plastimatch – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Plastimatch – Bilder registrieren, konvertieren, verzerren oder manipulieren

ZUSAMMENFASSUNG

Plastimatch Befehl [Optionen]

BESCHREIBUNG

Die ausführbare Plastimatch-Datei wird für eine Vielzahl von Vorgängen an 2D- oder 3D-Bildern verwendet.
einschließlich Bildregistrierung, Warping, Resampling und Dateiformatkonvertierung. Die Form
Die Auswahl der Optionen hängt vom gegebenen Befehl ab. Die Liste der möglichen Befehle ist zu sehen
indem Sie einfach „plastimatch“ ohne zusätzliche Befehlszeilenargumente eingeben:

$ Plastimatch
Plastimatch-Version 1.6.0-Beta (5023)
Verwendung: Plastimatch-Befehl [Optionen]
Befehle:
Hinzufügen, durchschnittliche Grenzernte anpassen
vergleichen, komponieren, konvertieren, Würfel, diff
dmap dvh Füllfilter Gamma
Header Jacobian Mabs Mask Probe
Registrieren Sie die Segmentstatistiken der Resample-Skala
Synth Synth-VF Schwellenwert-Miniaturansicht-Vereinigung
Warp XF-Konvertierung

Für eine detaillierte Verwendung eines bestimmten Befehls geben Sie Folgendes ein:
Plastimatch-Befehl

PLASTIMATCH ADD

Die hinzufügen Der Befehl wird verwendet, um ein oder mehrere Bilder zusammenzufügen und ein Ausgabebild zu erstellen.
Die Beiträge der Eingabebilder können mit einem Gewichtungsvektor gewichtet werden.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch add [Optionen] Eingabedatei [Eingabedatei ...]
Option:
--average erzeugt eine Ausgabedatei, die den Durchschnitt darstellt
Eingabedateien (wenn keine Gewichtungen angegeben sind) oder
Multiplizieren Sie die Gewichte mit 1/n
--Ausgabe Ausgabebild
--Gewicht Geben Sie einen Gewichtsvektor an. die Bilder sind
multipliziert mit dem Gewicht, bevor sie addiert werden
Werte

Beispiele
Um die Dateien 01.mha, 02.mha und 03.mha zusammenzufügen und das Ergebnis in der Datei zu speichern
Output.mha können Sie den folgenden Befehl ausführen:

plastimatch add --output ausgabe.mha 01.mha 02.mha 03.mha

Wenn Sie möchten, dass „output.mha“ 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha ist, dann sollten Sie das tun
mach das:

Plastimatch hinzufügen \
--output Ausgabe.mha \
--weight "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

PLASTIMATCH EINSTELLEN

Die einstellen Der Befehl wird verwendet, um die Intensitätswerte innerhalb eines Bildes anzupassen. Die Angleichung
Verfügbare Operationen sind Trunkierung und lineare Skalierung.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Anpassung [Optionen]
Erforderlich:
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname
--Ausgabe Ausgabebild
Optional:
--pw-linear eine Zeichenfolge, die eine stückweise lineare Linie bildet
Zuordnung von Eingabewerten zu Ausgabewerten,
der Form „in1,out1,in2,out2,...“

Mit dem Adjust-Befehl kann eine stückweise lineare Anpassung des Bildes vorgenommen werden
Intensitäten. Die Option --pw-linear wird verwendet, um die Zuordnung aus Eingabeintensitäten zu erstellen
Intensitäten auszugeben. Die Eingangsintensitäten in der Kurve müssen von links nach zunehmen
direkt in der Zeichenfolge, aber die Ausgabeintensitäten sind willkürlich.

Eingabeintensitäten unterhalb des ersten Paares oder nach dem letzten Paar werden um transformiert
Extrapolieren der Kurve bis ins Unendliche mit einer Steigung von +1. Eine andere Steigung kann sein
durch Angabe der speziellen Eingabewerte von auf positiv oder negativ unendlich spezifiziert
-inf und +inf. In diesem Fall ist die zweite Zahl im Paar nicht die Steigung der Kurve
die Ausgangsintensität.

Beispiele
Der folgende Befehl fügt 100 zu allen Voxeln im Bild hinzu:

Plastimatch anpassen \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--pw-linear "0,100"

Der folgende Befehl macht das Gleiche, allerdings mit expliziter Angabe der Steigung in
der Extrapolationsbereich:

Plastimatch anpassen \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--pw-linear "-inf,1,0,100,inf,1"

Der folgende Befehl kürzt die Eingaben auf den Bereich von [-1000,+1000]:

Plastimatch anpassen \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

PLASTIMATCH DURCHSCHNITTLICH

Die durchschnittlich Der Befehl wird verwendet, um den (gewichteten) Durchschnitt mehrerer Eingabebilder zu berechnen.
Es ist das Gleiche wie das Plastimatch hinzufügen Befehl mit angegebener Option --average.
Bitte beachten Sie Plastimatch hinzufügen für die Liste der Befehlszeilenargumente.

Beispiel
Der folgende Befehl berechnet den Durchschnitt von drei Eingabebildern:

Plastimatch-Durchschnitt \
--output Ausgabedatei.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

PLASTIMATCH AUTOLABEL

Die Autolabel command ist ein experimentelles Programm, das maschinelles Lernen nutzt, um das zu identifizieren
Brustwirbel im CT-Scan.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch Autolabel [Optionen]
Option:
-h, --help Zeigt diese Hilfemeldung an
--Eingang Dateiname des Eingabebilds (erforderlich)
--Netzwerk Geben Sie den Dateinamen des trainierten Netzwerks ein (erforderlich)
--Ausgabe Name der Ausgabe-CSV-Datei (erforderlich)

PLASTIMATCH GRENZE

Die Grenze Der Befehl verwendet ein binäres Etikettenbild als Eingabe und generiert ein Bild davon
Bildgrenze als Ausgabe. Die Grenze wird durch die Voxel innerhalb des Etiketts definiert
die benachbarte Voxel außerhalb des Etiketts haben.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Grenze [Optionen] Eingabedatei
Erforderlich:
--Ausgabe Dateiname für das Ausgabebild

PLASTIMATCH ERNTE

Die Ernte Der Befehl schneidet einen rechteckigen Teil der Eingabedatei aus und speichert diesen Teil
in eine Ausgabedatei. Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Ernte [Optionen]
Erforderlich:
--input=image_in
--output=image_out
--voxels="x-min x-max y-min y-max z-min z-max" (Ganzzahlen)

Die Voxel werden beginnend bei Null indiziert. Mit anderen Worten, wenn die Größe des Bildes M beträgt
imes N imes P, die x-Werte sollten zwischen 0 und M-1 liegen.

Beispiel
Der folgende Befehl wählt den Bereich der Größe 10 imes 10 imes 10 mit dem ersten Voxel aus
dass sich das Ausgabebild an der Position (5,8,12) des Eingabebildes befindet:

Plastimatch-Ernte \
--input in.mha \
--output out.mha \
--Voxel "5 14 8 17 12 21"

PLASTIMATCH VERGLEICH

Die vergleichen Der Befehl vergleicht zwei Dateien, indem er eine Datei von der anderen subtrahiert
Berichtsstatistiken des Differenzbildes. Die beiden Eingabedateien müssen identisch sein
Geometrie (Ursprung, Abmessungen und Voxelabstand). Die Befehlszeilenverwendung wird als angegeben
folgt:

Verwendung: Plastimatch vergleichen image_in_1 image_in_2

Beispiel
Der folgende Befehl subtrahiert synth_2 von synth_1 und meldet die Statistik:

$ plastimatch vergleichen synth_1.mha synth_2.mha
MIN -558.201904 AVE 7.769664 MAX 558.680847
MAE 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 NUM 54872

Die gemeldeten Statistiken werden wie folgt interpretiert:

MIN Minimalwert des Differenzbildes
AVE Durchschnittswert des Differenzbildes
MAX Maximalwert des Differenzbildes
MAE Mittelwert des Differenzbildes
MSE Mittlere quadratische Differenz zwischen Bildern
DIF Anzahl der Pixel mit unterschiedlicher Intensität
NUM Gesamtzahl der Voxel im Differenzbild

PLASTIMATCH KOMPONIEREN

Die komponieren Der Befehl wird verwendet, um zwei Transformationen zu erstellen. Die Befehlszeilenverwendung wird als angegeben
folgt:

Verwendung: plastimatch compose file_1 file_2 outfile

Hinweis: Zuerst wird Datei_1 und dann Datei_2 angewendet.
outfile = file_2 oder file_1
x -> x + Datei_2(x + Datei_1(x))

Die Transformationen können beliebiger Art sein, einschließlich translatorischer, starrer, affiner und itk-B-Spline-Transformationen.
native B-Spline- oder Vektorfelder. Die Ausgabedatei ist immer ein Vektorfeld.

Es gibt eine weitere Einschränkung, dass mindestens eine der Eingabedateien entweder a
natives B-Spline- oder Vektorfeld. Diese Einschränkung ist erforderlich, da dies der Fall ist
Auflösung und Voxelabstand des Ausgabevektorfeldes werden gewählt.

Beispiel
Angenommen, wir möchten eine starre Transformation (rigid.tfm) mit einem Vektorfeld (vf.mha) erstellen.
so dass die Ausgabetransformation der ersten Anwendung der starren Transformation entspricht, und
das Vektorfeld Sekunde.

plastimatch compose rigid.tfm vf.mha zusammengesetzt_vf.mha

PLASTIMATCH KONVERTIEREN

Die verkaufen Der Befehl wird zum Konvertieren von Dateien von einem Format in ein anderes Format verwendet. Als Teil
Neben dem Konvertierungsprozess können auch (lineare oder verformbare) geometrische Transformationen angewendet werden
zu den Eingabebildern. Tatsächlich, verkaufen ist nur ein Alias ​​für die verziehen Befehl.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch konvertieren [Optionen]
Option:
--Algorithmus Algorithmus, der auch zum Warpen verwendet werden soll
„itk“ oder „native“, der Standardwert ist „native“.
--ctatts ct-Attributdatei (verwendet von dij warper)
--Standardwert Wert, der für Pixel mit unbekanntem Wert festgelegt werden soll
Wert, Standard ist 0
--dicom-with-uids Auf „false“ setzen, um UIDs aus der erstellten Datei zu entfernen
Dicom-Dateinamen, der Standardwert ist „true“.
--dif Dif-Datei (von Dij Warper verwendet)
--dim Größe des Ausgabebildes in Voxeln „x [yz]“
--direction-cosines
Ausrichtung der x-, y- und z-Achsen; Angeben
entweder voreingestellter Wert,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} oder 9
Ziffernmatrix-String „abcdefghi“
--dose-scale Skalieren Sie die Dosis um diesen Wert
--Fest festes Bild (Ausgabegröße entsprechend anpassen).
Bild)
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname; kann ein sein
Bild, Struktursatzdatei (cxt oder
dicom-rt), Dosisdatei (dicom-rt,
monte-carlo oder xio), Dicom-Verzeichnis oder
xio-Verzeichnis
--input-cxt Geben Sie eine CXT-Datei ein
--input-dose-ast Geben Sie ein Astroid-Dosisvolumen ein
--input-dose-img Geben Sie ein Dosisvolumen ein
--input-dose-mc Geben Sie ein Monte-Carlo-Volumen ein
--input-dose-xio Geben Sie ein xio-Dosisvolumen ein
--input-prefix Geben Sie ein Verzeichnis des Struktursatzes ein
Bilder (ein Bild pro Datei)
--input-ss-img Geben Sie eine Struktursatz-Bilddatei ein
--input-ss-list Geben Sie eine Struktursatzlistendatei ein
mit Namen und Farben
--Interpolation Interpolation zur Verwendung beim Resampling,
entweder „nn“ für nächste Nachbarn oder
„linear“ für trilinear, Standardeinstellung ist
linear
--metadata Patientenmetadaten (Sie können diese verwenden
Option mehrmals), Option geschrieben
als „XXXX,YYYY=string“
--Modalität Modalitätsmetadaten: wie {CT, MR, PT},
Der Standardwert ist CT
--Herkunft Ort des ersten Bildvoxels in mm "xy
z"
--output-colormap Erstellen Sie eine Farbkartendatei, die verwendet werden kann
mit 3D-Slicer
--output-cxt Gibt eine Struktursatzdatei im cxt-Format aus
--output-dicom Erstellen Sie ein Verzeichnis mit dicom und
dicom-rt-Dateien
--output-dij Erstellen Sie eine DIJ-Matrix-Datei
--output-dose-img Erstellen Sie ein Dosisbildvolumen
--output-img Ausgabebild; kann mha, mhd, nii sein,
nrrd oder ein anderes von ITK unterstütztes Format
--output-labelmap Erstellen Sie jeweils ein Struktursatzbild
Voxel als einzelne Struktur gekennzeichnet
--output-pointset Erstellen Sie eine Pointset-Datei, die verwendet werden kann
mit 3D-Slicer
--output-prefix Erstellen Sie ein Verzeichnis mit einem separaten Bild
für jede Struktur
--output-prefix-fcsv
Erstellen Sie ein Verzeichnis mit einem separaten FCSV
Pointset-Datei für jede Struktur
--output-ss-img Erstellen Sie ein Struktursatzbild, das
ermöglicht überlappende Strukturen
--output-ss-list Erstellen Sie eine Struktursatzlistendatei
mit Namen und Farben
--Ausgabetyp Art des Ausgabebildes, eines von {uchar,
kurz, schweben, ...}
--output-vf Erstellen Sie ein Vektorfeld aus der Eingabe xf
--output-xio Erstellen Sie ein Verzeichnis mit dem XIO-Format
Dateien
--Patienten ID Patienten-ID-Metadaten: Zeichenfolge
--Patientenname Metadaten des Patientennamens: Zeichenfolge
--patient-pos Metadaten zur Patientenposition: einer von
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--prefix-format Dateiformat gerasterter Strukturen,
entweder „mha“ oder „nrrd“
--prune-empty löscht leere Strukturen aus der Ausgabe
--referenced-ct Dicom-Verzeichnis zum Festlegen von UIDs und
Metadaten
--series-beschreibung
Metadaten zur Serienbeschreibung: Zeichenfolge
--simplify-perc löschen Prozent der Eckpunkte
aus Ausgabepolylinien
--Abstand Voxelabstand in mm „x [yz]“
--version zeigt die Programmversion an
--xf Eingabetransformation zum Verzerren von Bildern
--xor-contours überlappende Konturen sollten xoriert werden
statt or'd

Beispiele
Das erste Beispiel zeigt, wie ein DICOM-Volume in NRRD konvertiert wird. Die DICOM-Bilder
Die Dateien, aus denen das Volume besteht, müssen in einem einzigen Verzeichnis gespeichert werden, was in diesem Beispiel der Fall ist
namens „dicom-in-dir“. Da die Option --output-type nicht angegeben wurde, wird die Ausgabe
Der Typ wird an den Typ des Eingabe-DICOM-Volumens angepasst. Das Format der Ausgabedatei
(NRRD) wird aus der Dateinamenerweiterung ermittelt.

Plastimatch konvertieren \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd

In diesem Beispiel wird der Typ der Bildintensitäten weiter in Float konvertiert.

Plastimatch konvertieren \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--output-type float

Das nächste Beispiel zeigt, wie das Ausgabebild auf eine andere Geometrie umgerechnet wird. Der
Die Option --origin legt die Position des (Mittelpunkts) des ersten Voxels des Bildes fest
Die Option --dim legt die Anzahl der Voxel fest und die Option --spacing legt den Abstand zwischen ihnen fest
Voxel. Als Einheiten für Ursprung und Abstand werden Millimeter angenommen.

Plastimatch konvertieren \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--origin "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--spacing „2 2 2.5“

Im Allgemeinen ist es mühsam, die Geometrie der Ausgabedatei manuell anzugeben. Wenn
Wenn Sie die Geometrie der Ausgabedatei mit einer vorhandenen Datei abgleichen möchten, können Sie dies tun
mit der Option --fixed.

Plastimatch konvertieren \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--fixed reference.nrrd

Dieses nächste Beispiel zeigt, wie Sie eine DICOM RT-Struktursatzdatei mit in ein Bild konvertieren
die Option --output-ss-img. Da Strukturen in DICOM RT Polylinien sind, sind sie es auch
gerastert, um das Bild zu erstellen. Die Voxel des Ausgabebildes sind 32-Bit-Ganzzahlen, wobei
Das i^-te Bit jeder Ganzzahl hat den Wert eins, wenn das Voxel im entsprechenden liegt
Struktur und Wert Null, wenn das Voxel außerhalb der Struktur liegt. Die Strukturnamen
werden mit der Option --output-ss-list in einer separaten Datei gespeichert.

Plastimatch konvertieren \
--input structure.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt

Im vorherigen Beispiel wurde die Geometrie der Ausgabedatei nicht angegeben. Wenn das
Wenn die Geometrie eines DICOM RT-Struktursatzes nicht angegeben ist, wird davon ausgegangen, dass sie mit der Geometrie übereinstimmt
des DICOM-CT-Bildes im Zusammenhang mit den Konturen. Wenn das zugehörige DICOM-CT-Bild ist
Befindet sich die Datei im selben Verzeichnis wie die Struktursatzdatei, wird sie automatisch gefunden.
Andernfalls müssen wir Plastimatch mit der Option --dicom-dir mitteilen, wo es sich befindet.

Plastimatch konvertieren \
--input structure.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt \
--dicom-dir ../ct-verzeichnis

PLASTIMATCH DICE

Das Plastimatch Würfel vergleicht binäre Etikettenbilder mithilfe des Würfelkoeffizienten Hausdorff
Entfernung oder mittlere Konturentfernung. Die Eingabebilder werden als boolesche Werte behandelt
Werte ungleich Null bedeuten, dass sich das Voxel innerhalb der Struktur befindet, und Nullwerte bedeuten, dass sich das Voxel innerhalb der Struktur befindet
Voxel liegt außerhalb der Struktur.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Würfel [Optionen] Referenzbild Testbild
Option:
--all Berechnen Sie Würfel, Hausdorff und Konturmittelwert
Abstand (entspricht --dice --hausdorff
--contour-mean)
--contour-mean Berechnen Sie den mittleren Abstand der Kontur
--dice Würfelkoeffizient berechnen (Standard)
--hausdorff Berechnet die Hausdorff-Distanz und den durchschnittlichen Hausdorff-Wert
Abstand

Beispiel
Der folgende Befehl berechnet alle drei Statistiken für mask1.mha und mask2.mha:

Plastimatch-Würfel --all mask1.mha mask2.mha

PLASTIMATCH DIFF

Das Plastimatch diff Der Befehl subtrahiert ein Bild von einem anderen und speichert die Ausgabe als
neues Bild. Die beiden Eingabedateien müssen die gleiche Geometrie haben (Ursprung, Abmessungen und Voxel).
Abstand).

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

Beispiel
Der folgende Befehl berechnet file1.nrrd minus file2.nrrd und speichert das Ergebnis in
outfile.nrrd:

Plastimatch diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

PLASTIMATCH DMAP

Das Plastimatch dmap Der Befehl verwendet ein binäres Etikettenbild als Eingabe und erstellt einen Abstand
Kartenbild als Ausgabe. Das Ausgabebild hat die gleiche Bildgeometrie (Ursprung,
Abmessungen, Voxelabstand) als Eingabebild.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch dmap [Optionen]
Erforderlich:
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname
--Ausgabe Ausgabebild
Optional:
--Algorithmus eine Zeichenfolge, die den verwendeten Algorithmus angibt
auch für die Entfernungskartenberechnung
„maurer“, „danielsson“ oder „itk-danielsson“
(Standard ist „danielsson“)
--inside-positive Voxel innerhalb der Struktur sollten sein
positiv (standardmäßig sind sie negativ)
--maximum-distanz
Voxel mit größeren Abständen
Bei der Zahl wird der Abstand auf gekürzt
diese Nummer
--squared-distance gibt stattdessen die quadrierte Distanz zurück
Abstand

Beispiel
Der folgende Befehl berechnet eine Entfernungskartendatei dmap.nrrd aus einem binären Labelmap-Bild
label.nrrd.:

plastimatch dmap --input label.nrrd --output dmap.nrrd

PLASTIMATCH DRR

Dieser Befehl befindet sich im Aufbau.

PLASTIMATCH DVH

Die dvh Der Befehl erstellt ein Dosiswerthistogramm (DVH) aus einem gegebenen Dosisbild und einer gegebenen Dosisstruktur
Bild einstellen. Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch dvh [Optionen]
--input-ss-img-Datei
--input-ss-list-Datei
--input-dose-Datei
--output-csv-Datei
--input-units {gy,cgy}
--kumulativ
--num-bins
--bin-width

Die erforderlichen Eingaben sind --input-dose, --input-ss-img, --input-ss-list und --output-csv.
Die Einheiten der Eingangsdosis müssen entweder Gy oder cGy sein. Es werden DVH-Bin-Werte generiert
für alle in den Struktursatzdateien gefundenen Strukturen. Die Ausgabe wird als generiert
Tabellenkalkulationsdatei im ASCII-CSV-Format, lesbar mit OpenOffice.org oder Microsoft Excel.

Der Standardwert ist ein differenzielles (Standard-)Histogramm und nicht das kumulative DVH
kommt am häufigsten bei der Strahlentherapie vor. Um einen kumulativen DVH zu erstellen, verwenden Sie die Option --cumulative.

Standardmäßig werden 256 Bins mit einer Breite von jeweils 1 Gy erstellt. Sie können diese Werte anpassen
mit der Option --num-bins und --bin-width.

Beispiel
Um einen DVH für eine einzelne 2-Gy-Fraktion zu generieren, könnten wir jeweils 250 Bins mit der Breite 1 wählen
cGy. Wenn die Eingabedosis bereits in cGy angegeben ist, würden Sie den folgenden Befehl verwenden:

plastimatch dvh \
--input-ss-img Strukturen.mha \
--input-ss-list Strukturen.txt \
--input-dose dose.mha \
--output-csv dvh.csv \
--input-units cgy \
--num-bins 250 \
--bin-width 1

PLASTIMATCH FÜLLEN

Die füllen Mit dem Befehl wird ein Bildbereich mit einer konstanten Intensität gefüllt. Die Region
gefüllt wird durch eine Maskendatei definiert, mit Voxeln mit einer Intensität ungleich Null im Maskenbild
gefüllt wird.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Füllung [Optionen]
Option:
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname; kann ein Bild sein
oder Dicom-Verzeichnis
--Maske Eingabedateiname für Maskenbild
--mask-value Wert, der für Pixel innerhalb der Maske festgelegt werden soll (z
„fill“) oder außerhalb der Maske (für „mask“
--Ausgabe Name der Ausgabedatei (für Bilddatei) oder Verzeichnis
(für Dicom)
--Ausgabeformat arg sollte für die Dicom-Ausgabe „dicom“ sein
--Ausgabetyp Art des Ausgabebildes, eines von {uchar, short,
schweben, ...}

Beispiele
Angenommen, wir haben eine Datei prostate.nrrd, die außerhalb der Prostata Null und ungleich Null ist
innerhalb der Prostata. Wir können die Prostata beim Verlassen mit einer Intensität von 1000 füllen
Stellen Sie Bereiche außerhalb der Prostata mit dem folgenden Befehl mit ihrer ursprünglichen Intensität wieder her.

Plastimatch-Füllung \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--mask-value 1000 \
--mask prostate.nrrd

PLASTIMATCH FILTER

Die Filter Der Befehl wendet einen Filter auf ein Eingabebild an und erstellt ein gefiltertes Bild als dessen Bild
Ausgabe. Der Filter kann entweder integriert oder benutzerdefiniert sein.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Filter [Optionen] input_image
Option:
--gabor-k-fib Wählen Sie die Gabor-Richtung am Index i innerhalb
Fibonacci-Spirale der Länge n; angegeben als
„in“, wobei i und n ganze Zahlen sind und i ist
zwischen 0 und n-1
--gauss-width die Breite (in mm) einer einheitlichen Gaußschen Kurve
Glättungsfilter
--kernel Dateiname des Kernel-Images
--Ausgabe Dateiname des Ausgabebildes
--output-kernel Dateiname des Ausgabekernels
--Muster Filtertyp: {Gabor, Gauss, Kernel},
Der Standardwert ist Gauß

Die integrierten Filter, die unterstützt werden, sind „Gabor“ und „Gauss“. Für einen Gaußschen Wert ist die Breite des
Gaußsche Werte können mit der Option --gauss-width gesteuert werden. Der Gabor-Filter ist derzeit
beschränkt sich auf die automatische Auswahl von Filterrichtungen, die quasi gleichmäßig voneinander beabstandet sind
die Einheitssphäre. Benutzerdefinierte Filter werden durch die Bereitstellung einer Kerneldatei angegeben
mit dem Bild gefaltet.

Beispiel
Der folgende Befehl generiert ein gefiltertes Bild aus dem ersten Gabor-Filter innerhalb von a
Bank mit 10 Filtern:

plastimatch filter --pattern gabor Testing/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha

PLASTIMATCH GAMMA

Die Gamma Der Befehl vergleicht zwei Bilder anhand des sogenannten Gammakriteriums. Das Gamma
Das Kriterium gibt an, dass Bilder an einer bestimmten Stelle innerhalb eines Referenzbildes ähnlich sind
ob im Vergleichsbild in der Nähe ein Voxel mit ähnlicher Intensität vorhanden ist. Beide lokal
Gamma und globales Gamma können mit diesem Befehl durchgeführt werden.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch Gamma [Optionen] Bild_1 Bild_2
Option:
--analysis-threshold
Analyseschwelle für die Dosis im Float (z
Geben Sie beispielsweise 0.1 ein, um 10 % davon anzuwenden
Referenzdosis). Die endgültige Schwellendosis
(Gy) wird durch Multiplikation berechnet
Wert und einer vorgegebenen Referenzdosis (bzw
Höchstdosis, falls nicht gegeben). (Standard ist
0.1)
--compute-full-region Mit dieser Option wird eine vollständige Gammakarte erstellt
über den gesamten Bildbereich erzeugt
(auch für Niedrigdosisregion). Es ist
Es wird empfohlen, diese Option nicht zu verwenden
die Berechnung beschleunigen. Es hat keine
Auswirkung auf die Gamma-Durchgangsrate.
--Dosistoleranz Der Skalierungskoeffizient für die Dosis
Unterschied. (Geben Sie beispielsweise 0.02 ein, wenn Sie möchten
2 %-Dosisdifferenzkriterium anwenden)
(Standard ist 0.03)
--dta-toleranz Die DTA-Skalierung (Distance-to-Agreement).
Koeffizient in mm (Standard ist 3)
--gamma-max Der maximale zu berechnende Gammawert;
Kleinere Werte werden schneller ausgeführt (Standard ist
2.0)
--inherent-resample
Abstandswert in [mm]. Die Referenz
Das Bild selbst wird dadurch neu abgetastet
Wert (Hinweis: Resampling von Compare-Image mit
ref-image ist bereits inhärent). Wenn arg
0, diese Option ist deaktiviert. (Standard ist
-1.0)
--interp-search Mit dieser Option intelligente Interpolation
Die Suche wird in Punkten in der Nähe durchgeführt
Anhaltspunkt. Dadurch wird das beseitigt
Bedarf an feinem Resampling. Wie auch immer, es
Die Berechnung wird länger dauern.
--local-gamma Mit dieser Option beträgt der Dosisunterschied
berechnet auf Basis der örtlichen Dosis
Unterschied. Ansonsten eine gegebene Referenz
Dosis verwendet wird, die aufgerufen wird
globales Gamma.
--Ausgabe Ausgabebild
--output-failmap Dateipfad für die binäre Gammaauswertung
Ergebnis.
--output-text Textdateipfad für die Gammaauswertung
Ergebnis.
--Referenzdosis Die verschreibungspflichtige Dosis (Gy) früher
Dosistoleranz berechnen; falls nicht angegeben,
dann beträgt die maximale Dosis im Referenzvolumen
benutzt
--resample-nn Mit dieser Option wird der nächste Nachbar
anstelle der linearen Interpolation verwendet werden
beim Resampling des Vergleichsbildes mit dem
Referenzbild. Nicht empfohlen für
bessere Ergebnisse.

Beispiel
Aus zwei Eingabebildern wird unter Verwendung der Standardparameter ein Gammabild erstellt. Dieser Wille
ein globales Gamma sein, wobei die maximale Intensität des Referenzbildes als Gamma verwendet wird
Normalisierungswert:

plastimatch gamma --output gamma.mha \
reference-image.mha vergleichen-image.mha

PLASTIMATCH HEADER

Die Kopfzeile Der Befehl wird verwendet, um einfache Eigenschaften des Volumes anzuzeigen, z
Bilddatentyp und Bildgeometrie.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Header [Optionen] Eingabedatei [Eingabedatei ...]
Option:
-h, --help zeigt diese Hilfemeldung an
--version zeigt die Programmversion an

Beispiel
Wir können die Geometrie jedes unterstützten Dateityps anzeigen, z. B. mha, nrrd oder dicom. Wir
kann den Befehl wie folgt ausführen:

$ plastimatch Header input.mha
Typ = Float
Flugzeuge = 1
Ursprung = -180 -180 -167.75
Größe = 512 512 120
Abstand = 0.7031 0.7031 2.5
Richtung = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

Aus den Header-Informationen sehen wir, dass das Bild 120 Slices hat und jedes Slice 512 x groß ist
512 Pixel. Der Schichtabstand beträgt 2.5 mm und der Pixelabstand in der Ebene beträgt 0.7031 mm.

PLASTIMATCH JAKOBIAN

Die jakobianisch Der Befehl berechnet die Jacobi-Determinante eines Vektorfeldes. Entweder ein
Das Jacobi-Determinantenbild oder seine zusammenfassende Statistik kann berechnet werden.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch Jacobian [Optionen]
Option:
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname des Bildes
--output-img Ausgabebild; kann mha, mhd, nii, nrrd sein,
oder ein anderes von ITK unterstütztes Format
--output-stats Ausgabestatistikdatei; .txt-Format

Beispiel
Führen Sie Folgendes aus, um ein Jacobi-Determinantenbild aus einer Vektorfelddatei vf.mha zu erstellen:

Plastimatch Jacobian \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha

PLASTIMATCH MABS-Erweiterung

Die mabs Der Befehl führt eine Multi-Atlas-basierte Segmentierungsoperation (MABS) durch. Der Befehl
kann in einem von mehreren Trainingsmodi oder im Segmentierungsmodus betrieben werden.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch mabs [Optionen] Befehlsdatei
Option:
--atlas-selection führt nur die Atlas-Auswahl aus
--convert Vorverarbeitungsatlas
--Ausgabe Ausgabeverzeichnis (nicht-dicom) dabei
eine Segmentierung
--output-dicom Geben Sie das Dicom-Verzeichnis aus, wenn Sie a ausführen
Segmentierung
--pre-align Vorverarbeitungsatlas
--Segment Verwenden Sie Mabs, um das angegebene Bild zu segmentieren
oder Verzeichnis
--train Führen Sie ein vollständiges Training durch, um das Beste zu finden
Registrierungs- und Segmentierungsparameter
--train-atlas-selection führt einfach die Atlas-Auswahl aus
--train-registration führt ein begrenztes Training durch, um das zu finden
Nur die besten Registrierungsparameter

Bevor Sie den Befehl mabs ausführen, müssen Sie eine Konfigurationsdatei erstellen
Ordnen Sie Ihre Trainingsdaten im richtigen Verzeichnisformat an. Für eine vollständige Beschreibung
Informationen zur Syntax und Verwendungsbeispielen der Befehlsdatei finden Sie im mabs_guidebook und den
segmentation_command_file_reference.

PLASTIMATCH MASKE

Die Maske" Mit dem Befehl wird ein Bildbereich mit einer konstanten Intensität gefüllt. Die Region
Gefüllt wird durch eine Maskendatei definiert, wobei Voxel mit einer Intensität von Null im Maskenbild vorhanden sind
gefüllt. Es ist also das Gegenteil von füllen Befehl.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Maske [Optionen]
Option:
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname; kann ein sein
Bild- oder Dicom-Verzeichnis
--Maske Eingabedateiname für Maskenbild
--mask-value Wert, der für Pixel innerhalb der Maske festgelegt werden soll (z
„fill“) oder außerhalb der Maske (für „mask“
--Ausgabe Ausgabedateiname (für Bilddatei) oder
Verzeichnis (für Dicom)
--Ausgabeformat arg sollte für die Dicom-Ausgabe „dicom“ sein
--Ausgabetyp Art des Ausgabebildes, eines von {uchar, short,
schweben, ...}

Beispiele
Angenommen, wir haben eine Datei namens patient.nrrd, die außerhalb des Patienten Null ist, und
im Patienten ungleich Null. Wenn wir den Bereich außerhalb des Patienten mit ausfüllen wollen
Wert -1000 verwenden wir den folgenden Befehl.

Plastimatch-Maske \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--negate-mask \
--mask-value -1000 \
--mask patient.nrrd

PLASTIMATCH ML-KONVERT

Geschrieben werden.

PLASTIMATCH SONDE

Das Plastimatch Sonde Mit dem Befehl wird die Bildintensität oder das Vektorfeld untersucht
Verschiebung an einer oder mehreren Positionen innerhalb eines Volumens. Die Sondenpositionen können sein
angegeben in Weltkoordinaten (in mm), mit der Option --location oder als Bildindizes
mit der Option --index. Die Orte bzw. Indizes werden linear interpoliert, sofern sie liegen
zwischen Voxeln.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Sonden-[Optionen]-Datei
Option:
-i, --index Liste von Voxel-Indizes, wie z
„ijk;ijk;…“
-l, --location Liste räumlicher Orte, wie z
„ijk;ijk;…“

Der Befehl gibt für jede angeforderte Sonde eine Zeile aus. Jede Ausgabezeile enthält die
Folgende Felder:

PROBE# Die Sondennummer, beginnend mit Null
INDEX Die (gebrochene) Position der Sonde als Voxelindex
LOC Die Position der Sonde in Weltkoordinaten
WERT Die Intensität (für Volumina) oder die Verschiebung
(für Vektorfelder)

Beispiel
Wir verwenden die Indexoption, um eine Bildintensität an der Koordinate (2,3,4) und den Standort anzuzeigen
Option, um Bildintensitäten an zwei verschiedenen Orten anzuzeigen:

Plastimatch-Sonde \
--index "2 3 4" \
--location "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrrd

Die Ausgabe umfasst drei Sondenergebnisse. Jede Sonde zeigt den Sondenindex, Voxel
Index, Voxelposition und Intensität.

0: 2.00, 3.00, 4.00; -22.37, -21.05, -19.74; -998.725891
1: 19.00, 19.00, 19.00; 0.00, 0.00, 0.00; -0.000197
2: 19.38, 19.38, 19.38; 0.50, 0.50, 0.50; -9.793450

PLASTIMATCH REGISTRIEREN

Das Plastimatch Registrieren Der Befehl wird verwendet, um eine lineare oder verformbare Registrierung von durchzuführen
zwei Bilder. Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Register-Befehlsdatei

Die Befehlsdatei ist eine gewöhnliche Textdatei, die einen einzelnen globalen Abschnitt und einen enthält
oder mehrere Etappenabschnitte. Der globale Abschnitt beginnt mit einer Zeile, die nur die Zeichenfolge enthält
„[GLOBAL]“, und jede Stufe beginnt mit einer Zeile, die die Zeichenfolge „[STAGE]“ enthält.

Der globale Abschnitt wird zum Festlegen von Eingabedateien, Ausgabedateien und globalen Parametern verwendet
Der Abschnitt „jede Stufe“ definiert eine sequentielle Verarbeitungsstufe. Für eine komplette
Eine Beschreibung der Befehlsdateisyntax finden Sie in der
Registration_command_file_reference.

Beispiele
Wenn Sie image_2.mha mithilfe der B-Spline-Registrierung so registrieren möchten, dass es mit image_1.mha übereinstimmt,
Erstellen Sie eine Befehlsdatei wie diese:

# command_file.txt
[GLOBAL]
behoben=image_1.mha
bewegt=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[BÜHNE]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

Führen Sie dann die Registrierung wie folgt durch:

Plastimatch-Register command_file.txt

Das obige Beispiel führt nur eine einzige Registrierungsphase durch. Wenn Sie möchten
Mehrstufige Registrierung, mehrere [STAGE]-Abschnitte verwenden. So was:

# command_file.txt
[GLOBAL]
behoben=image_1.mha
bewegt=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[BÜHNE]
xform=bspline
impl=plastimatch
threading=openmp
max_its=30
regularization_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

[BÜHNE]
max_its=30
grid_spac=80 80 80
res=2 2 1

[BÜHNE]
max_its=30
grid_spac=60 60 60
res=1 1 1

Weitere Beispiele finden Sie im image_registration_guidebook.

PLASTIMATCH RESAMPLE

Die resample Mit dem Befehl kann die Geometrie eines Bildes geändert werden.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Resample [Optionen]
Erforderlich: --input=file
--output=Datei
Optional: --subsample="xyz"
--fixed=Datei
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolation={nn, linear}
--default_val=val

Beispiel
Wir können die Option --subsample verwenden, um eine ganzzahlige Anzahl von Voxeln zu einem einzelnen Voxel zusammenzufassen.
Wenn wir beispielsweise einen Würfel mit einer Größe von 3x3x1 Voxeln zu einem einzelnen Voxel zusammenfassen möchten, würden wir dies tun
Mach Folgendes.

Plastimatch-Resample \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--subsample „3 3 1“

PLASTIMATCH RAHMEN

Die Treppe Der Befehl skaliert ein Bild oder Vektorfeld, indem er jedes Voxel mit einer Konstante multipliziert
Wert.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Skala [Optionen] Eingabedatei
Option:
--Ausgabe Dateiname für Ausgabebild oder Vektorfeld
--Gewicht Skalieren Sie das Eingabebild oder Vektorfeld dadurch
Wert (Float)

Beispiel
Dieser Befehl erstellt eine Ausgabedatei mit doppelt so großer Bildintensität (oder Voxellänge).
als Eingabewerte:

Plastimatch-Skala --output Output.mha --weight 2.0 input.mha

PLASTIMATCH SEGMENT

Die Segment Der Befehl führt eine einfache schwellenwertbasierte Segmentierung durch. Die Befehlszeilenverwendung ist
wie folgt gegeben:

Verwendung: Plastimatch-Segment [Optionen]
Option:
-h, --help Zeigt diese Hilfemeldung an
--Eingang Dateiname des Eingabebilds (erforderlich)
--Untere Schwelle Unterer Schwellenwert (einschließlich Voxel).
über diesem Wert)
--output-dicom Ausgabe-Dicom-Verzeichnis (für RTSTRUCT)
--output-img Name der Ausgabebilddatei
--upper-threshold Oberer Schwellenwert (einschließlich Voxel).
unter diesem Wert)

Beispiel
Angenommen, wir haben ein CT-Bild eines Wassertanks und möchten ein Bild erstellen, das solche Bilder enthält
wo Wasser ist, und Nullen, wo Luft ist. Dann könnten wir Folgendes tun:

Plastimatch-Segment \
--input water.mha \
--output-img water-label.mha \
--lower-threshold -500

Wenn wir stattdessen einen DICOM-RT-Struktursatz erstellen möchten, sollten wir ein DICOM-Bild angeben
als Eingabe. Dadurch kann Plastimatch das DICOM-RT mit dem richtigen Patienten erstellen
Name, Patienten-ID und UIDs. Die Ausgabedatei wird „ss.dcm“ heißen.

Plastimatch-Segment \
--input water_dicom \
--output-dicom water_dicom \
--lower-threshold -500

PLASTIMATCH STATISTIKEN

Der Befehl plastimatch stats zeigt einige grundlegende Statistiken zum Bild an
Bildschirm.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Statistikdatei [Datei ...]

Die Eingabedateien können entweder 2D-Projektionsbilder, 3D-Volumina oder 3D-Vektorfelder sein.

Beispiel
Der folgende Befehl zeigt Statistiken für das 3D-Volumen synth_1.mha an.

$ Plastimatch-Statistiken synth_1.mha
MIN -999.915161 AVE -878.686035 MAX 0.000000 NUM 54872

Die gemeldeten Statistiken werden wie folgt interpretiert:

MIN Minimale Intensität im Bild
AVE Durchschnittliche Intensität im Bild
MAX Maximale Intensität im Bild
NUM Anzahl der Voxel im Bild

Beispiel
Der folgende Befehl zeigt Statistiken für das 3D-Vektorfeld vf.mha an:

$ Plastimatch-Statistiken vf.mha
Min.: 0.000 -0.119 -0.119
Mittelwert: 13.200 0.593 0.593
Maximal: 21.250 1.488 1.488
Mittlere Bauchmuskeln: 13.200 0.594 0.594
Energie: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
Min. Dilatation bei: (29 19 19)
Jacobi: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
Min. Bauchmuskeln Jacobian bei: (28 36 36)
Zweite Ableitungen: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
INTSECDER 1.524e+06
Max. zweite Ableitung: (29 36 36)

Die Zeilen, die „Min, Mean, Max und Mean abs“ entsprechen, haben jeweils drei Zahlen, die
entsprechen den x-, y- und z-Koordinaten. Daher berechnen sie diese Statistiken für
jede Vektorrichtung separat.

Die übrigen Statistiken werden wie folgt beschrieben:

MINDIL Minimale Dilatation
MAXDIL Maximale Dilatation
MAXSTRAIN Maximale Belastung
TOTSTRAIN Gesamtdehnung
MINJAC Minimum Jacobi
MAXJAC Maximum Jacobi
MINABSJAC Minimaler absoluter Jacobi-Wert
MINSECDER Minimale zweite Ableitung
MAXSECDER Maximale zweite Ableitung
TOTSECDER Gesamte zweite Ableitung
INTSECDER Integrale zweite Ableitung

PLASTIMATCH SYNTH

Die Synth Der Befehl erstellt ein synthetisches Bild. Die folgenden Arten von Bildern können sein
erstellt, indem Sie die entsprechende Option --pattern angeben. Jedes dieser Muster wird mitgeliefert
ein synthetischer Struktursatz und eine synthetische Dosis, die zum Testen verwendet werden können.

· Donut – eine donutförmige Struktur

· Gauss – eine Gaußsche Unschärfe

· Gitter – ein 3D-Gitter

· Lunge – eine künstliche Lunge mit einem Tumor

· rect – ein einheitliches Rechteck innerhalb eines einheitlichen Hintergrunds

· Kugel – eine einheitliche Kugel innerhalb eines einheitlichen Hintergrunds

· xramp – ein Bild, das die Intensitäten in x-Richtung linear variiert

· Yramp – ein Bild, das die Intensitäten in y-Richtung linear variiert

· zramp – ein Bild, das die Intensitäten in z-Richtung linear variiert

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch Synth [Optionen]
Option:
--Hintergrund Intensität der Hintergrundregion
--zylinder-mitte Lage der Zylindermitte in mm "x [y
z]"
--zylinderradius Größe des Zylinders in mm „x [yz]“
--dicom-with-uids Auf „false“ setzen, um UIDs aus der erstellten Datei zu entfernen
Dicom-Dateinamen, der Standardwert ist „true“.
--dim Größe des Ausgabebildes in Voxeln „x [yz]“
--direction-cosines
Ausrichtung der x-, y- und z-Achsen; Angeben
entweder voreingestellter Wert,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} oder 9
Ziffernmatrix-String „abcdefghi“
--donut-center Lage der Donutmitte in mm „x [yz]“
--donut-radius Größe des Donuts in mm „x [yz]“
--Donut-Ringe Anzahl der Donutringe (2 Ringe für
traditioneller Donut)
--dose-center Lage des Dosiszentrums in mm „xyz“
--dose-size Abmessungen der Dosisöffnung in mm "x [y
z]“, oder Positionen von Rechteckecken
in mm „x1 x2 y1 y2 z1 z2“
--Fest festes Bild (Ausgabegröße entsprechend anpassen).
Bild)
--Vordergrund Intensität des Vordergrundbereichs
--gabor-k-fib Wählen Sie die Gabor-Richtung am Index i innerhalb
Fibonacci-Spirale der Länge n; angegeben
als „in“, wobei i und n ganze Zahlen sind, und
i liegt zwischen 0 und n-1
--gauss-center Lage des Gaußschen Zentrums in mm "x [y
z]"
--gauss-std Breite der Gaußschen Kurve in mm „x [yz]“
--Gittermuster Gittermusterabstand in Voxeln „x [yz]“
--Eingang Eingabebild (synthetisches Muster hinzufügen).
vorhandenes Bild)
--lung-tumor-pos Position des Tumors in mm „z“ oder „xyz“
--metadata Patientenmetadaten (Sie können diese verwenden
Option mehrmals)
--noise-mean mittlere Intensität des Gaußschen Rauschens
--noise-std Standardabweichung des Gaußschen Rauschens
--Herkunft Ort des ersten Bildvoxels in mm "xy
z"
--Ausgabe Name der Ausgabedatei
--output-dicom Ausgabe-Dicom-Verzeichnis
--output-dose-img Dateiname für das Ausgabedosisbild
--output-ss-img Dateiname für das Ausgabestruktursatzbild
--output-ss-list Dateiname für die Ausgabedatei, die enthält
Strukturnamen
--Ausgabetyp Datentyp für Ausgabebild: {uchar,
short, ushort, ulong, float}, Standard ist
schweben
--Patienten ID Patienten-ID-Metadaten: Zeichenfolge
--Patientenname Metadaten des Patientennamens: Zeichenfolge
--patient-pos Metadaten zur Patientenposition: einer von
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--Muster synthetisches Muster zum Erstellen von: {Zylinder,
donut, dosis, gabor, gauß, gitter, lunge,
Lärm, Rect, Kugel, Xramp, Yramp,
zramp}, Standard ist Gauss
--Halbschatten Breite des Dosishalbschattens in mm
--rect-Größe Breite des Rechtecks ​​in mm „x [yz]“, oder
Positionen der Rechteckecken in mm "x1
x2 y1 y2 z1 z2"
--Abstand Voxelabstand in mm „x [yz]“
--sphere-center Lage des Kugelmittelpunkts in mm „xyz“
--sphere-radius Kugelradius in mm „x [yz]“
--volume-size Größe des Ausgabebildes in mm „x [yz]“

Beispiele
Erstellen Sie ein kubisches Wasserphantom von 30 x 30 x 40 cm mit der Nullposition in der Mitte des Wassers
Oberfläche:

Plastimatch-Synthesizer \
--pattern rect \
--output water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--origin "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--spacing "1 1 1" \
--dim „500 500 300“

Erstellen Sie Lungenphantome mit zwei verschiedenen Tumorpositionen und geben Sie sie an dicom aus:

Plastimatch-Synthesizer \
--pattern Lunge \
--output-dicom lung_inhale \
--lung-tumor-pos „0 0 10“
Plastimatch-Synthesizer \
--pattern Lunge \
--output-dicom lung_exhale \
--lung-tumor-pos „0 0 -10“

PLASTIMATCH SYNTH-VF

Die synth-vf Der Befehl erstellt ein synthetisches Vektorfeld. Die folgenden Arten von Vektoren
Durch Angabe der entsprechenden Option können Felder erstellt werden.

· Gauss – ein Gaußscher Warp

· radial – eine radiale Ausdehnung oder Kontraktion

· Übersetzung – eine einheitliche Übersetzung

· Null – ein Vektorfeld, das überall Null ist

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch synth-vf [Optionen]
Option:
--dim Größe des Ausgabebildes in Voxeln „x [yz]“
--direction-cosines
Ausrichtung der x-, y- und z-Achsen; Angeben
entweder voreingestellter Wert, {identity,
gedreht-{1,2,3}, geschert} oder 9-stellig
Matrixzeichenfolge „abcdefghi“
--Fest Ein Eingabebild, mit dem die Größe festgelegt wird
Möglichkeiten für das Ausgangssignal:
--gauss-center Lage des Zentrums der Gaußschen Kette „x [y
z]"
--gauss-mag Verschiebungsgröße für Gaußsche Verzerrung in
mm „x [yz]“
--gauss-std Breite des Gaußschen Standardwerts in mm „x [yz]“
--Herkunft Ort des ersten Bildvoxels in mm "xy
z"
--Ausgabe Name der Ausgabedatei
--radial-center Lage des Zentrums der radialen Krümmung „x [y
z]"
--radial-mag Verschiebungsgröße für radiale Verzerrung in
mm „x [yz]“
--Abstand Voxelabstand in mm „x [yz]“
--volume-size Größe des Ausgabebildes in mm „x [yz]“
--xf-gauss Gaußscher Warp
--xf-radial radiale Expansion (oder Kontraktion)
--xf-trans einheitliche Übersetzung in mm „xyz“
--xf-zero Nulltransformation

PLASTIMATCH SCHWELLE

Die Schwelle Der Befehl erstellt ein binäres Labelmap-Bild aus einem Eingabeintensitätsbild.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Schwelle [Optionen]
Option:
--über Wert, ab dem der Ausgang den Wert High hat
--unten Wert, unterhalb dessen der Ausgang den Wert High hat
--Eingang Eingabeverzeichnis oder Dateiname
--Ausgabe Ausgabebild
--Reichweite eine Zeichenfolge, die eine Liste von Schwellenwertbereichen bildet
der Form „r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...“,
so dass Voxel mit Intensitäten innerhalb eines beliebigen
der Bereiche ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) haben einen hohen Ausgabewert

Beispiel
Der folgende Befehl erstellt ein binäres Etikettenbild mit dem Wert 1, wenn die Eingabeintensitäten sind
zwischen 100 und 200, andernfalls der Wert 0:

Plastimatch-Schwelle \
--input input_image.nrrd \
--output ausgabe_labe.nrrd \
--range „100,200“

PLASTIMATCH MINIATURANSICHT

Die Daumennagel Der Befehl generiert ein zweidimensionales Miniaturbild eines axialen Schnitts des
Eingangslautstärke. Das Ausgabebild muss nicht genau einem ganzzahligen Slice entsprechen
Nummer. Die Position des Ausgabebildes innerhalb des Slice ist immer zentriert.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch-Miniaturansicht [Optionen] Eingabedatei
Option:
--Eingabedatei
--Ausgabedatei
--thumbnail-dim Größe
--thumbnail-spacing Größe
--slice-loc Standort

Beispiel
Wir erstellen ein zweidimensionales Bild mit einer Auflösung von 10 x 10 Pixeln am axialen Ort 0 und
der Größe 20 x 20 mm:

Plastimatch-Miniaturansicht \
--input in.mha --output out.mha \
--thumbnail-dim 10 \
--thumbnail-spacing 2 \
--slice-loc 0

PLASTIMATCH UNION

Die Gewerkschaft Der Befehl erstellt ein Binärvolumen, das die logische Vereinigung zweier Eingabebilder darstellt.
Voxel im Ausgabebild haben den Wert Eins, wenn das Voxel in einem der Eingabebilder ungleich Null ist.
oder Wert Null, wenn das Voxel in beiden Eingabebildern Null ist.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: Plastimatch Union [Optionen] Eingabe_1 Eingabe_2
Option:
-h, --help zeigt diese Hilfemeldung an
--Ausgabe Dateiname für das Ausgabebild
--version zeigt die Programmversion an

Beispiel
Der folgende Befehl erstellt ein Volume, das die Vereinigung zweier Eingabebilder darstellt:

Plastimatch-Verbindung \
--output itv.mha \
Phase_1.mha Phase_2.mha

PLASTIMATCH WARP

Die verziehen Befehl ist ein Alias ​​für verkaufen. Bitte beziehen Sie sich auf Plastimatch verkaufen für die
Liste der Befehlszeilenparameter.

Beispiele
Um ein Bild mithilfe der vom Plastimatch-Register generierten B-Spline-Koeffizienten zu verzerren
Befehl (gespeichert in der Datei bspline.txt) ausführen, gehen Sie wie folgt vor:

Plastimatch-Kette \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--xf bspline.txt

Im vorherigen Beispiel wurde die Geometrie der Ausgabedatei durch die Geometrie bestimmt
Informationen in der Bspline-Koeffizientendatei. Sie können ein Resampling auf eine andere Geometrie durchführen
mit --fixed oder --origin, --dim und --spacing.

Plastimatch-Kette \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--xf bspline.txt \
--fixed reference.nrrd

Beim Warpen wird ein Strukturbild eingestellt, wobei die ganzzahligen Bits der Struktur entsprechen
Bei einer Mitgliedschaft müssen Sie die Nächste-Nachbarn-Interpolation anstelle einer linearen Interpolation verwenden
Interpolation.

Plastimatch-Kette \
--input structure-in.nrrd \
--output structure-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--interpolation nn

Manchmal werden Voxel, die sich außerhalb der Geometrie des Eingabebildes befinden, verzerrt
die Geometrie des Ausgabebildes. Standardmäßig sind diese Bereiche mit einem „ausgefüllt“.
Intensität von Null. Mit können Sie für diese Bereiche einen anderen Wert wählen
--default-value-Option.

Plastimatch-Kette \
--input infile.nrrd \
--output Ausgabedatei.nrrd \
--xf bspline.txt \
--default-value -1000

Neben Bildern und Strukturen können auch Landmarken aus 3D Slicer exportiert werden
verzogen.

Plastimatch-Kette \
--input Fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

Manchmal kann es wünschenswert sein, eine explizit durch ein Vektorfeld definierte Transformation anzuwenden
anstatt B-Spline-Koeffizienten zu verwenden. Um dies zu ermöglichen, wird auch die Option --xf akzeptiert
Vektorfeldvolumina. Zum Beispiel würde das vorherige Beispiel werden.

Plastimatch-Kette \
--input Fixed_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

PLASTIMATCH XF-KONVERT

Die xf-konvertieren Der Befehl konvertiert zwischen Transformationstypen. Eine Transformation kann entweder a sein
B-Spline-Transformation oder ein Vektorfeld. Es gibt zwei verschiedene Arten von B-Splines
Transformationsformate: das native Plastimatch-Format und das ITK-Format. Zusätzlich zu
Konvertieren des Transformationstyps, der xf-konvertieren Der Befehl kann auch den Rasterabstand von ändern
B-Spline-Transformationen.

Die Befehlszeilenverwendung ist wie folgt angegeben:

Verwendung: plastimatch xf-convert [Optionen]
Option:
--dim Größe des Ausgabebildes in Voxeln „x [yz]“
--grid-spacing B-Spline-Rasterabstand in mm „x [yz]“
--Eingang Geben Sie den Namen der xform-Datei ein (erforderlich)
--nobulk Massentransformation für itk_bspline auslassen
--Herkunft Lage des ersten Bildvoxels in mm „xyz“
--Ausgabe Name der Ausgabe-XForm-Datei (erforderlich)
--Ausgabetyp Wählen Sie den zu erstellenden XForm-Typ (erforderlich).
von {bspline, itk_bspline, vf}
--Abstand Voxelabstand in mm „x [yz]“

Beispiel
Wir wollen eine B-Spline-Transformation in ein Vektorfeld umwandeln. Wenn die B-Spline-Transformation ist
Im nativen Format wird die Vektorfeldgeometrie durch die im gefundenen Werte definiert
Header transformieren.:

plastimatch xf-convert \
--input bspline.txt \
--output vf.mha \
--output-type vf

Ebenso, wenn wir ein Vektorfeld in einen Satz von B-Spline-Koeffizienten mit a umwandeln wollen
Kontrollpunktabstand von 30 mm in jede Richtung.

plastimatch xf-convert \
--input vf.mha \
--output bspline.txt \
--output-type bspline \
--grid-spacing 30

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