begrenzten Anzahl fehlender schwerer Atome zu biomolekularen Strukturen
· Bestimmung des Seitenketten-pKas
· Fehlende Wasserstoffatome einfügen
· Optimierung des Proteins für günstige Wasserstoffbrückenbindungen
· Zuweisung von Ladungs- und Radiusparametern aus verschiedenen Kraftfeldern
OPTIONAL
pdb2pqr akzeptiert die folgenden Optionen:
--ff=Kraftfeld
Die Kraftfeld benutzen. Aktuelle Werte sind Bernstein, Charme, parsen und tyl06.
--help, -h
Drucken Sie eine Hilfenachricht und beenden Sie das Programm.
--nodebump
Führen Sie keinen Debumping-Vorgang durch.
--noopt
Führen Sie keine Wasserstoffoptimierung durch.
--Kette
Behalten Sie die Ketten-ID in der Ausgabe-PQR-Datei bei.
--assign-only
Weist nur Ladungen zu, um Atome hinzuzufügen, Bumps zu entfernen oder zu optimieren.
--sauber
Führen Sie keine Optimierung, Atomaddition oder Parameterzuweisung durch, sondern geben Sie einfach das Original zurück
PDB-Datei im Alligned-Format.
--ffout=Name
Anstatt das standardmäßige kanonische Benennungsschema für Rest- und Atomnamen zu verwenden, verwenden Sie
die Namen aus dem angegebenen Kraftfeld.
--with-ph=ph
Nutzen Sie propka um pKas zu berechnen und sie auf das Molekül bei gegebenem pH-Wert anzuwenden. Tatsächlich
PropKa-Ergebnisse werden an ausgegeben Ausgabepfad.propka.
--apbs-input
Erstellen Sie eine APBS-Eingabedatei basierend auf der generierten PQR-Datei. Erstellen Sie auch eine Python-Gurke
zur Verwendung dieser Parameter in anderen Programmen.
--ligand=Weg
Berechnen Sie die Parameter für den Liganden im MOL2-Format zum angegebenen Zeitpunkt Weg. Pdb2pka muss
zusammengestellt werden.
- ausführlich, -v
Drucken Sie zusätzliche Informationen auf den Bildschirm.
ERWEITERUNGEN
Erweiterungen erweitern PDB2PQR um Funktionalität und werden durch Übergabe eines Parameters an aufgerufen pdb2pqr.
Sie legen ihre Ergebnisse in Dateien ab, die sich in befinden Ausgabepfad.
Die folgenden Erweiterungen können von verwendet werden pdb2pqr:
--phi
Drucken Sie den Backbone-Phi-Winkel pro Rest aus Ausgabepfad.phi.
--psi
Drucken Sie den Psi-Winkel des Rückgrats pro Rest aus Ausgabepfad.phi.
--hbond
Drucken Sie eine Liste der Wasserstoffbrücken aus Ausgabepfad.hbond.
--chi
Drucken Sie den Backbone-Chi-Winkel pro Rest aus Ausgabepfad.chi.
--Kontakt
Drucken Sie eine Liste der Kontakte aus Ausgabepfad.kon.
--hbondwhatif
Drucken Sie eine Liste der Wasserstoffbrückenbindungen aus Ausgabepfad.hbo.
--Salz
Drucken Sie eine Liste der Salzbrücken aus Ausgabepfad.Salz.
--rama
Drucken Sie die Phi- und Psi-Winkel pro Rest aus Outpath-Pfad.rama.
ZITIEREN PDB2PQR
Bitte bestätigen Sie Ihre Verwendung von pdb2pqr unter Berufung auf:
Dolinsky TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: eine automatisierte Pipeline für
Aufbau, Durchführung und Analyse von Poisson-Boltzmann-Elektrostatik-Berechnungen. Nuklear
Acids Research, 32, W665-W667 (2004).
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